[trunk] Rework r2077

r2077 did expose too much of the detail implementation of OpenJPEG. Rework dependencies in between JPIP file level details and JPIP client/server arch.
Move JPIP file level functionalities back into OpenJP2 as was the case in openjpeg 1.5.x. Use new cio func.

[trunk] Add missing newline

[trunk] Run fix_comment on invert.c

[trunk] add the support of complex mct encoding when we setup the j2k encoder

[trunk] correct a small warning raised by continous

[trunk] remove old structures from tcd.h

[trunk] use the right v2 structure

[trunk] rename flag_t to opj_flag_t

[trunk] use new opj prefix and type with raw functions

[trunk] remove a usefulness test before a free

[trunk] update jp2./.h to v2 style: use new OPJ type, manage case where bpcc box is available even if ihdr indicate that it is not needed; resolve a LH TODO

[trunk] add documentation to the message handler functions

[trunk] Finalize dwt.v/.h with the v2 style : remove last functions already optimized, add opj_ prefix, use new name of the functions

[trunk] finalize bio.c/.h related to the v2 style

[trunk] Remove SONAME from Java binding

[trunk] Fix java binding installation

[trunk] Fix another set of issue with calling convention

[trunk] Fix issue on windows OS. Need to explicitely state the calling convention

[trunk] Remove some warnings about missing prototypes (gcc)

[trunk] Fix JPIP compilation. Some prototypes were not respected.

[trunk] propagate the renaming to openjpwl

[trunk] fix a compilation error with windows and new public function opj_j2k_start_compress

[trunk]rename j2k_lib to opj_clock

[trunk] modify type of opj_clock function

[trunk] Fix issue during renaming of man page

[trunk] Fix compilation:
- using mingw32 compiler (missing exported symbols)
- using -fvisibility=hidden (gcc on UNIX)

[trunk] Fix Java binding compilation. Need to link against openmj2 for now to resolve all symbols.
Add a local indec.c (pulled from opj 1.5 branch)

[trunk] Fix missing -lm to openjpwl

[trunk] Fix missing link to zlib

[trunk] Fix openmj2 compilation in static mode.

[trunk] Fix compilation in static mode. Prevent duplicate symbols with convert.c implementation

[trunk] Add missing newline character

[trunk] Fix issues in man pages.

[trunk] Fix installaiton of header file

[trunk] remove left-over from ->jpip_on implementation. JPIP is now completely removed from openjp2 and openmj2. Document jpip_iptr_offset variable

[trunk] Fix warning for no previous prototype by using static function

[trunk] Fix advanced (and experimental) Java binding. As reported on the mailing list.

[trunk] Fix openmj2/mj2 compilation

As reported on the mailing list, it is better to have a working (compiling) mj2 codec rather than nothing. mj2 uses it own copy of openjpeg 1.5

Update issue 177

[trunk] Use opj_malloc/opj_free in jpip bin

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task. Remove left over of JPIP

JPIP code was moved from JP2 to openjpip

Update issue 177

[trunk] Update JPIP (FolderReorgProposal task)

This commit does three things:
- Use opj_malloc/calloc/free instead of the default C ones.
- Update JPIP API to start using cio _v2 API
- Create a new opj_jpip_compress which is the replacement for image_to_j2k -jpip

Update issue 177

[trunk] Make openjpip a first class shared lib, for future linking

[trunk] First step in moving JPIP code out of openjp2

[trunk] update t1_generate_luts.c with the right ouput to generate t1_luts

[trunk] Fix spelling. writting -> writing

[trunk] rename int.h to opj_intmath.h and rename all its functions with opj_ prefix

[trunk] move fix_mul inside int.h and remove fix.h from the project

[trunk] remove warnings

[trunk]remove warnings in pi.c through the update of poc struct types with new opj_types.

[trunk] update global functions of tgt with opj_ prefix

[trunk] (style) move global pi functions to the right place and update indentation

[trunk] remove old v1 functions and rename pi_initialise_encode_v2 to opj_pi_initialise_encode; pi_create_encode_v2 to opj_pi_create_decode; pi_destroy_v2 to opj_pi_destroy; pi_create_decode_v2 to opj_pi_create_decode

[trunk] update pi_check_next_level with the opj_ prefix and change output type to be more convenient

[trunk]rename pi_update_encoding_parameters to opj_pi_update_encoding_parameters

[trunk] replace pi_next by opj_pi_next

[trunk] update local function of pi.c with the opj_ prefix and the new opj types

[trunk] update mqc global functions with opj_ prefix

[trunk] add comments to check some parts of mqc.c and update types

upadate mqc with new opj_type and use opj_ prefix for local functions

[trunk] correct warnings linked to static dwt functions because declaration is not hide when we use SSE

{trunk]update mct functions with opj_ prefix and new opj type
add some comments

[trunk] update global functions of bio.c with opj_prefix and new opj type

[trunk] Set of warnings fix for gcc -pedantic

[trunk] Build small internal tools to generate t1_luts.h

[trunk] Import opj_malloc.h from branch 1.5.x

[trunk] V2 will be release with SOVERSION=6

[trunk] Remove old function tgt_create
Fix some warnings about size_t

[trunk] Update README to reflect FolderReorgProposal

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal fix. 3rd party variables were not set

Update issue 177

[trunk] Requires CMake 2.8.2 at least

[trunk] Fix minor cmake style

[trunk] import unit testing from 1.5.x branch

[trunk] remove warnings generated by all project in thirdparties

[trunk] Discard warnings from tiff package

[trunk] rename PACKAGE_VERSION to OPJ_PACKAGE_VERSION

This prevent conflicts with TIFF package which also defines PACKAGE_VERSION

[trunk] Fix missing include directory

[trunk] fix compilation on windows where getopt is not available

[trunk] Fix missing getopt symbols on windows

[trunk] FolderReorgProposal task: Fix openjp2 lib name

[trunk] Fix a set of warnings about C90 issues

[trunk] FolderReorgProposal task. Do not rebuild doxygen always

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: cleanup doxygen

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: fix jpip doxygen

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: Fix doxygen

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: update install instruction

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: move source code to source dir

[trunk] FolderReorgProposal task: only keep a single build system

[trunk] update the name of the executable used for the tests

[trunk] FolderReorgProposal task: rename JP3D CLI tools

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: rename MJ2/JPIP CLI tools

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: fix JPWL

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: rename cli tools

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: Fix Viewer

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: refactor MJ2

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: add JP3D

Update issue 177

[trunk] Continue FolderReorgProposal task. Missing java wrapping

Update issue 177

[trunk] Start FolderReorgProposal task

Update issue 177

update j2k_lib with new opj type

correct a warning in image.c

clean function_list functions