GD plugin vrml_begin_job: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

core plugin: remove unused memory.h include

core plugin insert: fix unchecked allocation failure

core plugin write_edges: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

Merge branch 'extend-svg-analyzer-to-handle-graphviz-penwidth-pencolor-and-fillcolor-attributes' into 'main'

Extend the SVG analyzer to handle Graphviz penwidth, pencolor and fillcolor attributes

See merge request graphviz/graphviz!2808

tests: SVGAnalyzer: add support for retrieving the Graphviz edge fillcolor

tests: SVGAnalyzer: add support for retrieving the Graphviz node fillcolor

tests: test_utilities: declare unmodified parameter const

tests: SVGAnalyzer: add handling of the 'fill-opacity' attribute

tests: SVGAnalyzer: add support for retrieving the Graphviz edge color

tests: SVGAnalyzer: add support for retrieving the Graphviz node color

tests: SVGAnalyzer: factor out rgb_to_hex() and add support for opacity

tests: SVGAnalyzer: clarify comment

tests: SVGAnalyzer: add handling of the 'stroke-opacity' attribute

tests: SVGAnalyzer: add support for retrieving the Graphviz edge penwidth

tests: SVGAnalyzer: add support for retrieving the Graphviz node penwidth

tests: SVGAnalyzer: add handling of the 'stroke-width' attribute

tests: SVGAnalyzer: add 're_create_and_verify_svg' method and use in test_svg_analyzer

Upcoming commits will extend the SVG analyzer's ability to handle new
SVG attributes and add new test cases verifying its ability to
re-create correct SVG containing those attributes. This change will
facilitate the creation of those tests and keep the code DRY.

tests: SVGAnalyzer: extend 'make_from_dot' method and use in test_svg_analyzer

This change adds support to the SVGAnalyzer for saving a
copy of the Graphviz version and build ID which are needed to exactly
re-create the SVG document.

Upcoming commits will extend the SVG analyzer's ability to handle new
SVG attributes and add new test cases verifying its ability to
re-create correct SVG containing those attributes. This change will
facilitate the creation of those tests and keep the code DRY.

tests: SVGAnalyzer: save a copy of the original SVG and give access to it

This is needed to be able to verify the SVG re-creating capablility of
the SVGAnalyzer.

Upcoming commits will extend the SVG analyzer's ability to handle new
SVG attributes and add new test cases verifying its ability to
re-create correct SVG containing those attributes. This change will
facilitate the creation of those tests and keep the code DRY.

The copying is necessary since the original SVG is modified by the XML
parser in destructive mode. See
http://rapidxml.sourceforge.net/manual.html#namespacerapidxml_1destructive_non_destructive
and we don't want to use the non-destructive mode since no entity
reference translation is done then and we want to avoid having to do
that ourselves.

Merge branch 'smattr/6be69cc6-9ab8-4a2a-ae79-087aec1d9525' into 'main'

ortho: use cgraph wrappers for allocation

See merge request graphviz/graphviz!2821

ortho mkMaze: use cgraph wrappers for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

ortho mkMazeGraph: use cgraph wrappers for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

ortho PQgen: use cgraph wrappers for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

ortho partition: use cgraph wrappers for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

ortho monotonate_trapezoids: use cgraph wrappers for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

ortho mkStack: use cgraph wrappers for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

ortho make_graph: use cgraph wrappers for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

ortho createSGraph: use cgraph wrappers for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

ortho initSEdges: use cgraph wrappers for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

ortho construct_trapezoids: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

ortho orthoEdges: use cgraph wrappers for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

ortho attachOrthoEdges: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

ortho extractVChans: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

ortho extractHChans: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

ortho addChan: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

ortho convertSPtoRoute: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

Merge branch 'smattr/gitlab-2270' into 'main'

Revert "gvc auto_output_filename: avoid 'strdup' when constructing file name"

Closes #2270

See merge request graphviz/graphviz!2822

Revert "gvc auto_output_filename: avoid 'strdup' when constructing file name"

This reverts commit 4291cc769a3eeef8b1c171e5479194733a4da6cd. This commit that
was intended to be a functional no-op actually altered the generated output
filename to remove `.` characters.

Github: xflr6/graphviz #178, NixOS/nixpkgs #188175
Gitlab: fixes #2270
Reported-by: Sebastian Bank <sebastian.bank@uni-leipzig.de>

add a test case for #2270

Merge branch 'smattr/1fac7330-9d40-4de2-be68-925e698f5285' into 'main'

smyrna: migration to cgraph wrappers for allocation

See merge request graphviz/graphviz!2820

tests: SVGAnalyzer: add 'make_from_dot' static method and use in test_rankdir

Upcoming commits will add several new test cases doing exactly
that. This change will keep those tests short and DRY.

smyrna: remove unused memory.h includes

smyrna load_attributes: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

smyrna main: use cgraph wrapper for allocations

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

smyrna smyrnaPath: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

smyrna initFocus: use cgraph wrapper for allocations

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

smyrna positionAllItems: use cgraph wrapper for allocations

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

smyrna makeXDotSpline: use cgraph wrapper for allocations

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

smyrna mTestgvpr: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

smyrna new_viewport_camera: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

smyrna new_viewport_camera: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

smyrna prepare_topological_fisheye: use cgraph wrapper for allocations

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

smyrna makeGraph: use cgraph wrapper for allocations

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

smyrna attr_list_add: fix unchecked allocation failure

smyrna attr_list_new: fix unchecked allocation failures

smyrna new_attr_ref: fix unchecked allocation failure

smyrna new_attr: fix unchecked allocation failure

smyrna create_color_theme: use cgraph wrapper for allocations

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

smyrna init_viewport: use cgraph wrapper for allocations

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

smyrna add_graph_to_viewport: fix unchecked allocation failure

smyrna load_mouse_actions: fix unchecked allocation failure

smyrna add_selpoly: fix unchecked allocation failure

smyrna clear_selpoly: simplify some 'free' code

smyrna Render_Contour2: fix unchecked allocation failure

smyrna combineCallback: fix unchecked allocation failure

smyrna clearGrid: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

smyrna update_tree: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

smyrna add_column: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

smyrna add_column: fix unchecked allocation failure

Merge branch 'smattr/8ef08678-9ef1-4024-90bf-ffca3cd5dbaa' into 'main'

sfdpgen cgraph/alloc.h migration, clean up, fixing incorrect 'MAX' calls

Closes #2269

See merge request graphviz/graphviz!2819

sparse SparseMatrix_coordinate_form_add_entry: abbreviate no-op 'MAX' call

d1d1ae30865c14bb7e6a75f8772543c10419e48b seems to have incorrectly assumed
multiplication has a higher precedence than casts. In reality, it is the
opposite, meaning the first parameter to this `MAX` call was always 0. So the
entire expression would evaluate to 10. Empirically this seems to have been fine
since this code has been in use for over a decade with no specific problems
blamed on this area. So lets just abbreviate it into what it evaluates to.

Gitlab: fixes #2269

sparse check_or_realloc_arrays: abbreviate no-op 'MAX' call

1b847b5abf50d2ab0701523b90a20306d0ee5528 seems to have incorrectly assumed
multiplication has a higher precedence than casts. In reality, it is the
opposite, meaning the first parameter to this `MAX` call was always 0. So the
entire expression would evaluate to 10. Empirically this seems to have been fine
since this code has been in use for over a decade with no specific problems
blamed on this area. So lets just abbreviate it into what it evaluates to.

Gitlab: #2269

neatogen stress_majorization_with_hierarchy: abbreviate a double literal

gvmap add_point: abbreviate no-op 'MAX' call

c193a91a0e9d8565e85bd6953a2c64e971d6ab79 seems to have incorrectly assumed
multiplication has a higher precedence than casts. In reality, it is the
opposite, meaning the first parameter to this `MAX` call was always 0. So the
entire expression would evaluate to 20. Empirically this seems to have been fine
since this code has been in use for over a decade with no specific problems
blamed on this area. So lets just abbreviate it into what it evaluates to.

Gitlab: #2269

sfdpgen check_int_array_size: abbreviate no-op 'MAX' call

1b847b5abf50d2ab0701523b90a20306d0ee5528 seems to have incorrectly assumed
multiplication has a higher precedence than casts. In reality, it is the
opposite, meaning the first parameter to this `MAX` call was always 0. So the
entire expression would evaluate to 10. Empirically this seems to have been fine
since this code has been in use for over a decade with no specific problems
blamed on this area. So lets just abbreviate it into what it evaluates to.

Gitlab: #2269

sfdpgen check_real_array_size: abbreviate no-op 'MAX' call

1b847b5abf50d2ab0701523b90a20306d0ee5528 seems to have incorrectly assumed
multiplication has a higher precedence than casts. In reality, it is the
opposite, meaning the first parameter to this `MAX` call was always 0. So the
entire expression would evaluate to 10. Empirically this seems to have been fine
since this code has been in use for over a decade with no specific problems
blamed on this area. So lets just abbreviate it into what it evaluates to.

Gitlab: #2269

sfdpgen beautify_leaves: use cgraph wrappers for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

sfdpgen oned_optimizer_new: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

sfdpgen spring_electrical_control: remove 'multilevel_coarsen_mode'

This was never set to anything other than `COARSEN_MODE_FORCEFUL`.

sfdpgen spring_electrical_control: remove 'multilevel_coarsen_scheme'

This was never set to anything other than
`COARSEN_INDEPENDENT_EDGE_SET_HEAVEST_EDGE_PERNODE_SUPERNODES_FIRST`.

sfdpgen spring_electrical_control_new: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

sfdpgen beautify_leaves: swap a boolean array for a bit array

This reduces memory pressure by using 1-bit per element instead of 1-byte per
element. Unfortunately this introduces 4 -Wsign-conversion warnings due to
indexing in this function being done with signed variables. But the change still
seems like an improvement on the existing code.

Merge branch 'minor-cleanup-of-svg-analyzer' into 'main'

Minor cleanup of the SVG analyzer

See merge request graphviz/graphviz!2810

tests: SVGAnalyzer: use fmt::format instead of string concatenation

tests: SVGAnalyzer: correct comment

tests: SVGAnalyzer: avoid string copy by taking reference instead

tests: test_svg_analyzer: remove useless string copy

Despite its name, 'shape_char_ptr' was already a std::string.

tests: test_svg_analyzer: Update test description

tests: test_svg_analyzer: remove useless include of graphviz_graph.h

tests: rename variables '.*svgAnalyzer' to '.*svg_analyzer'

Almost no other variables use camel case.

tests: SVGAnalyzer: add some comments

tests: SVGAnalyzer: use fmt::format instead of string concatenation

tests: test_rankdir: remove useless generation of copy

The generator expression will not outlive the scope of
'node_shapes_without_svg_shape' or 'all_node_shapes' which both live
in the global scope, so copying is unnecessary.

For details, see
https://github.com/catchorg/Catch2/blob/devel/docs/generators.md#provided-generators.

Merge branch 'smattr/cc0c1b4c-ccdf-48a9-adc6-8c301067068a' into 'main'

gvpr: fix: wrap members needing cleanup in a struct and outline

Closes #1801

See merge request graphviz/graphviz!2817

gvpr: more tightly scope 'nextg'

This squashes a -Wclobbered compiler warning. Though, as discussed in the prior
commit, I believe this to be a false positive.

As of this commit, Graphviz builds free of -Wclobbered warnings.

Gitlab: closes #1801

gvpr: fix: wrap members needing cleanup in a struct and outline

When seeing this code, the compiler emitted numerous warnings like:

  gvpr.c: In function ‘gvpr’:
  gvpr.c:929:17: warning: variable ‘prog’ might be clobbered by
    ‘longjmp’ or ‘vfork’ [-Wclobbered]
       parse_prog *prog = 0;
                   ^~~~

What it is trying to tell us is that this code violates the assumptions of
`setjmp`/`longjmp`. Referencing any non-volatile stack-allocated variable after
a `longjmp` is undefined behavior.¹

This change extracts all the members that need to be referenced after `longjmp`
into a wrapper function. This basically puts a function call boundary in a place
such that the code no longer violates assumptions of the C standard. It is a
little awkward that we have to do this by hand, as the transformation is
mechanical and the compiler technically has enough information to do this for
us. But `setjmp`/`longjmp` come from the old world and are low level mechanisms.
If the compiler sees a call to them, it assumes you are doing something unusual
and want to do it exactly as you wrote.

While making this adjustment, some white space is adjusted and some coercion to
boolean is changed to explicit comparisons against `NULL`.

I do not understand why, but after this change the compiler still believes
`nextg` can be clobbered by a `longjmp`. While this is true, `nextg` is not used
after `longjmp`-ing back to `gvpr_core`, so I do not know why the compiler
thinks it needs to warn us about this.

Gitlab: #1801

¹ This restriction stems from how `setjmp`/`longjmp` work on certain platforms.
  If a variable is live in a register instead of on the stack, it is not
  guaranteed to be restored during a `longjmp`. Hence why the value of such
  variables is undefined after a `longjmp`.

Merge branch 'smattr/bdd2e8b6-9a48-4e33-815d-2c049a7ca7f2' into 'main'

cmd/tools: use cgraph wrappers for allocation

See merge request graphviz/graphviz!2818

gml2gv gmlparse: fix unchecked allocation failures

gml2gv gmlscan: fix unchecked allocation failures