Display matching new messages in a thread-limited index

Previously, the index performed pattern matching first, and then
resorted new mail.  The problem was that thread-limiting patterns,
e.g. ~(pattern), require threading data to properly match against the
new messages.

We already save new messages for the purposes of uncollapsing threads.
To keep the code cleaner, split off update_index() into
update_index_threaded()/unthreaded().  Then for threaded mode, save
the new messages first.  We can then sort (before pattern matching),
and use the save_new array to pattern match the new messages
afterwards.

The $uncollapse_new loop was unnecessarily performing a n^2 search.
Simplify to just iteratate over the save_new instead.

Minor documentation fix

Mention $pgp_decode_command for $pgp_check_gpg_decrypt_status_fd

It scans $pgp_decode_command for inline and application/pgp mime
types.

smime_handle_entity() cleanup

Remove redundant NULL assignments after safe_fclose() calls.

Remove some trailing spaces.

smimeout can't be NULL, so remove the check around the output
translation block.

Void passphrase on s/mime decryption error

Model this after pgp's pgp_decrypt_part(), which checks if fpout is
empty.

crypt-gpgme: prevent crash on bad S/MIME signature

Inform the user about the fingerprint being unavailable instead
of crashing if the S/MIME signature is bad.

clang-format

add lots of consts

merge: minor fixes

 * warn when logging at the highest level
 * boolify locals of mutt_select_file()
 * buf,buflen for menu_make_entry()
 * fix comment for nntp_expand_path()
 * doxygen: mailbox backends
 * doc: add maildir note for new mail feature
 * doxy: fix imap config descriptions

doxy: fix imap config descriptions

doc: add maildir note for new mail feature

doxygen: mailbox backends

fix comment for nntp_expand_path()

buf,buflen for menu_make_entry()

boolify locals of mutt_select_file()

warn when logging at the highest level

release build fixes

merge: simplify mx_mbox_open, mx_mbox_close

 * don't use mx_open's Context parameter
 * drop mx_open's Context parameter
 * free on mx_mbox_close

free on mx_mbox_close

drop mx_open's Context parameter

don't use mx_open's Context parameter

very minor fixes

- put listener prototype in the right header
- update list of message files
- fix comments

fix config error reporting

clean up on exit

Attempt to fix the code path to create a new mbox

Fix IMAP probe

merge: add path functions to mailbox API

 * add name and magic to MxOps
 * add MxOps:path_probe()
 * improve mutt_path_canon
 * stubs for mx_path_{canon,pretty}
 * add mutt_str_inline_replace()
 * delegate mx_path_canon()
 * factor Folder out of imap_pretty_mailbox
 * add mutt_path_abbr_folder
 * fill out mx_path_pretty()
 * improve mutt_path_parent
 * add MxOps:path_parent()
 * tidy mx
 * use mx_path_probe()
 * probe notmuch
 * probe nntp
 * probe pop
 * probe imap
 * probe maildir

probe maildir

probe imap

probe pop

probe nntp

probe notmuch

use mx_path_probe()

tidy mx

add MxOps:path_parent()

improve mutt_path_parent

fill out mx_path_pretty()

add mutt_path_abbr_folder

factor Folder out of imap_pretty_mailbox

delegate mx_path_canon()

add mutt_str_inline_replace()

stubs for mx_path_{canon,pretty}

Chase a coverity wraning by using the correct STAILQ macro

________________________________________________________________________________________________________
*** CID 187781:  Control flow issues  (DEADCODE)
/mutt/regex.c: 142 in mutt_regexlist_add()
136         mutt_buffer_printf(err, "Bad regex: %s\n", str);
137         return -1;
138       }
139
140       /* check to make sure the item is not already on this rl */
141       struct RegexListNode *np = NULL;
>>>     CID 187781:  Control flow issues  (DEADCODE)
>>>     Execution cannot reach the expression "np" inside this statement: "np = (np ? np : rl->stqh_fi...".
142       STAILQ_FOREACH_FROM(np, rl, entries)
143       {
144         if (mutt_str_strcasecmp(rx->pattern, np->regex->pattern) ==
0)
145           break; /* already on the rl */
146       }
147

improve mutt_path_canon

- Handle relative paths
- Lots of logging

add MxOps:path_probe()

add name and magic to MxOps

factor out struct MyVar

drop unused functions

fix Group's use of RegexList

merge: simple code refactoring

 * kill unnecessary != NULL
 * kill unnecessary == NULL
 * drop header-sized ifdefs
 * unify buf,buflen
 * unify buf,buflen, with reordering
 * kill assign-assign

kill assign-assign

unify buf,buflen, with reordering

unify buf,buflen

drop header-sized ifdefs

kill unnecessary == NULL

kill unnecessary != NULL

merge: conversions to use STAILQ

 * Convert RegexList to use STAILQ
 * Refactor RegexList changes
 * Convert ReplaceList to use STAILQ

Convert ReplaceList to use STAILQ

Refactor RegexList changes

Convert RegexList to use STAILQ

merge: tidy docs

 * doxy: add missing docs
 * drop unnecessary helper function
 * refactor parse functions
 * doxy: add missing comments

doxy: add missing comments

refactor parse functions

drop unnecessary helper function

doxy: add missing docs

config: don't reused constants

Fixes #1316

prevent buffer underrun in mutt_path_tidy_slash

Fixes #1315

fix leak in rfc2047_decode

merge: trivial fixes

 * tidy comments
 * buf,buflen
 * boolify params
 * use mailbox constant
 * pgpring is dead
 * doc: explain (un)virtual-mailboxes

doc: explain (un)virtual-mailboxes

pgpring is dead

use mailbox constant

boolify params

buf,buflen

tidy comments

merge: minor config fixes

use config code for neomutt -Q

config: fix display of changed config

config: fix dump

config: workaround for mailboxes

return success on neomutt -D

bug: check pointer

move address function to library

move expand functions to library

move realpath to library

group path functions

add pretty/canonical path functions

add path manipulation functions

doxy: Config docs

config: use better failing regex test

test/address.c: remove duplicated include

merge: update translations

sync translations

drop integer overflow

dot-quote

space before question mark

drop ! from messages

mutt_error doesn't need \n

Update zh_CN translation

Update lt_LT translation

- 6 fuzzy messages
- 6 new translations
  (one of which ought to use ngettext!)
- 1 typo noticed serendipitously (thank you vim's :set spell)