sparse: remove 'transpose' parameter from 'SparseMatrix_multiply_vector'

This function is only used to multiply untransposed matrices.

Merge branch 'smattr/ED48F907-F75B-4B57-B10D-B9C95033FDAB' into 'main'

bcomps: replace unchecked allocations with alloc helpers

See merge request graphviz/graphviz!2709

bcomps: replace unchecked allocations with alloc helpers

This addresses some instances where out-of-memory would go undetected, leading
to a crash and/or data corruption.

Merge branch 'smattr/2095BD9E-3E7D-4BD9-BC12-1B5EA3B75D3D' into 'main'

dotgen: squash -Wsign-conversion warnings in 'medians'

See merge request graphviz/graphviz!2698

dotgen: squash -Wsign-conversion warnings in 'medians'

The compiler says:

  mincross.c: In function 'medians':
  mincross.c:1803:25: warning: conversion to 'size_t' {aka 'long unsigned int'}
    from 'int' may change the sign of the result [-Wsign-conversion]
   1803 |             qsort(list, j, sizeof(int), (qsort_cmpf) ordercmpf);
        |                         ^

By doing array indexing in this function universally as `size_t` we can avoid
this.

Merge branch 'smattr/51D1DF21-4D0E-4E0F-9E2A-3E9F3CA0D5C4' into 'main'

sparse: remove support for three-way multiplication of non-real matrices

See merge request graphviz/graphviz!2704

sparse: remove support for three-way multiplication of non-real matrices

The function `SparseMatrix_multiply3` is only used to multiple real matrices.

Merge branch 'start-4.0.1-dev' into 'main'

Start 4.0.1 development

See merge request graphviz/graphviz!2710

Start 4.0.1 development

Merge branch 'stable-release-4.0.0' into 'main'

Stable Release 4.0.0

See merge request graphviz/graphviz!2694

Stable Release 4.0.0

Merge branch 'smattr/BCE20F0D-9459-499B-A828-5DD50E5827A3' into 'main'

sparse: remove some dead code paths

See merge request graphviz/graphviz!2697

sparse: remove 'weight' from 'QuadTree_new_from_point_list'

This parameter is always passed as `NULL`.

sfdpgen: remove unused 'node_weights' from 'spring_maxent_embedding'

sfdpgen: remove unused 'node_weights' from 'spring_electrical_embedding'

sfdpgen: remove unused 'node_weights' from 'spring_electrical_embedding_slow'

sfdpgen: remove unused 'node_weights' from 'spring_electrical_embedding_fast'

sfdpgen: remove always-false 'use_node_weights'

sfdpgen: remove 'node_weights' from 'spring_electrical_spring_embedding'

This parameter is always passed as `NULL`.

sfdpgen: remove 'node_weights' from 'SpringSmoother_smooth'

This parameter is always passed as `NULL`.

sfdpgen: remove 'node_weights' from 'post_process_smoothing'

This parameter is always passed as `NULL`.

sfdpgen: remove 'node_weights' from 'Multilevel_new'

This parameter is always passed as `NULL`.

sparse: remove 'node_weights' from 'multilevel_spring_electrical_embedding'

This parameter is always passed as `NULL`.

Merge branch 'trapezoidation' into 'main'

comment about theory and 📜 origins of trapezoids for ortho

See merge request graphviz/graphviz!2696

comment about theory and origins of trap.h

comment about theory and origins of trapezoid.c

Merge branch 'smattr/C8308E84-5819-47FC-B5A1-2C8A9A0D4BB5' into 'main'

dotgen: remove shadowing of 'n' in 'build_ranks'

See merge request graphviz/graphviz!2687

dotgen: remove shadowing of 'n' in 'build_ranks'

The compiler was warning:

  mincross.c:1404:17: warning: declaration of 'n' shadows a previous local
    [-Wshadow]
   1404 |             int n, ndiv2;
        |                 ^
  mincross.c:1359:13: note: shadowed declaration is here
   1359 |     node_t *n, *n0;
        |             ^

We can trivially rephrase the code to avoid this noise.

Merge branch 'smattr/1CFC93CE-61B4-4BC3-AFD5-CE4AD8428B92' into 'main'

upgrade Pylint

See merge request graphviz/graphviz!2677

upgrade Pylint

Merge branch 'smattr/2B028903-89AB-434A-9AC9-F7D4D737A1BF' into 'main'

sparse: simplify 'SparseMatrix_coordinate_form_add_entries'

See merge request graphviz/graphviz!2691

sparse: remove incorrect comment in 'SparseMatrix_delete'

This appears to have been accidentally copy-pasted from
`SparseMatrix_general_new`.

sparse: take 'jcn' as a value instead of pointer

sparse: take 'irn' as a value instead of pointer

sparse: rename 'SparseMatrix_coordinate_form_add_entries'

Now that this function only adds a single entry, its name should more accurately
indicate this.

sparse: rewrite 'memcpy' steps in 'SparseMatrix_coordinate_form_add_entries'

Now that we know these steps are always copying a single element, we can write
them simpler.

sparse: remove 'nentries' from 'SparseMatrix_coordinate_form_add_entries'

This parameter is always passed as 1.

Merge branch 'doc-cmd' into 'main'

populate directory cmd with doxygen comments

See merge request graphviz/graphviz!2653

doxygen comments for cmd/smyrna

doxygen comments for cmd/mingle

doxygen comments for cmd, lefty, gvmap, lneato, dotty

doxygen comments for cmd/gvmap

doxygen comments for cmd/gvedit

doxygen comments for cmd/edgepaint

symbol % prevents automatic link generation

Reference https://www.doxygen.nl/manual/autolink.html#linkclass

doxygen comments for cmd/dot

Merge branch 'smattr/E952DFA7-B513-45DE-B06B-55EDD4629175' into 'main'

edgepaint: remove 'iter_max' parameter from 'node_distinct_coloring'

See merge request graphviz/graphviz!2690

edgepaint: remove 'iter_max' parameter from 'node_distinct_coloring'

This is always set to 100.

Merge branch 'smattr/46AE87AD-E20D-448B-A034-75D02874EF1D' into 'main'

sparse: remove 'D' parameter from 'SparseMatrix_import_dot' that is always null

See merge request graphviz/graphviz!2673

sparse: remove 'D' parameter from 'SparseMatrix_import_dot' that is always null

Merge branch 'smattr/11C3F22D-F3BE-483F-B2FF-968986B76565' into 'main'

tred: replace a 'malloc' with cgraph alloc wrapper

See merge request graphviz/graphviz!2674

tred: replace a 'malloc' with cgraph alloc wrapper

This addresses a case where allocation failure went unchecked.

Merge branch 'doc-tools' into 'main'

populate directory cmd/tools with doxygen comments

See merge request graphviz/graphviz!2657

doxygen comment for unflatten.c

doxygen comment for tred.c

doxygen comment for sccmap.c

doxygen comment for nop.c

doxygen comment for mmio.h

doxygen comment for mm2gv.c

doxygen comment for matrix_market.h

doxygen comment for gxl2gv.c

doxygen comment for gvpack.cpp

doxygen comment for gvgen.c

doxygen comment for gvcolor.c

doxygen comment for gv2gxl.c

doxygen comment for gv2gml.c

doxygen comment for graphml2gv.c

doxygen comment for gml2gv.h

doxygen comment for gc.c

doxygen comment for dijkstra.c

doxygen comment for cvtgxl.c

doxygen comment for convert.h

doxygen comment for colxlate.c

doxygen comment for ccomps.c

doxygen comment for bcomps.c

doxygen comment for acyclic.c

Merge branch 'emitSearchGraph' into 'main'

fix emitSearchGraph for better representation

See merge request graphviz/graphviz!2647

emitSearchGraph: show weights of search graph in labels

Before this patch using `weight` as `len` contradicted
predefined coordinates and changed layout.

fix emitSearchGraph, use layout=neato and pos=x,y!

Function emitSearchGraph dumps internal state of
orthogonal routing search graph in dot format for debugging.
Output of the function is not used for final user output.

The functions already receives coordinates of nodes.
These coordinates should be used verbatim.

Before this patch `dot` changes locations of search graph nodes and
rendered output image is not useful.

This patch
- adds dummy layout `neato` because attribute `pos` is meaningful
  for only for `neato` and `fdp`.
- adds "!" to force fixed positions by default.

Finally layout engine doesn't changes layout and positions of nodes.

References:
- https://graphviz.org/docs/attrs/pos/
- https://graphviz.org/docs/attr-types/point/

Merge branch 'gvpr' into 'main'

Doxygen comments for gvpr

See merge request graphviz/graphviz!2648

doxygen comment for lib/gvpr/gvpr.c

doxygen comment for lib/gvpr/gvpr.h

doxygen comment for cmd/gvpr

Merge branch 'smattr/C9DF4E16-8634-4D4E-AAE0-62E906147657' into 'main'

dotgen: squash -Wsign-conversion warning in 'doDot'

See merge request graphviz/graphviz!2692

dotgen: squash -Wsign-conversion warning in 'doDot'

The compiler says:

  dotinit.c: In function 'doDot':
  dotinit.c:454:24: warning: conversion to 'unsigned int' from 'int' may change
    the sign of the result [-Wsign-conversion]
  454 |         pinfo.margin = Pack;
      |                        ^~~~

But from the surrounding code and the implementation of `getPack`, we can
statically determine that `Pack` is non-negative at this point.

Merge branch 'cleanup-arrow-length-use' into 'main'

remove unnecessary use of arrow_length function and make it static

See merge request graphviz/graphviz!2693

common: mark 'arrow_length' static

This function is no longer used outside of its containing file.

sameport: replace goto with return

sameport: remove unused n_arr field from same_t struct

sameport: remove unused arr_len field from same_t struct

Merge branch 'upgrade-centos7-docker-image' into 'main'

Upgrade Centos7 Dockerfile

See merge request graphviz/graphviz!2695

upgrade git to 2.36 in Centos7 Dockerfile

Version 2.24 is no longer available.

Fixes this error when building the Docker image:

Cannot open: https://repo.ius.io/7/x86_64/packages/g/git224-2.24.3-1.el7.ius.x86_64.rpm. Skipping.

upgrade epel-release to latest-7 in Centos7 Dockerfile

Version 7.12 is no longer available.

Fixes this error when building the Docker image:

Cannot open: https://download-ib01.fedoraproject.org/pub/epel/7/x86_64/Packages/e/epel-release-7-12.noarch.rpm. Skipping.

Merge branch 'smattr/C351F03D-D182-43E4-92A6-4A4308AF78B9' into 'main'

gvpr: squash -Wconversion warning from 'read' return

See merge request graphviz/graphviz!2675

gvpr: squash -Wconversion warning from 'read' return

This call is asked to read an `int` length of bytes, so cannot return more than
`INT_MAX`.

Merge branch 'smattr/3A15FDA7-0604-425F-A34A-EBCF8A7B2050' into 'main'

gvpr: squash some -Wunused-parameter warnings

See merge request graphviz/graphviz!2676

gvpr: remove unused 'uopts' parameter from 'scanArgs'

gvpr: squash -Wunused-parameter warnings in 'matchval'

These parameters cannot be removed because this function is used as a callback.

gvpr: squash -Wunused-parameter warnings in 'keyval'

These parameters cannot be removed because this function is used as a callback.

gvpr: squash -Wunused-parameter warnings in 'convert'

These parameters cannot be removed because this function is used as a callback.

gvpr: squash -Wunused-parameter warnings in 'binary'

These parameters cannot be removed because this function is used as a callback.