gxl2gv: replace custom 'slist' string stack with generic stack

Similar to previous changes to `gc` in 4e2875fd7376338259dcb3ccc8f029d58bdf22dd,
this replaces some duplicated functionality with the generic Graphviz stack
implementation. Apart from reducing code duplication and complexity, this
removes an unnecessary rounding of allocations. The prior code rounded up
`slist` allocations to `sizeof(void*)`, but `malloc` effectively does this
internally anyway. This also adds checks for allocation failures that were
previously missing.

Gitlab: #1793

gxl2gv: replace inline stack implementation with generic API

Similar to previous changes to `gc` in 4e2875fd7376338259dcb3ccc8f029d58bdf22dd,
this replaces some duplicated functionality with the generic Graphviz stack
implementation. This removes the previously hard coded nested subgraph limit of
32. The number of supported subgraphs in now solely limited by available memory.

Gitlab: #1793

Merge branch 'smattr/06F42B8C-5B6E-438F-8110-3B743FAF61E9' into 'main'

de-dupe unistd compat headers; remove unistd detection

Closes #2204

See merge request graphviz/graphviz!2614

remove no longer used compat_unistd.h

Gitlab: closes #2204

remove no longer used unistd.h detection

Gitlab: #2204

gvpr: make #includes of unistd.h unconditional

Gitlab: #2204

ast: make #includes of unistd.h unconditional

Only the one in pathfind.c was actually having the intended effect, because the
other two files were not #including config.h.

Gitlab: #2204

treat 'X_OK' as an alias of 'R_OK' in the Windows unistd.h shim

This is not technically correct (Windows does not have `X_OK` at all), but this
is an accurate approximation for the ways in which Graphviz uses `X_OK`. This is
another step towards replacing lib/ast/compat_unistd.h.

Gitlab: #2204

implement a 'S_ISDIR' shim for Windows

This will enable further migration away from lib/ast/compat_unistd.h. Note that
the `S_ISDIR` wrapper there appears incorrect, in using a platform-specific
constant for the mask. Its definition of `X_OK` also seems incorrect, as this
value has no documented meaning when calling `_access` on Windows.

Gitlab: #2204

common: make #include of unistd.h unconditional

Gitlab: #2204

cgraph: control Flex unistd.h suppression by whether we are on Windows

Windows is the only non-unistd.h-having platform we support.

Gitlab: #2204

sfio: make #include of unistd.h unconditional

Gitlab: #2204

gvc: make #include of unistd.h unconditional

Gitlab: #2204

lefty: make a unix #include of unistd.h unconditional

On unices, it is fine to assume the existence of unistd.h.

Gitlab: #2204

gml2gv: control Flex unistd.h suppression by whether we are on Windows

This aligns more closely with the idiom used in lib/cgraph, and Windows is the
only non-unistd.h-having platform we support.

Gitlab: #2204

move Windows unistd.h shim to its own directory

Graphviz contains two shims for platforms lacking unistd.h:

  1. windows/include/unistd.h
  2. lib/ast/compat_unistd.h

(1) is more comprehensive than (2), and we would like to replace (2) entirely
with (1). However, it is not currently possible to put (1) in the compiler’s
include path during the CMake build. Because it lives in the same directory as
the config.h used in the MS Build build, putting it in the compiler’s include
path also makes this config.h eligible for inclusion. This conflicts with the
CMake build system’s own generated config.h.

Moving this unistd.h to its own directory allows us to more selectively put it
in the include path when relevant. Though surprisingly this file seems unused
right now; even the adjacent config.h does not define `HAVE_UNISTD_H`,
indicating it should not be included.

With unistd.h available natively on every supported platform except Windows,
this change should allow removing unistd.h detection in future and
unconditionally including it when desired.

Gitlab: #2204

common: remove unused unistd.h #include

Gitlab: #2204

doc sccmap: remove unused unistd.h #include

Gitlab: #2204

remove unistd.h check in plugin.demo

Nothing in plugin.demo uses unistd.h anymore.

Gitlab: #2204

Merge branch 'smattr/30329BC5-7D90-4D80-84EC-0821124864B6' into 'main'

upgrade Pylint

See merge request graphviz/graphviz!2624

upgrade Pylint

Merge branch 'doc' into 'main'

add doxygen comment to cell::edges

See merge request graphviz/graphviz!2623

add doxygen comment to cell::edges

The first two lines (brief) will shown in description
of the `struct cell`

The list will be shown in detailed description of cell::edges

Merge branch 'smattr/CE3E9D6F-BFB1-44FB-BCCE-FAD52D1FE9F1' into 'main'

lib/neatogen: replace inline stack with generic implementation

See merge request graphviz/graphviz!2622

lib/neatogen: replace inline stack with generic implementation

Similar to previous changes to `gc` in 4e2875fd7376338259dcb3ccc8f029d58bdf22dd,
this replaces some duplicated functionality with the generic Graphviz stack
implementation. This also introduces some missing allocation failure checks.

Gitlab: #1793

Merge branch 'smattr/9060F827-8691-4085-BB0D-430A545CC103' into 'main'

sfio: remove some dead code

See merge request graphviz/graphviz!2621

sfio: remove function pointer dereferences and parens

The C compiler knows how to dereference a function pointer and call through it
without needing to be explicitly told.

Gitlab: #1998

sfio: remove unnecessary casts

Gitlab: #1998

sfio: remove open coded 'NULL'

Gitlab: #1998

sfio: use 'SIG_IGN' instead of custom ignoring signal handler

This is a simpler, more efficient, and more concise way of achieving the same
thing that has existed since at least C89.

Gitlab: #1998

sfio: remove unnecessary C++ guards in a C file

This file is compiled with the C compiler, so the ifdef condition on these
guards is always false.

Gitlab: #1998

sfio: remove legacy '__SFDPP__directive' support

This seems to be support for some legacy platform lost to the sands of time.
Various internet code searches turn up some clues, but I cannot precisely
determine what platform or system was expected to define these. AFAIK these are
undefined on all currently supported Graphviz platforms.

Gitlab: #1998

sfio: remove unused '_sfgetpath'

Gitlab: #1998

sfio: remove unused 'sfresize'

Gitlab: #1998

Merge branch 'smattr/94A38AB0-13D5-4797-B464-88C8BE016582' into 'main'

API BREAK: change 'Agiodisc_t' output function from puts-alike to printf-alike

See merge request graphviz/graphviz!2620

common: inline and remove 'agputs'

common: fuse adjacent 'print' calls

With a `printf` API, there is no longer a need to make all these I/O calls
separately.

common: inline and remove 'printdouble'

With the `Agiodisc_t` output function now taking a format string, this code can
be written more readably and concisely. This also avoids the need for
intermediate buffering.

common: inline and remove 'printint'

With the `Agiodisc_t` output function now taking a format string, this code can
be written more readably and concisely. This also avoids the need for
intermediate buffering.

common: inline and remove 'printstring'

With the `Agiodisc_t` output function now taking a format string, this code can
be written more readably and concisely.

common: remove “slimey” comment

It is unclear what this comment is referring to. It seems to only make this code
more confusing.

API BREAK: change 'Agiodisc_t' output function from puts-alike to printf-alike

This enables writing calling code in a simpler manner that removes the need for
intermediate buffering. This will be demonstrated in upcoming commits.

Merge branch 'smattr/23C59ACB-D5E2-4D3C-AED1-16F3145755B9' into 'main'

pack: replace inline stack with generic implementation

See merge request graphviz/graphviz!2625

pack: replace inline stack with generic implementation

Similar to previous changes to `gc` in 4e2875fd7376338259dcb3ccc8f029d58bdf22dd,
this replaces some duplicated functionality with the generic Graphviz stack
implementation.

Gitlab: #1793

Merge branch 'smattr/3777e2b7-e748-48b3-be40-2d466eeb7d6d' into 'main'

dot2gxl: fix crashes when given an empty node id

Closes #2092

See merge request graphviz/graphviz!2627

dot2gxl: fix crashes when given an empty node id

An empty node id is now treated as if id was missing altogether.

Gitlab: fixes #2092

tests: adjust #2092 test case to expect failure

Even when this is fixed to not crash, it should still not exit with success
because the input it is given is invalid. Unfortunately we need to also adjust
the xfail condition to be non-strict because this passes under ASan, due to
exiting with 1 when an invalid memory reference is detected.

Gitlab: #2092

tests: fix 'gvtest' import adjustment

This appended path was clearly wrong. Yet this test was running (and passing) in
CI. It seems somehow `./rtest` is already in the `$PYTHONPATH` in CI. A bit
mysterious, but this correction lets the test suite run locally correctly too.

Merge branch 'smattr/1FB0FD97-370C-4494-96C7-660729E080FD' into 'main'

dotgen: replace inline stack with generic implementation

See merge request graphviz/graphviz!2626

dotgen: replace inline stack with generic implementation

Similar to previous changes to `gc` in 4e2875fd7376338259dcb3ccc8f029d58bdf22dd,
this replaces some duplicated functionality with the generic Graphviz stack
implementation.

Gitlab: #1793

Merge branch 'smattr/92B5C0E4-9DD0-486F-BCF8-6CD2CF4D606A' into 'main'

core plugin: remove 'GVPUTS' optimization

See merge request graphviz/graphviz!2616

core plugin: remove 'GVPUTS' optimization

This macro was implemented to optimize the case of calling `gvputs` with a
string literal. It has since proven error prone to use.¹ The sharp edge is that
it is possible to call the macro with something that is not a string literal:

  const char *hello = "hello world";
  GVPUTS(job, hello);

This will pass through the compiler with no warnings, but on e.g. x86-64 will
result in a `gvputs` of `"hello wo"`. For safety, we remove it.

This effectively reverts commit 1764f50bcbdf944e003fe475aba2c26e2fd370ff. The
`GVPUTS` macro was originally introduced to optimize I/O resulting in a ~1%
runtime improvement on tests/regression_tests/large/long_chain. That example
should probably no longer be considered “expensive.” I/O is typically an
insignificant fraction of the computation done by currently known expensive
inputs that spend most of their time in layout or cycle resolution. If I/O _is_
a factor in an expensive graph, we could consider providing a vectorized
interface in future in the style of `writev`.

¹ E.g. https://gitlab.com/graphviz/graphviz/-/merge_requests/2472#note_861834540

Merge branch 'simplify-pdf-generation' into 'main'

Simplify PDF generation

See merge request graphviz/graphviz!2608

Simplify PDF generation

* Make the suffix rule visible unconditionally, make only the PDF
  target (`pdf_DATA`) visible if `groff` is available and the user
  hasn't explicitly disabled PDF generation.

`AC_CHECK_PROG(EGREP,...)` -> `AC_PROG_EGREP`

`AC_CHECK_PROGS(SED,...)` -> `AC_PROG_SED`

* `AC_PROG_SED` is more portable and the Autoconf builtin.

`AC_PROG_LIBTOOL` -> `LT_INIT`

* `AC_PROG_LIBTOOL` is the deprecated name from libtool 1.x days.

Merge branch 'smattr/504AC3D8-C9CA-4DBE-ADB1-61A6EC6E31E5' into 'main'

cgraph: also flush C++ iostreams in exit wrapper

See merge request graphviz/graphviz!2611

cgraph: also flush C++ iostreams in exit wrapper

This exit wrapper works around an issue where processes running under MinGW can
exit with unbuffered data remaining in their stdout and stderr internal buffers
without being flushed. The C stdio and C++ iostreams implementations can have
separate buffers. Thus when using this wrapper in C++ code in combination with
C++ iostreams (e.g. cmd/mingle/minglemain.cpp) we need to additionally flush the
C++ buffers as well.

Gitlab: #2178

Merge branch 'smattr/2876ED0F-59E3-4EAD-BF53-380662F6B6CF' into 'main'

gvgen: replace inline stack with generation implementation

See merge request graphviz/graphviz!2612

gvgen: replace inline stack with generation implementation

Similar to previous changes to `gc` in 4e2875fd7376338259dcb3ccc8f029d58bdf22dd,
this replaces some duplicated functionality with the generic Graphviz stack
implementation. This also introduces some missing allocation failure checks.

Gitlab: #1793

Merge branch 'smattr/D117C632-7F81-42C4-859F-F6CA7D69D211' into 'main'

remove 'HAVE_LIBXPMFORLEFTY' comment in Windows config.h

See merge request graphviz/graphviz!2613

remove 'HAVE_LIBXPMFORLEFTY' comment in Windows config.h

The originating Autotools code from which this was derived was removed in
ba574d9f2579cda134d30b2ad5c8729012296a83.

Merge branch 'smattr/95332056-80BA-49C3-9F43-72BD2F1E2060' into 'main'

cgraph man page fix, pack const-ify a param

See merge request graphviz/graphviz!2610

pack: take a const parameter in 'parsePackModeInfo'

This string is not modified internally.

cgraph: fix legacy type signature in man page

`agattr` was updated to take a `const char*` for `value` in
c5789870553e56ca80bcf233a1c7488538561ca3.

Merge branch 'smattr/8B7C6044-6EC5-46EC-975D-79D9082F9A78' into 'main'

sccmap: replace inline stack with generation implementation

See merge request graphviz/graphviz!2609

sccmap: replace inline stack with generation implementation

Similar to previous changes to `gc` in 4e2875fd7376338259dcb3ccc8f029d58bdf22dd,
this replaces some duplicated functionality with the generic Graphviz stack
implementation. This also introduces some missing allocation failure checks.

Gitlab: #1793

Merge branch 'remove-__USE_GNU-hacks-for-stdlib.h' into 'main'

render: unconditionally include stdlib.h

See merge request graphviz/graphviz!2607

render: unconditionally include stdlib.h

Without this change, attempting to include geomproc.h in render.h
would cause the following warning:

In file included from /home/magjac/graphviz/lib/common/shapes.c:12:
/home/magjac/graphviz/lib/common/render.h:24: warning: "__USE_GNU" redefined
   24 | #define __USE_GNU
      |
In file included from /usr/include/x86_64-linux-gnu/bits/libc-header-start.h:33,
                 from /usr/include/limits.h:26,
                 from /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/11/include/limits.h:203,
                 from /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/11/include/syslimits.h:7,
                 from /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/11/include/limits.h:34,
                 from /home/magjac/graphviz/lib/common/arith.h:21,
                 from /home/magjac/graphviz/lib/common/geom.h:16,
                 from /home/magjac/graphviz/lib/common/geomprocs.h:21,
                 from /home/magjac/graphviz/lib/common/shapes.c:11:
/usr/include/features.h:407: note: this is the location of the previous definition
  407 | # define __USE_GNU      1
      |

This is casued by arith.h defining _GNU_SOURCE to 1 which seems to
implicitly set __USE_GNU.

Merge branch 'smattr/FEF51FF4-CEC3-46E0-B585-34C3E7E6311E' into 'main'

add a CONTRIBUTING.md, spelling out some implicit development practices

See merge request graphviz/graphviz!2586

add a CONTRIBUTING.md, spelling out some implicit development practices

This is still incomplete, but it at least documents some things we have largely
been doing implicitly for awhile.

Gitlab: #2199

Merge branch 'smattr/DA9E7312-A451-4627-BCFB-778A8505ED48' into 'main'

gml2gv: replace 'liststk' stack with generic implementation

See merge request graphviz/graphviz!2606

gml2gv: replace 'liststk' stack with generic implementation

Similar to previous changes to `gc` in 4e2875fd7376338259dcb3ccc8f029d58bdf22dd,
this replaces some duplicated functionality with the generic Graphviz stack
implementation. This also introduces some missing allocation failure checks.

Gitlab: #1793

Merge branch 'smattr/2BDF9A34-A358-4559-A1F7-55A3385F3088' into 'main'

misc improvements

See merge request graphviz/graphviz!2605

tests: use 'gvtest.dot' to simplify a test case

tests: switch test_large_graphs.py to *nix line endings

Not sure how this one incurred Windows line endings, in contrast to the rest of
the tree.

tests: suppress 'gvtest' Pytest warnings by name instead of code

This has the same effect, but is slightly less cryptic to people reading this
code.

add a changelog entry for CMake plugin enabling since last release

Merge branch 'smattr/12B33EC1-2DD6-4415-92C4-A3914D178A24' into 'main'

graphml2gv: replace inline stack implementations with generic API

See merge request graphviz/graphviz!2600

graphml2gv: replace custom 'slist' string stack with generic stack

Similar to previous changes to `gc` in 4e2875fd7376338259dcb3ccc8f029d58bdf22dd,
this replaces some duplicated functionality with the generic Graphviz stack
implementation. Apart from reducing code duplication and complexity, this
removes an unnecessary rounding of allocations. The prior code rounded up
`slist` allocations to `sizeof(void*)`, but `malloc` effectively does this
internally anyway.

Gitlab: #1793

graphml2gv: replace inline stack implementation with generic API

Similar to previous changes to `gc` in 4e2875fd7376338259dcb3ccc8f029d58bdf22dd,
this replaces some duplicated functionality with the generic Graphviz stack
implementation. This removes the previously hard coded nested subgraph limit of
32. The number of supported subgraphs in now solely limited by available memory.

Gitlab: #1793

Merge branch 'smattr/F75A68E4-8CEB-47C7-9183-FB9033461020' into 'main'

CI: retry macOS libANN installation up to 2× on failure

See merge request graphviz/graphviz!2603

CI: retry macOS libANN installation up to 2× on failure

libANN availability seems erratic, with Macports sometimes reporting:

  Error: Port libANN not found

only for a retry of the job to succeed. This change introduces an auto-retry
loop on libANN’s installation, hoping this will ameliorate the issue.

Merge branch 'smattr/B0797CFF-D97C-4D8F-B2BB-08A472AB2C8A' into 'main'

bcomps: replace inline stack implementation with generic API

See merge request graphviz/graphviz!2604

bcomps: replace inline stack implementation with generic API

Similar to previous changes to `gc` in 4e2875fd7376338259dcb3ccc8f029d58bdf22dd,
this replaces some duplicated functionality with the generic Graphviz stack
implementation.

Gitlab: #1793

Merge branch 'minor-poly_init-cleanup' into 'main'

Minor cleanup in poly_init

See merge request graphviz/graphviz!2601

poly_init: narrow scope of P, Q and R

poly_init: remove useless assignment of P

P is not read after this before assigning it a new value.

Merge branch 'remove-unused-shape_t-struct' into 'main'

Breaking change: remove unused shape_t struct from public header types.h

See merge request graphviz/graphviz!2599

remove unused shape_t struct

Merge branch 'conditionalize-man-page-installation' into 'main'

Conditionalize man page installation on binary/script

See merge request graphviz/graphviz!2602

Conditionalize man page installation on binary/script

* Previously man pages were installed even though the respective binary/script wasn't.

Merge branch 'bugfix/many-clusters' into 'main'

Increase the size of mark to handle more clusters

See merge request graphviz/graphviz!2595

common: increase the size of mark to handle more clusters

tests: add a regression test for a crash with >= 128 clusters

Merge branch 'man-handling' into 'main'

Respect autoconf defaults

See merge request graphviz/graphviz!2598

Update spec file for --docdir changes

* We nest `pdf` and `html` in separate directories in $(docdir), to
  mimic the old documentation packaging structure.

Define `$(pkgconfigdir)` using `PKG_INSTALLDIR` in configure.ac

* This allows overriding the default using `--with-pkgconfigdir`
  passed to the configure script. FreeBSD for instance doesn't use
  the standard `$libdir/pkgconfig` directory. This macro has been
  present in pkg.m4 for over 9 years:
  https://gitlab.freedesktop.org/pkg-config/pkg-config/-/commit/5fc77a96b7a1114e296f968037342f060d4bc34b

`$(txtdir)` -> `$(docdir)`

* All documentation directories should be a function of `$(docdir)`, and
  not `$(datadir)`, which is to be used for files that the program
  actually needs at runtime.
* Also amend the debian install rules, since documentation is now
  natively installed into `$(docdir)` == `usr/share/doc/graphviz`.