Add documentation on json output.

Merge branch 'master' of https://github.com/ellson/graphviz

Fix bug in SparseMatrix_copy tries to copy a pattern matrix which does
have values.

If a matrix is constructed using _from_coordinate_arrays, it calls
from_coordinate_arrays_internal with SUM_REPEATED_ALL. The latter function then
calls sum_repeated_entries. This causes values to be added to the array

Later, if the matrix is passed to make_undirected, this calls symmetrize,
which may call _copy. If _copy uses _new, the new array will use the input
array's type (pattern) and not create memory values, causing the memcpy to fail.

convert 'unsigned long' to 'uint64_t' for Windows portability

Merge pull request #1151 from arjamizo/master

fix typo TB->BT in docs:shapes

fix typo TB->BT in docs:shapes

Replace cluster with subgraph, as the output will also reflect non-cluster
subgraphs.

Add schema for dot output in json format.

Merge pull request #1150 from ErwinJanssen/configure-ac

Removed POSIX version flag from configure.ac

Removed POSIX version flag from configure.ac

With the new way of enabling C99 (`AC_PROG_CC_C99` instead of `-std=c99`) this flag is no longer needed for a successfull compilation.

el5 breakage, need ,  in dist target, but not in install target

remove -D_POSIX_C_SOURCE=200112L as it breaks ./configure test for php.h

Merge branch 'master' of github.com:/ellson/graphviz

disable php in fedora24 till we can work out what broke

try updating php includedirs to match php-config --includes

 build manpages unconditionally on Travis hsost

Merge pull request #1149 from ErwinJanssen/improve-travis

Improve Travis + deploy make dist results

Small formatting change.

Edges attached to a cluster were not getting assigned an index number.

quote  as it contains spaces when No

suppress "unused parameter" warning during ./configure

Travis: deploy result of `make dist`

Every commit will still result in a new untagged release on Github, but the results of `make dist` will now be attached to these releases.

Travis: clean build steps.

Because the results of `make install` when using a prefix aren't binaries suitable to be released, some build steps can either be removed or simpified.

Travis: color gcc output

Use colorgcc to add color to the output of gcc. This improves readability and makes it easier to find warnings.

Merge pull request #1148 from ErwinJanssen/unit-test

Introduction unit test for current commnand line behavior

Tests added for current behaviour command line.

This commit adds some tests that "document" the current behavior of the command line interface. When refactoring command line interface (like the parsing code), the observable behavior of the command line interface should stay the same, this is to ensure backwards compatibility. These tests are a start, it covers some basic command line operations (printing the version and usage), but show some interesting things. Mainly that the order of the flags is very important.

- `dot -Vrandom` prints the version, but `dot -randomV` causes an error.
- `dot -?V` prints the usage, but `dot -V?` prints the version.

While it may be desirable to change this, when refactoring this behavior should stay the same. Changing the existing interface should be done in Graphviz 3.

Travis: Install Criterion

Adds the installation of Criterion to the `install` step in the Travis configuration. A submodule is used so changes in the Criterion repository can't break the build. A submodule points to a specific commit.

Simple unit test added.

This unit test serves to validate the configuration and installation of the Criterion unit testing framework. This test will only be compiled and run if Criterion is installed.

Check for unit test framework in configure.ac

Criterion is a unit testing framework for C and C++ and it's C99 compatible. It allows for fast test writing because, unlike a lot of other C unit test frameworks, it doesn't require a lot of boilerplate code.

This check in configure.ac checks if Criterion is installed on the system.

Merge pull request #1147 from GadgetSteve/master

Changed README.md reference github for documentation.

Changes to README.md to reference github for documentation

Adresses #88 and #77.

Merge pull request #3 from ellson/master

Sync with master

some -W flags not available on centos[56]

Fix bug in printing error message about graphs with loops or multiedges; note port restriction in
man page.

cgraph is not a configure option these days

improve handling of extra warnings if C99 available

more incompatible warning switches

-Wtrampolines -Wdouble-promotion  - cause errors on older (centos[56]) compilers

Merge pull request #1145 from ErwinJanssen/refactor

Enable C99, enable more warnings and solve some warnings.

add missing layers support in -Tsvgz device

Fixed Wundef warnings in various files in sfio.

The fixed header files are included in multiple locations, causing a reducution of around 2000 Wundef warnings after these changes.

Fixed various Wundef warnings.

Surrounded _BLD_cdt with defined() in cdt.h.

This solves hundreds of Wundef warnings.

Surrounded _PACKAGE_ast with defined() where needed.

This solves more than a thousend Wundef warnings.

Fixed Wundef warnings in ast_common.h.in

There were several Wundef warnings in ast_common.h.in. Because this file is included in a lot of other files, these warnings showed up often. This change fixed 1119 warnings in total.

Set std=c99 and multiple warnings for GCC

Using std=c99 enables some convenient features in the C language.
More compiler warnings offer a chance to improve the code quality.

Merge branch 'master' of github.com:/ellson/graphviz

Merge pull request #1142 from ikrabbe/figdriver

Figdriver

Merge pull request #1141 from ikrabbe/master

quickfix for metapost

fix broken ref to GD_LIBS that broke static builds

approximate height and move the text point by a constant

quickfix for metapost

Merge pull request #1137 from ErwinJanssen/replace-libgd

Replace in-tree libgd with external build of recent code

Delete references to old lib/gd location.

Deleted:
- Every reference pointing to lib/gd in the .vcxproj files.
- Entry in .gitignore pointing to file in lib/gd.

Updated graphviz-build-utilities submodule.

Appveyor: Hard path to build utilities.

Using %APPVEYOR_BUILD_FOLDER% doesn't work, so using a hard coded path
instead.

Appveyor: Added empty lines as seperation

Commands must be seperated by an empty line or they are executed like one
command.

Changed Bison, Flex and SED source.

These utilities were installed from sourceforge, but this website has been
unstable lately. Often builds failed because the site was unreachable. The
utilities are now included using a git submodule.

Appveyor: automated build of libgd dependency

Download and install the libgd dependencies. Use nmake to compile.

Deleted two `extern` in gvrender_gd.c

These two `extern` defintions were causing linker errors.

Changed references to libgd to new location.

References pointing to the old lib/gd location now point to the new
windows/dependencies/libgd.

Deleted lib/gd

- Deleted the the folder and all the files.
- Removed the project from the Visual Studio build
- libgd wasn't part of the autotools build, so nothing changed there.

Added source of libgd as submodule.

Libgd is actively maintained, but there are no recompiled files for
Windows, so I include the source as a submodule.

Merge branch 'master' of github.com:ellson/graphviz

--exclude=w[Cindows/dependencies/*/*   not our code, and breaks ubuntus tar v7 as used by traviz

no need to remove CVS dirs in dist-hook:

Merge pull request #1135 from ErwinJanssen/fix-windows-build

Fix windows build

Deleted `defined()` in ast_common.h around set values.

Some values are defined 0 or 1 at the top of the file. There shouldn't be
a `defined` around these, as the value must the checked, not if they are
defined.

Disabled mp_types on Windows as it causes errors.

Windows: fix error when parallel building with VS.

Gave the projects remaining projects in cmd/tools their own intermediate
directory (some already had this). This prevents errors when enabling
parallel build on Visual Studio.

 add 'make dist' to travis builds

Merge pull request #2 from ellson/master

Sync from Master

fix diffimg test code

Merge pull request #1134 from GadgetSteve/master

Address #95 by using f suffix on floats in color_palette.c

Fix for litteral warnings in color_palette.c to address #95 - continued.

Fix for litteral warnings in color_palette.c to address #95

remove rxpencer (unused, unneeded)

comment out empty "file:" statement

attempting to set up travis

fix break to 'make dist'

don't know why we need this anymore - but softling to the identical .gitignore

Merge pull request #96 from ErwinJanssen/windows-build

Windows build

fix mp pluging loading

Merge pull request #1133 from ikrabbe/master

fixed metapost core plugin to compile

fixed metapost core plugin to compile

Merge pull request #1 from ellson/master

Merge from ellison/graphviz

retry disable PHP7

retry disable PHP7

disable PHP7 support in fc25 until swig supports it

Sync branch with upstream master to resolve conflicts.

Merge master into windows-build branch to resolvle conflicts in ingore
files.

clean automated rules from .gitignore, fix lib/cdt/*cvxproj*

Merge pull request #158 from ErwinJanssen/gitignore

Refactor ignore files (gitignore and hgignore)

Merge pull request #98 from GadgetSteve/master

Changed README.md tracker to reference github. Addresses #97

Added regression test resut folders to ignore files.

Grouped all files generated during make in ignore file.

Do not ignore Windows MSI setup.exe for now.

Grouped files generated by configure in ignore files.

This way it's clear which files are ignored because of the configure build step. Also added some files to the exeption list that are not generated by the configure step, are included in the repository, but ignored by the original ignore rules.

Removed word 'ignored' in ignore file comments.

Grouped files generated by autogen and added missing.

Now it's more clear which files are ignored because they are generated by autogen.sh and autoreconf. These commands also generated some files which were not ignored, so I added these to the ignore files.

Synced .gitignore and .hgingore

Both files should have the same contents, as ignored files are independent of version control.