Update documentation to handle included json

Merge branch 'master' of github.com:/ellson/graphviz

adding a builtin tred to langs bindings

Fix a couple of lose ends where incorrect information is given in
error messages. Make sure each call to agmemread resets the line number
to 1 and the file name to NULL. If the input contains cpp line directive,
another run of agmemread with errors would report them incorrectly.

In addition, the gvNextInputGraph in common/input.s was not resetting the
the file name in the case that the new FILE* happened to use the same memory
as the previous FILE*.

At present, if the graph has no nodes, no layout is done. But then if gvFreeLayout is called
and there are subgraphs, dot_cleanup_graph assumes the subgraphs are bound to a Agraphinfo_t,
which doesn't exist.  The calls to free the associated memory cause a crash.

The simplest solution is to check that Agraphinfo_t exists in dot_cleanup_graph before using it.

remove file that caused all lineends to change to CRLF.   - Windows users, please find another way.

trying to get Travis-CI to send me notifications

returning line-ends to lf ???

Merge pull request #1185 from Chiel92/master

Fix flex build command in cgraph project.

Fix flex build command in cgraph project.

Merge pull request #1183 from ErwinJanssen/remove-fenv-init

Remove unused FPE initialization from dot.c

Remove unused FPE initialization from dot.c

In cmd/dot/dot.c, non standard floating point exceptions are enabled
in a platform specific way in a sequence of `ifdef`s. However, this
is never used because:
- The rest of the code never checks for set floating point exception
  flags (with `fetestexcept` for example).
- The check that toggles the whole block, `ifndef NO_FPERR` is almost
  false. `NO_FPERR` is always defined on Windows and only disabled on
  specific platforms that do not support `-ffast-math`.

In conclusion, the code adds unnecessary complexity and can be removed.

Add print function for spring control; remove extraneous spaces; fix misspelling.

Add missing include directory in Makefile

Cleanup warnings and add missing include directory.

Add verbose printing of overlap parameters

Fix verbose printing. First, we are not printing the graph depth, but the
maximum number of steps to the center. Second, we can't use SLEAF if the root
is specified, since SLEAF is not calculated in that case.

email notifications going to Erwin?? Try to over-ride

Lua-5.2 renamed string.gfind to string.gmatch

Merge pull request #1181 from ErwinJanssen/various-changes

Various changes

Merge branch 'master' of github.com:ellson/graphviz

remove the AR_FLAGS over-ride which broke on Macs (#84)

Fixed 3 potential memory leaks in QuadTree.c

In the function `QuadTree_new_from_point_list` in lib/sparse/QuadTree.c,
memory is allocated for tree variables. The check that follows returns
NULL if one of the pointers is NULL (indicating memory allocation
failure). However, it is possible that memory allocation succeeds for one
or two variables, but fails for the third. If this happens, the functions
returns NULL, but the allocated memory isn't freed.
The fix is to free all three pointers in case of a failure. If memory is
allocated it is freed. If the pointer is NULL, free can still safely be
called.

Fixed: 'dereference before null check' in DotIO.c

When the local variables in the function `convert_edge_labels_to_nodes` in
lib/spare/DotIO.c are initialized, the pointer `g` is dereferenced. But a
the check that tests if `g` is NULL happens after this initialization. The
fix is placing the `if (!g) return NULL` as the first line of the
function, so dereferencing only occurs if the pointer is not NULL.

Fixed: 2 'dereference before null check' in SparseMatrix

In the file lib/sparse/SparseMatric.x, there were two functions were a
pointer is dereferenced before checking if the pointer is NULL. The check
`if(!A)` caused an early return in both functions.
The fix is placing the check and the early return as the first line in
both functions. Dereferencing then only occures if the pointer A is not
NULL.

Fixed: 'dereference before null check' in stack.c

The pointer `theStack` is dereferenced before the if statement that
checks whether `theStack` is null. This is fixed by placing the variable
declarations in the if statement.

Fixed: three memory leaks in neatoinit.c

In the function `makeGraphData()` memory is allocated in various places,
but not all allocated memory is freed at the end of this function. This
commit fixes this by calling `free()` on the pointers `edges`, `edists`
and `ewgts`.

Replace WIN32 with _WIN32 in ast, common, dotgen2

WIN32 is defined by the user, _WIN32 is set by the compiler to indicate
the platform. It is better to use the latter.
This commit replaces WIN32 with _WIN32 in source and header files of
lib/ast, lib/common and lib/dotgen2.

Change lib/common/types.h.in -> lib/common/types.h

The only Autotools check in types.h.in is for `WITH_CGRAPH`, which is
always true for legacy reasons. Therefore we can set this define and turn
it in a regular header file.

Remove usage and defintion of __INLINE__

The __INLINE__ definition is used on one place in the code: sfio.h
In this header, some function are defined as inline functions when the
__INLINE__ definition is set. With the current configuration the
__INLINE__ definition is never set, and the inline functions are never
used. Changing the condition so that __INLINE__ does get set, results in
errors during the compilation process. Therefore this defintion can be
removed.

Remove usage of _hdr_filio and _sys_filio

Both headers are not required for the build and are excluded when
SF_BINARY is defined. The headers and defines can therefore be removed.

Assume `atexit()` can be used, part of standard C

The `atexit()` function is part of standard C, so it can be assumed that
it available. The fallback machanism with `onexit()` is therefore not
needed, which results in less code and defines.

Remove definition of _hdr_stddef

The header file `stddef.h` is part of the C standard and should always be
available. Checking is therefore not needed.

Remove definition of _sys_time and _sys_times

Both definitions are no longer used can be safely removed.

Remove definition of `_proto_stdc`

This definition is no longer used and can be safely removed.

Remove definition of _hdr_time

This definition is no longer used and can safely be removed.

Delete lib/cdt/features/common, no longer used

The code in lib/cdt no longer uses any of the defines or values set in
this script.

Remove definition of `_hdr_pthread`

This define is not used anymore and doesn't have to be set.

Remove `_may_use_threads` from lib/sfio/vthread.h

The define `_may_use_threads` is set after checking some condition, but is
`undef`ed immediately after. The checks that follow only succeed if
`_may_use_threads` is defined, so they all fail and nothing happens. Therefore, the checks of this define and the usage of it can be removed.

Remove all usage of _PACKAGE_ast and PACKAGE_ast

These two defines are never set in the configuration or code. Manually
setting them causes the build to fail. Therefore all usage of these
defines can be removed.

Remove usage `_hdr_time` & `_sys_time` from sfio

The headers time.h and sys/time.h are not included in the binary build and
are not required for a successfull compilation. The corresponding defines
can therefore also be removed.

Replace WIN32 with _WIN32 in cdt, cgraph, pathplan

WIN32 is defined by the user, _WIN32 is set by the compiler to indicate
the platform. It is better to use the latter.
This commit replaces WIN32 with _WIN32 in source and header files of
lib/cdt, lib/cgraph and lib/pathplan.

Visual Studio: access bison, flex, sed from path

Instead of the environment variables %BISON%, %FLEX% and %SED%, access the
commands by using the PATH.

Remove `_typ_size_t` define and check

The type `size_t` is part of the C standard library, there is no need
to check and define it.

Expanded windows/include/unistd.h

This unistd.h header file is intended to serve as a drop-in replacement
for unistd.h on Windows.
Source: http://stackoverflow.com/questions/341817/is-there-a-replacement-for-unistd-h-for-windows-visual-c

remove experimental file

Merge pull request #1179 from rakuco/egrep-for-version-header

build: Use EGREP to generate graphviz_version.h

build: Use EGREP to generate graphviz_version.h

According to POSIX, '|' only works as an alternation character in grep
when it is extended regular expression mode (egrep, or grep -E).

This is not an issue most of the time because GNU grep accepts it in
non-extended expressions as well, but other grep implementations
adhering to the standard will fail to match the pattern used to generate
graphviz_version.h.

Switching to EGREP (which also requires not escaping the '|'s) makes it
work for all implementations.

Merge pull request #1178 from ErwinJanssen/travis-nightly

Enhanced Travis Nightly Release

Merge pull request #1177 from ErwinJanssen/fix/windows-rtest

Prevent values like -0 in xdot output

Small changelog change

Appveyor is not used for Mac builds, but for the automated Windows build.

Enhanced Travis Nightly Release

Instead of publishing a new release with an "untagged" name on every
Travis build, this configuration will deploy all these nightlies to a
special Nightly release tag.

Prevent values like -0 in xdot output

Two graphs in the shapes regression test reference files (invhouse and
invtrapezium) contained a -0 coordinate. The Linux build produced the same
results, but the Windows build didn't, causing the regression tests to
fail.
To prevent values like -0 in the xdot output, a comparison is added just
before formatting the number.

fix pangocairo breakage from last commit

prep for php7 support in swig-3.0.11

try are more direct approach to the missing XRENDER_CFLAGS

improve fix for #1175

add explicit check to cairo lib dependencies

tito doesn't autogen to spec.tmpl

trying to set up tito so that copr can work directly ffrom github

Initialized to use tito.

partial fix for #1175

Update ChangeLog

Add regression test for urls appearing in svg output.

Fix issue #1166 for good. This also simplfies the code and also avoids the problem of generating duplicate id's for different <g> elements.

Print out depth of graph in verbose mode.

Add minus sign dropped in the conversion added in
0258d60cbde273e99abd015da7cb510b195724c3.

Update man page to include additional widely-used formats.

preparing Changelog for 2.40.0 release

update svg and xdot regression reference cases

use number rounding gvprintdouble() in .svg output - already used in tk and ps output

Merge branch 'ErwinJanssen-regression-tests'
except for: "Fix: shape coordinates close to 0 now absolutely 0"

Revert "Fix: shape coordinates close to 0 now absolutely 0"

This reverts commit a55127dbe7d5557eeb019e1ed50fae16f84c2547.

Merge branch 'regression-tests' of https://github.com/ErwinJanssen/graphviz into ErwinJanssen-regression-tests

change winbuild.html to a relative URL so that it doesn't break wgen relocated

remove .hgignore - not using mercurial anymore

Update man page, and fix number of nodes in the 2D Sierpinski graph;
fix edge count for 3D Sierpinski in graph_generator.c;
modify CLI to use -S for Sierpinski in any dimension.

Merge pull request #1171 from HanKruiger/master

Added generation of tetrix (3d sierpinski) graphs.

Added generation of tetrix (3d sierpinski) graphs.

Revert version ffb894f27874ebd510a8555c28083d6e01eb80b6. The fix broke other input (rtest/graphs/url.gv).
Plus it didn't fix the problem of repeated ids. We need to rethink how to handle anchors.

xdot output added to shapes regression test

The script `shapes.py` now also produces and compares xdot output, also
included the xdot reference files.

SVG output added to shapes regression test

The script `shapes.py` now also produces and compares SVG output, also
included the SVG reference files.

Fix: shape coordinates close to 0 now absolutely 0

Check wether the values are close to zero by checking if it lies between
-0.00001 and 0.00001. If this is the case, set the value to 0. This prevents
coordinates like 7.10543e-15, that are differ by platform.

Merge branch 'master' of https://github.com/ellson/graphviz

Fix issue https://github.com/ellson/graphviz/issues/1166.

Allow user to specify clustering algorithm in gvmap.

Compare output `shapes.py` to reference files

The reference files in `shapes/reference` are generated by the most recent
version of Graphviz. They will serve as a comparison for later versions to
verify the output.
`shapes.py` compares the generated files stored in `output` with the
reference files, by checking equality.

Batch file for regression tests for Windows added.

This batch file will execute the new regression tests, for now this only
inclues `shapes.py`. Also added the execution of this file to the Appveyor
configuration.

Add shapes.py to Autotools check step

Running `make check` (or `test` or `rtest`) now also executes `python shapes.py`

Python script to generate a graph for every shape

The start of a regression test with Python. This script generates a gv
output for every available shape, the most basic output type.

Move unit test from `tests/` to `tests/unit_tests`

Moving the unit tests to a seperate folder in tests, allows the
regression tests to be placed in `tests/regressions_tests`.

simplify ksh buildrequire for SuSE builds

Complete backbone algorithm; add testing scaffolding.

missing TCL_EXEC_PREFIX substitution

add spinehdr.h to source dstribution

Merge branch 'ErwinJanssen-various-changes'

Merge branch 'various-changes' of https://github.com/ErwinJanssen/graphviz into ErwinJanssen-various-changes

#include<spinehdr.h> => #include "spinehdr.h"

Add lib/spine to Windows build

Create a new Visual Studio project for the new library spine and include
this in the Windows build.

Replace `Void_t` with `void` in lib/spine

The newly added code in spine used `Void_t`, which is no longer needed.