[trunk]rename j2k_lib to opj_clock

[trunk] modify type of opj_clock function

[trunk] Fix issue during renaming of man page

[trunk] Fix compilation:
- using mingw32 compiler (missing exported symbols)
- using -fvisibility=hidden (gcc on UNIX)

[trunk] Fix Java binding compilation. Need to link against openmj2 for now to resolve all symbols.
Add a local indec.c (pulled from opj 1.5 branch)

[trunk] Fix missing -lm to openjpwl

[trunk] Fix missing link to zlib

[trunk] Fix openmj2 compilation in static mode.

[trunk] Fix compilation in static mode. Prevent duplicate symbols with convert.c implementation

[trunk] Add missing newline character

[trunk] Fix issues in man pages.

[trunk] Fix installaiton of header file

[trunk] remove left-over from ->jpip_on implementation. JPIP is now completely removed from openjp2 and openmj2. Document jpip_iptr_offset variable

[trunk] Fix warning for no previous prototype by using static function

[trunk] Fix advanced (and experimental) Java binding. As reported on the mailing list.

[trunk] Fix openmj2/mj2 compilation

As reported on the mailing list, it is better to have a working (compiling) mj2 codec rather than nothing. mj2 uses it own copy of openjpeg 1.5

Update issue 177

[trunk] Use opj_malloc/opj_free in jpip bin

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task. Remove left over of JPIP

JPIP code was moved from JP2 to openjpip

Update issue 177

[trunk] Update JPIP (FolderReorgProposal task)

This commit does three things:
- Use opj_malloc/calloc/free instead of the default C ones.
- Update JPIP API to start using cio _v2 API
- Create a new opj_jpip_compress which is the replacement for image_to_j2k -jpip

Update issue 177

[trunk] Make openjpip a first class shared lib, for future linking

[trunk] First step in moving JPIP code out of openjp2

[trunk] update t1_generate_luts.c with the right ouput to generate t1_luts

[trunk] Fix spelling. writting -> writing

[trunk] rename int.h to opj_intmath.h and rename all its functions with opj_ prefix

[trunk] move fix_mul inside int.h and remove fix.h from the project

[trunk] remove warnings

[trunk]remove warnings in pi.c through the update of poc struct types with new opj_types.

[trunk] update global functions of tgt with opj_ prefix

[trunk] (style) move global pi functions to the right place and update indentation

[trunk] remove old v1 functions and rename pi_initialise_encode_v2 to opj_pi_initialise_encode; pi_create_encode_v2 to opj_pi_create_decode; pi_destroy_v2 to opj_pi_destroy; pi_create_decode_v2 to opj_pi_create_decode

[trunk] update pi_check_next_level with the opj_ prefix and change output type to be more convenient

[trunk]rename pi_update_encoding_parameters to opj_pi_update_encoding_parameters

[trunk] replace pi_next by opj_pi_next

[trunk] update local function of pi.c with the opj_ prefix and the new opj types

[trunk] update mqc global functions with opj_ prefix

[trunk] add comments to check some parts of mqc.c and update types

upadate mqc with new opj_type and use opj_ prefix for local functions

[trunk] correct warnings linked to static dwt functions because declaration is not hide when we use SSE

{trunk]update mct functions with opj_ prefix and new opj type
add some comments

[trunk] update global functions of bio.c with opj_prefix and new opj type

[trunk] Set of warnings fix for gcc -pedantic

[trunk] Build small internal tools to generate t1_luts.h

[trunk] Import opj_malloc.h from branch 1.5.x

[trunk] V2 will be release with SOVERSION=6

[trunk] Remove old function tgt_create
Fix some warnings about size_t

[trunk] Update README to reflect FolderReorgProposal

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal fix. 3rd party variables were not set

Update issue 177

[trunk] Requires CMake 2.8.2 at least

[trunk] Fix minor cmake style

[trunk] import unit testing from 1.5.x branch

[trunk] remove warnings generated by all project in thirdparties

[trunk] Discard warnings from tiff package

[trunk] rename PACKAGE_VERSION to OPJ_PACKAGE_VERSION

This prevent conflicts with TIFF package which also defines PACKAGE_VERSION

[trunk] Fix missing include directory

[trunk] fix compilation on windows where getopt is not available

[trunk] Fix missing getopt symbols on windows

[trunk] FolderReorgProposal task: Fix openjp2 lib name

[trunk] Fix a set of warnings about C90 issues

[trunk] FolderReorgProposal task. Do not rebuild doxygen always

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: cleanup doxygen

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: fix jpip doxygen

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: Fix doxygen

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: update install instruction

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: move source code to source dir

[trunk] FolderReorgProposal task: only keep a single build system

[trunk] update the name of the executable used for the tests

[trunk] FolderReorgProposal task: rename JP3D CLI tools

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: rename MJ2/JPIP CLI tools

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: fix JPWL

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: rename cli tools

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: Fix Viewer

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: refactor MJ2

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: add JP3D

Update issue 177

[trunk] Continue FolderReorgProposal task. Missing java wrapping

Update issue 177

[trunk] Start FolderReorgProposal task

Update issue 177

update j2k_lib with new opj type

correct a warning in image.c

clean function_list functions

[trunk] Rename bio_create and bio_destroy with opj_ prefix

[trunk] udpate local functions of bio.c with opj_prefix and new opj types
update opj_bio structure

[trunk] update t1_luts.h with opj type

[trunk] update some local function of t1 with opj_prefix and new opj type

 rename opj_t1_enc_clnpass and opj_t1_enc_clnpass_step with opj_ prefix and update types used in theses functions

[trunk]rename t1_enc_refpass_step and t1_enc_repass with opj_ prefix and update types used in theses functions

{trunk] remove old v1 style function t1_encode_cblk
rename t1_encode_cblk_v2 to opj_t1_encode_cblk

[trunk] remove old v1 function t1_encode_blocks

[trunk] remove old v1 style t1_decode_cblk function and rename t1_decode_cblk_v2 to opj_t1_decode_cblk
rename t1_dec_sigpass t1_dec_sigpass_step, t1_updateflags, t1_dec_refpass, t1_dec_refpass_step with opj_prefix and v2 type
delete unused functions in new V2 t1 framework: t1_dec_refpass_raw, t1_dec_refpass_mqc, t1_dec_refpass_mqc_vsc, t1_dec_refpass_step_raw, t1_dec_refpass_step_mqc, t1_dec_refpass_step_mqc_vsc, t1_dec_sigpass_raw, t1_dec_sigpass_mqc, t1_dec_sigpass_mqc_vsc, t1_dec_sigpass_step_raw, t1_dec_sigpass_step_mqc, t1_dec_sigpass_step_mqc_vsc

[trunk]remove t2_init_seg
rename t2_init_seg_v2 to opj_t2_init_seg
rename t2_encode_packet_v2 to opj_t2_encode_packet

[trunk] remove t2_destroy, t2_decode_packets and t2_decode_packet
rename from t2_destroy_v2 to opj_t2_destroy
rename from t2_decode_packets_v2 to opj_t2_decode_packets
rename from t2_decode_packet_v2 to opj_t2_decode_packet

[trunk] remove old v1 style function t2_create
rename t2_create_v2 to opj_t2_create

[trunk] remove t2_encode_packet and t2_encode_packets
rename from t2_encode_packets_v2 to opj_t2_encode_packets

[trunk] update t2_getnumpasses from V2 branch and put opj_ prefix

[trunk] update t2_putnumpasses with V2 style

[trunk] rename t2_getcommacode to opj_t2_getcommacode

[trunk] modify output type of t2_getcommacode

[trunk] rename local functions in t2 with opj_ prefix

rename from t2_skip_packet to opj_t2_skip_packet;
rename from t2_skip_packet_data to opj_t2_skip_packet_data;

[trunk] Fix possible code execution vuln

Thanks to Huzaifa Sidhpurwala of Red Hat Security Response Team for patch + dataset to reproduce issue.
Technically kdu_expand works fine on the image...

Fixes issue 175

[trunk] Fix one remaining issue with C90 compat

[trunk] Use new gcc feature to actually hide exported symbols

Right now we are only using the Windows/POSIX compatibility layer. This means that we have only been marking explicitely which symbols to export.
What this also means is that for one to explicitely remove non-explicitely marked symbols, one has to set -fvisibility=hidden as CFLAGS