Remove 1 -Wsometimes-uninitialized warning in ortho.c

Remove 1 -Wself-assign warning in edge_bundling.c

Remove 1 -Wunused-function warning in nearest_neighbor_graph_ann.cpp

Remove 1 -Wmaybe-uninitialized warning in ink.c

Most certainly the unitialized values were not intended to used by the
callers since the return value of the function in this case is set to
a "large" value to indicate failure and the callers have assertions
that seems to guard from using such values by mistake (although a
thorough understanding of the algorithm and minimum ink values are
needed to prove this).

Altough the original author seems to have intended to set them to the
mid point, perhaps as a precautionary measure, the assigment has been
removed and new assertions has been added to the relevant call sites
to garantee that they are never used.

Correct assertion and remove 1 -Wparentheses warning in agglomerative_bundling.c

Remove 1 -Wunused-function warning in gmlscan.l

Remove 1 -Wunused-function warning in scan.l

Remove 2 -Wunused-but-set-variable warnings in graph_generator.c

Remove 2 -Wunused-function warning in gvrender_gd.c

Remove 2 -Wunused-variable warnings in gvrender_gd.c

Remove 2 -Wunused-but-set-variable warnings in gvrender_gd.c

Remove 2 -Wunused-but-set-variable warnings in gvrender_core_vml.c

Remove 3 -Wunused-but-set-variable warnings in gvrender_core_pic.c

Remove some commented out code in gvrender_core_pic.c

Remove 1 -Wunused-but-set-variable warning in gvrender_core_json.c

Remove 1 -Wunused-but-set-variable warning in gvdevice.c

Remove 1 -Wunused-but-set-variable warning in node.c

Remove 1 -Wunused-but-set-variable warning in edge.c

Remove 1 -Wunused-but-set-variable warning in twopiinit.c

Remove 3 -Wunused-but-set-variable warnings in post_process.c

Remove 6 -Wunused-but-set-variable warnings in Multilevel.c

Remove 2 -Wunused-but-set-variable warnings in SparseMatrix.c

Remove 2 -Wunused-but-set-variable warnings in DotIO.c

Correct assertion and remove 1 -Wparentheses warning in BinaryHeap.c

Note the operator is changed from assigment to *inequality*. From the
surrounding code it's apparent that the intent was to check that no -1
values are left in the mask array (equality to 1 would also have been
correct).

Remove 1 -Wunused-but-set-variable warning in partition.c

Remove 2 -Wunused-but-set-variable warnings in ortho.c

Remove 1 -Wunused-but-set-variable warning in maze.c

Remove 1 -Wunused-but-set-variable warning in neatosplines.c

Remove 1 -Wunused-but-set-variable warning in compute_hierarchy.c

Remove 2 -Wunused-but-set-variable warnings in dotsplines.c

Remove 1 -Wunused-but-set-variable warning in aspect.c

Fix handling of epsf file read error in psusershape.c

Also removes 1 -Wunused-but-set-variable warning

Remove 4 -Wunused-function warnings in ns.c

Remove 1 -Wunused-but-set-variable warning in dtview.c

Merge branch 'smattr/614456fd-ae2a-4243-93d1-e2fa5ee18cc0' into 'master'

fix concentrate=true segfaults

Closes #1771 and #167

See merge request graphviz/graphviz!1664

remove comparison against boolean literals in conc.c

remove unnecessary bracketing in conc.c

fix: anticipate no non-normal edges when computing direction with concentrate

With concentrate enabled (`concentrate=true`), the direction of edges is
analyzed in lib/dotgen/conc.c. The loops in `samedir()` did not anticipate that
they may not find a single non-normal edge before hitting the end of an edge
chain. This change removes this assumption.

Fixes #167, #1771.

Merge branch 'smattr/c15b6722-05d6-4d5f-9e5f-34bc637d7ad9' into 'master'

minor modernization in libvpsc

See merge request graphviz/graphviz!1662

remove use of std::endl in VPSC

Use of std::endl is generally considered an anti-pattern these days.

make VPSC debugging code visible to the compiler

The compiler can still optimize this out, but this way we ensure it always stays
compilable and consistent with the surrounding code.

remove unnecessary ifdef guards

Merge branch 'smattr/174FAE10-334A-4463-A0AD-FE61C51E45D8' into 'master'

add a section of performance and profiling to dev docs

See merge request graphviz/graphviz!1661

Merge branch 'smattr/134762F6-3732-49B2-A65D-FACE0D5BDAB6' into 'master'

removal of another setjmp/longjmp

See merge request graphviz/graphviz!1660

remove some unnecessary bracketing

replace a malloc array allocation with calloc

This can be more efficient for large allocations and is generally cleaner code.

remove some unnecessary casts of malloc return values

Some cases that were missed in e33fdf6d35f379bf53dc9656d07efba46077a617.

remove a use of longjmp and use explicit return instead

Related to #1801.

Merge branch 'smattr/ea4ee7c7-8a0e-4f9f-bfdf-37e082768793' into 'master'

remove commented out code in Smyrna

See merge request graphviz/graphviz!1659

add a section of performance and profiling to dev docs

remove unused xdotstate, xdotstyle

remove commented out code in Smyrna

Merge branch 'smattr/4AE22380-A30F-4A49-B284-320A2BCDEBB2' into 'master'

fix buffer under-read in fdp

Closes #1290, #236, and #1865

See merge request graphviz/graphviz!1658

remove some unnecessary brackets

fix buffer under-read in fdp

When using fdp to process a graph, it would try to canonicalize all node names,
regardless of whether they were hosted in refstr_ts or not. The problem with
this is that the canonicalization logic assumes the character pointer passed
into it is within a refstr_t and that therefore it can do pointer subtraction to
get a pointer to the refstr_t itself. This was not true for internally
constructed node names like "%4".

We change this to always go through the refstr logic in agstrdup() when
canonicalizing names. This ensures that the pointer we pass into the
canonicalization logic *is* within a refstr_t. This is based on canon() in
lib/cgraph/output.c. Fixes #236, #1290, #1865.

Merge branch 'smattr/c43d1d65-32e9-4049-a95f-9b209af13c66' into 'master'

fix: anticipate empty clusters when using newrank

Closes #1221

See merge request graphviz/graphviz!1657

squash some unused parameter warnings

remove unused sg variable

squash a -Wundef warning

remove an unused parameter to mincross_clust()

remove some unnecessary bracketing

introduce an assertion on rank consistency

Related to #1221.

fix: anticipate empty clusters when using newrank

When using newrank=true and incorrectly putting a node in two clusters, one of
the clusters would end up empty. This broke assumptions in the crossing logic;
e.g. that all clusters have a leader. We fix this by detecting empty clusters
and removing them prior to the crossing logic. Fixes #1221.

Merge branch 'smattr/119AD784-5E65-4421-BC9A-F772B4532C94' into 'master'

fix: fclose(NULL) in the VRML plugin when current directory is not writable

Closes #793

See merge request graphviz/graphviz!1656

optimize gvputs() usage in the VRML plugin

Combining these calls reduces the function call related overhead in this logic.

remove an unnecessary unary +

fix: fclose(NULL) in the VRML plugin when current directory is not writable

The VRML plugin writes PNG files of each node in the graph alongside the VRML
output that then references these files. If you give no output location (do not
pass `-o` to dot), the VRML output is written to stdout and the node PNG files
are written to the current directory. However, the plugin was not checking
whether opening of these PNG files succeeded. As a result, if the current
directory was not writable, it would end up calling fclose() with a NULL
pointer.

This change makes the plugin report the failure to open PNG files and cause dot
to eventually exit with non-zero. Note that VRML processing is not stopped, so
the user can still get complete VRML output, albeit missing the associated PNG
files that will be referenced.

The test case included in this commit does not necessarily reproduce the failure
prior to these changes. This is because Glibc allows fclose(NULL). However, this
is beyond the spec and other libcs do not provide these guarantees.

Fixes #793.

Merge branch 'smattr/8b5fbbeb-e221-4eb3-a26b-0935708c3521' into 'master'

remove unnecessary branching for malloc/realloc

See merge request graphviz/graphviz!1652

remove unnecessary cast of a parameter to realloc()

This implicitly coerces to void*.

remove some unnecessary allocation casts

These return values implicitly coerce to other pointer types.

remove some unnecessary branching for malloc/realloc

When realloc() is passed NULL as its first parameter, it acts the same as
malloc().

remove some commented out code

Merge branch 'smattr/5d4e3a2b-8dff-4eee-81b1-76ad3a6885be' into 'master'

squash some compiler warnings

See merge request graphviz/graphviz!1651

squash a -Wconversion warning

squash a -Wconversion warning

squash some -Wconversion warnings

remove an unnecessary cast

Squashes a -Wcast-qual warning.

remove unused addSpace parameter to gv_trim_zeros()

Merge branch 'smattr/DF679B9B-496A-45B6-B14B-856D8DD8212B' into 'master'

make compiler warnings for CMake Linux/macOS builds fail CI

See merge request graphviz/graphviz!1653

Merge branch 'with-quartz-yes-on-macos' into 'master'

Enable building with quartz on macOS

See merge request graphviz/graphviz!1649

Add --with-quartz=yes to configure on macOS

Merge branch 'smattr/4EEAF0CE-D0C3-479C-A9F1-A91B90168C2F' into 'master'

fix some #includes in the Quartz plugin

See merge request graphviz/graphviz!1648

fix some #includes in the Quartz plugin

This reverts part of d80f685dbacc2cfa3e496415739b4d6cfad32233 that incorrectly
updated paths to the header gvplugin_quartz.h. This mistake was not detected at
the time as we did not have macOS CI. Thanks to Stephen for picking this up.
Related to #1785.

make compiler warnings for CMake Linux/macOS builds fail CI

Now that these builds are warning-free, we can "turn the ratchet" to demand they
stay warning-free or constitute a regression.

Merge branch 'smattr/9f1ba4b1-6f37-4d49-b1a2-3f1fee7ee743' into 'master'

some pythonizing of rtest

See merge request graphviz/graphviz!1646

use write() instead of print() for writing to a file

remove unused GRAPH variable

remove unused IDX variable

unfuse another with block in rtest

unfuse a with block in rtest

fix handling of KFLAGS and TFLAGS in rtest

This was potentially appending empty strings to the command passed to
subprocess.

write readSubtests() more Pythonically

use shutil.rmtree in preference to pathlib unlink

The missing_ok argument was only added to pathlib.Path.unlink in Python 3.8.
This made the cleanup function fail (sometimes silently) on versions of Python
prior to 3.8.

fix: remove unused format arguments in rtest

This was detected by `python3 -m pylint --errors-only rtest/rtest.py`.

Merge branch 'smattr/81334456-1889-4c1c-b6ee-3e83aa779c2f' into 'master'

fix macOS CMake build warnings

See merge request graphviz/graphviz!1644

fix printf format code in agnameof()

This fixes a build warning on macOS when using CMake. Related to !1620.

use safer snprintf in agnameof()

reduce the scope of a buffer in agnameof()

fix printf format code in write_nodename()

This fixes a build warning on macOS when using CMake. Related to !1620.

use safer snprintf in write_nodename()