remove unnecessary tclpkg/tcldot include path

disambiguate tclpkg/gv #includes

Related to #1242 and #1785.

remove unnecessary tclpkg/gv include path

Merge branch '4a751607-966c-4130-84cb-77a26d194de8' into 'master'

drop explicit libstdc++ references, allowing linking with libc++

Closes #163

See merge request graphviz/graphviz!1586

remove explicit linking of libstdc++

The autotools build should now be compatible with libc++. Closes #163.

force the C++ compiler to be used when linking C++-dependent targets

This looks pretty hacky, but is apparently the libtool-sanctioned way of doing
this [0]. Related to #163.

  [0]: https://www.gnu.org/software/automake/manual/automake.html#Libtool-Convenience-Libraries

remove duplicated Makefile content

Merge branch '23CD380E-C5C0-414F-B23F-122C42B26417' into 'master'

remove testing pieces from CMake build

Closes #1795

See merge request graphviz/graphviz!1584

remove testing pieces from CMake build

The existing test fragments in the CMake files had two undesirable effects:

  1. Projects using Graphviz as a subdirectory would pick up this test suite and
     it would get run as part of their own test suite. See #1795.

  2. The fragments incorrectly gave the impression this was the canonical set of
     Graphviz tests and/or that this is what was run in CI. The current reality
     is that CI ignores this path to a subset of the tests, and most of the
     maintainers do not run this either.

remove build system workaround for GCC 3

We no longer support anything below GCC 4.4.7.

don't squash -O2 when using ICC

ICC is Intel's C Compiler. All recent versions of it *do* support `-O2`.

Merge branch '803B960B-999F-41B4-981C-21E1EB0BB124' into 'master'

remove eFence support

Closes #1827

See merge request graphviz/graphviz!1585

remove eFence support

The eFence memory debugging tool has these days been superseded by Valgrind and
Address Sanitizer. Closes #1827.

remove commented out library checks

remove legacy comment

Merge branch '6B1AB424-B66A-42CC-B5CF-BAC9AEEF6129' into 'master'

miscellaneous cleanup

See merge request graphviz/graphviz!1583

remove ignore rules from some legacy files

libgraph was removed in d5f98556f654b41e5fdabd2d6f7528256bdea519.

remove commented out strToL

remove Windows strto[u]ll redirects

These functions exist on Windows. There is no need to remap them.

remove unused 'external'

remove unused 'cast'

Merge branch 'fix-linux-cmake-and-add-test-job-to-ci' into 'master'

Add Linux CMake test job to CI (including needed generation of a .deb package and correction of some linking problems)

See merge request graphviz/graphviz!1578

Add skip of format png:gd also for Linux CMake rtest

Add skip of PNG diff for also for Linux CMake rtest

Add skip of test_1813 also for Linux CMake

Add ubuntu18-04-cmake-test job to CI

Also adapt existing test jobs to accomodate this.

Fix lib/pack objs not included in lib/gvc dynamic lib for CMake builds

This is what the autotools builds do.

For some reason this was not a problem on Windows.

Without this, the rtest/test_examples.py gave errors like this for neatopack.c:

neatopack.c:(.text+0x81): undefined reference to `ccomps'

Fix lib/common objs not included in lib/gvc lib for CMake builds

This is what the autotools builds do.

For some reason this was not a problem on Windows.

Without this, the rtest/test_examples.py gave errors like this for e.g. demo.c:

demo.c:(.text+0x29): undefined reference to `gvParseArgs'

Correct link library order for mm2gv

The sparse lib depends on many of the libs that were listed before it.

An upcoming change to lib/gvc revealed this and without this change,
the following link error would occur:

../../lib/sparse/libsparse.a(SparseMatrix.c.o): In function `SparseMatrix_page_rank':
SparseMatrix.c:(.text+0x12471): undefined reference to `Verbose'

Fix math library not linked with lib/sparse and remove from gvpack

The gvpack tool only uses math functions indirectly through other
libraries including plugin/neato_layout which use lib/sparse.

Remove obsolete Linux special add of math target link library

Since the previous commit, this is no longer necessary for programs
that only use math functions indirectly through lib/gvc.

Fix math library not linked with lib/gvc for Linux CMake builds

This is what the autotools builds do.

$(MATH_LIB) was already referenced by lib/gvc/CmakeLists.txt, but it
was never given any value.

For Windows, this is not necessary since math functions are included
in the Universal C Runtime library (UCRT).

Without this, the rtest/test_examples.py gave errors like this for e.g. demo.c:

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../../lib/libgvc.so: undefined reference to `atan2'

Archive Linux CMake builds under Packages/experimental to avoid deployment

Changes COLLECTION to experimental for Linux CMake builds which causes
the artifacts to be archived under Packages/experimental which is not
deployed to https://www2.graphviz.org/Packages.

Add generation of a Debian package from Ubuntu CMake build

Also adapts jobs & scripts.

This does not yet replicate the structure of Debian packages produced
by autotools. Everything is put into one single package named
Graphviz-<version>-Linux.deb.

Merge branch '1785-3' into 'master'

disambiguate #includes (3/5)

See merge request graphviz/graphviz!1582

Merge branch 'afabefdf-dab2-43e5-bacd-ece9214998cd' into 'master'

remove ad hoc name mangling in the gml parser

Closes #1806

See merge request graphviz/graphviz!1580

disambiguate plugin/xlib #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/xlib include path

disambiguate plugin/webp #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/webp include path

disambiguate plugin/visio #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/visio include path

disambiguate plugin/rsvg #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/rsvg include path

disambiguate plugin/quartz #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/quartz include path

disambiguate plugin/poppler #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/poppler include path

disambiguate plugin/pango #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/pango include path

disambiguate plugin/neato_layout #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/neato_layout include path

disambiguate plugin/ming #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/ming include path

disambiguate plugin/lasi #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/lasi include path

disambiguate plugin/gtk #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/gtk include path

disambiguate plugin/gs #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/gd include path

disambiguate plugin/glitz #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/glitz include path

disambiguate plugin/gdk #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/gdk include path

disambiguate plugin/gdiplus #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/gdiplus include path

disambiguate plugin/gd #includes

Related to #1242 and #1785.

remove unnecessary plugin/gd include path

disambiguate plugin/dot_layout #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/dot_layout include path

disambiguate plugin/devil #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/devil include path

disambiguate plugin/core #includes

Related to #1242 and #1785.

remove unnecessary plugin/core include path

remove unnecessary intermediate files when generating gml parser

Closes #1806.

remove now-unnecessary ad hoc replacement of gml parser prefix

Related to #1806.

use api.prefix to set gml parser's prefix

Related to #1806.

explicitly set the output of the gml parser rule

This has no effect for now, but will once we set an api.prefix. Related to
#1806.

drop compatibility with Yacc, Bison < 3 in gml parser

Other parsers in the tree, e.g. lib/cgraph/grammar.y, already require Bison 3+,
so this does not change build requirements. Related to #1806.

suppress Bison warnings from using non-Yacc compatible extensions in gml parser

Related to #1806.

replace ad hoc name mangling in gml scanner with Flex's option prefix

This drops compatibility with Lex, but other scanners in the tree, e.g.
lib/cgraph/scan.l already require Flex, so this does not change build
requirements. Related to #1806.

remove legacy CMake replacement script

This should have been removed in 5e78a26f6820b8bf85038f269583ee879022fa3e.
Related to #1806.

Merge branch 'fix_ps2pdf' into 'master'

Fix failure to create .pdf files with autotools

Closes #1763

See merge request graphviz/graphviz!1577

Do not fail if ps2pdf is present and the .pdf files exist

If ps2pdf is not present on the system, the build
fails even if the .pdf files exist. The reason is that the .ps
files are created on the fly, and they are more recent than the
distributed .pdf. Makefile then runs "false <something>", which
obviously fails.

Setting PS2PDF to "true" is not a solution because we do not
want to ignore when the .pdf files are really absent.

This patch makes running $(PS2PDF) conditional, but still
imposes the .pdf files to be generated when running "make dist".

Merge branch 'a51bdabc-bd7b-4dd0-8515-8970f03c1432' into 'master'

implement string mapping of expr parser's token table using Bison feature

See merge request graphviz/graphviz!1576

implement string mapping of expr parser's token table using Bison feature

This removes some juggling to construct a string table of the tokens in the
expr parser, to replace it with native Bison functionality. Loosely related to
#1806.

Merge branch '5dfecf35-b8fc-4094-be39-b6b81dab61bd' into 'master'

fix some Coverity warnings

See merge request graphviz/graphviz!1574

remove undefined behavior in VPSC Constraint output

The address of a reference parameter can never be NULL. A reference parameter
is, definitionally, non-NULL. So taking the address of a reference parameter and
comparing it against NULL is always false. None of the call sites of this
operator passed in NULL, so this change is a no-op from a user perspective, but
it guards against future misuse.

This addresses the following Coverity warning:

  Error: COMPILER_WARNING: [#def230]
  graphviz-2.40.1/lib/vpsc/constraint.cpp: scope_hint: In function 'std::ostream& operator<<(std::ostream&, const Constraint&)'
  graphviz-2.40.1/lib/vpsc/constraint.cpp:46:7: warning: the compiler can assume that the address of 'c' will never be NULL [-Waddress]
  #  if(&c==NULL) {
  #       ^
  #   44|   std::ostream& operator <<(std::ostream &os, const Constraint &c)
  #   45|   {
  #   46|->   if(&c==NULL) {
  #   47|       os<<"NULL";
  #   48|     } else {

Related to #1464.

fix resource leakage in unflatten

This addresses the following Coverity warning:

  Error: RESOURCE_LEAK (CWE-772): [#def70]
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/unflatten.c:195: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "openFile".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/unflatten.c:160:5: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "fopen".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/unflatten.c:160:5: var_assign: Assigning: "fp" = "fopen(name, mode)".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/unflatten.c:170:5: return_alloc: Returning allocated memory "fp".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/unflatten.c:195: var_assign: Assigning: "outFile" = storage returned from "openFile(optarg, "w")".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/unflatten.c:195: overwrite_var: Overwriting "outFile" in "outFile = openFile(optarg, "w")" leaks the storage that "outFile" points to.
  #  193|         break;
  #  194|     case 'o':
  #  195|->       outFile = openFile(optarg, "w");
  #  196|         break;
  #  197|     case '?':

Related to #1464.

fix rersource leakage in sccmap

This addresses the following Coverity warning:

Error: RESOURCE_LEAK (CWE-772): [#def69]
graphviz-2.40.1/cmd/tools/sccmap.c:356: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "openFile".
graphviz-2.40.1/cmd/tools/sccmap.c:313:5: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "fopen".
graphviz-2.40.1/cmd/tools/sccmap.c:313:5: var_assign: Assigning: "fp" = "fopen(name, mode)".
graphviz-2.40.1/cmd/tools/sccmap.c:323:5: return_alloc: Returning allocated memory "fp".
graphviz-2.40.1/cmd/tools/sccmap.c:356: var_assign: Assigning: "outfp" = storage returned from "openFile(optarg, "w")".
graphviz-2.40.1/cmd/tools/sccmap.c:356: overwrite_var: Overwriting "outfp" in "outfp = openFile(optarg, "w")" leaks the storage that "outfp" points to.

Related to #1464.

fix resource leakage in gvpack

This addresses the following Coverity warning:

  Error: RESOURCE_LEAK (CWE-772): [#def60]
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gvpack.c:239: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "openFile".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gvpack.c:124:5: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "fopen".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gvpack.c:124:5: var_assign: Assigning: "fp" = "fopen(name, mode)".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gvpack.c:134:5: return_alloc: Returning allocated memory "fp".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gvpack.c:239: var_assign: Assigning: "outfp" = storage returned from "openFile(optarg, "w")".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gvpack.c:239: overwrite_var: Overwriting "outfp" in "outfp = openFile(optarg, "w")" leaks the storage that "outfp" points to.
  #  237|         break;
  #  238|     case 'o':
  #  239|->       outfp = openFile(optarg, "w");
  #  240|         break;
  #  241|     case 'u':

Related to #1464.

fix resource leakage in gv2gml

This addresses the following Coverity warning:

  Error: RESOURCE_LEAK (CWE-772): [#def57]
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gv2gml.c:713: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "openFile".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gv2gml.c:666:5: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "fopen".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gv2gml.c:666:5: var_assign: Assigning: "fp" = "fopen(name, mode)".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gv2gml.c:677:5: return_alloc: Returning allocated memory "fp".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gv2gml.c:713: var_assign: Assigning: "outFile" = storage returned from "openFile(optarg, "w")".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gv2gml.c:713: overwrite_var: Overwriting "outFile" in "outFile = openFile(optarg, "w")" leaks the storage that "outFile" points to.
  #  711|     switch (c) {
  #  712|     case 'o':
  #  713|->       outFile = openFile(optarg, "w");
  #  714|         break;
  #  715|     case ':':

Related to #1464.

fix resource leakage in graphml2gv

This addresses the following Coverity warning:

  Error: RESOURCE_LEAK (CWE-772): [#def56]
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/graphml2gv.c:729: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "openFile".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/graphml2gv.c:676:5: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "fopen".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/graphml2gv.c:676:5: var_assign: Assigning: "fp" = "fopen(name, mode)".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/graphml2gv.c:687:5: return_alloc: Returning allocated memory "fp".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/graphml2gv.c:729: var_assign: Assigning: "outFile" = storage returned from "openFile(optarg, "w")".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/graphml2gv.c:729: overwrite_var: Overwriting "outFile" in "outFile = openFile(optarg, "w")" leaks the storage that "outFile" points to.
  #  727|         break;
  #  728|     case 'o':
  #  729|->       outFile = openFile(optarg, "w");
  #  730|         break;
  #  731|     case ':':

Related to #1464.

fix resource leakage in gml2gv

This addresses the following Coverity warning:

  Error: RESOURCE_LEAK (CWE-772): [#def51]
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gml2gv.c:123: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "openFile".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gml2gv.c:68:5: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "fopen".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gml2gv.c:68:5: var_assign: Assigning: "fp" = "fopen(name, mode)".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gml2gv.c:79:5: return_alloc: Returning allocated memory "fp".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gml2gv.c:123: var_assign: Assigning: "outFile" = storage returned from "openFile(optarg, "w")".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gml2gv.c:123: overwrite_var: Overwriting "outFile" in "outFile = openFile(optarg, "w")" leaks the storage that "outFile" points to.
  #  121|         break;
  #  122|     case 'o':
  #  123|->       outFile = openFile(optarg, "w");
  #  124|         break;
  #  125|     case ':':

Related to #1464.

fix resource leakage in cvtgxl

This addresses the following Coverity warning:

  Error: RESOURCE_LEAK (CWE-772): [#def50]
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/cvtgxl.c:153: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "openFile".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/cvtgxl.c:65:5: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "fopen".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/cvtgxl.c:65:5: var_assign: Assigning: "fp" = "fopen(name, mode)".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/cvtgxl.c:76:5: return_alloc: Returning allocated memory "fp".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/cvtgxl.c:153: var_assign: Assigning: "outFile" = storage returned from "openFile(optarg, "w")".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/cvtgxl.c:153: overwrite_var: Overwriting "outFile" in "outFile = openFile(optarg, "w")" leaks the storage that "outFile" points to.
  #  151|         break;
  #  152|     case 'o':
  #  153|->       outFile = openFile(optarg, "w");
  #  154|         break;
  #  155|     case ':':

Related to #1464.

fix resource leakage in acyclic

This addresses the following Coverity warning:

  Error: RESOURCE_LEAK (CWE-772): [#def47]
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/acyclic.c:151: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "openFile".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/acyclic.c:129:5: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "fopen".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/acyclic.c:129:5: var_assign: Assigning: "fp" = "fopen(name, mode)".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/acyclic.c:139:5: return_alloc: Returning allocated memory "fp".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/acyclic.c:151: var_assign: Assigning: "outFile" = storage returned from "openFile(optarg, "w")".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/acyclic.c:151: overwrite_var: Overwriting "outFile" in "outFile = openFile(optarg, "w")" leaks the storage that "outFile" points to.
  #  149|     switch (c) {
  #  150|     case 'o':
  #  151|->       outFile = openFile(optarg, "w");
  #  152|         break;
  #  153|     case 'n':

Related to #1464.

fix file handle leakage

This addresses the following Coverity warnings:

  Error: RESOURCE_LEAK (CWE-772): [#def30]
  graphviz-2.40.1/cmd/lefty/lefty.c:469: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "fopen".
  graphviz-2.40.1/cmd/lefty/lefty.c:469: var_assign: Assigning: "fp" = storage returned from "fopen(argv[0], "r")".
  graphviz-2.40.1/cmd/lefty/lefty.c:464: overwrite_var: Overwriting "fp" in "fp = stdin" leaks the storage that "fp" points to.
  #  462|               usage(0);
  #  463|           else if (strcmp (argv[0], "-") == 0)
  #  464|->             fp = stdin;
  #  465|           else if (argv[0][0] == '-') {
  #  466|               fprintf (stderr, "option %s unrecognized - ignored\n", argv[0]);

  Error: RESOURCE_LEAK (CWE-772): [#def31]
  graphviz-2.40.1/cmd/lefty/lefty.c:469: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "fopen".
  graphviz-2.40.1/cmd/lefty/lefty.c:469: var_assign: Assigning: "fp" = storage returned from "fopen(argv[0], "r")".
  graphviz-2.40.1/cmd/lefty/lefty.c:469: overwrite_var: Overwriting "fp" in "fp = fopen(argv[0], "r")" leaks the storage that "fp" points to.
  #  467|           }
  #  468|           else {
  #  469|->             if ((fp = fopen (argv[0], "r")) == NULL) {
  #  470|                   fprintf (stderr, "cannot open input file: %s\n", argv[0]);
  #  471|                   exit(2);

Related to #1464.

fix resource leak in country_graph_coloring_internal

This addresses the following Coverity warnings:

  Error: CPPCHECK_WARNING (CWE-404): [#def16]
  graphviz-2.40.1/cmd/gvmap/country_graph_coloring.c:275: error[resourceLeak]: Resource leak: fp
  #  273|       }
  #  274|     }
  #  275|-> }
  #  276|
  #  277|   void country_graph_coloring_internal(int seed, SparseMatrix A, int **p, real *norm_1, int do_swapping){

  Error: RESOURCE_LEAK (CWE-772): [#def17]
  graphviz-2.40.1/cmd/gvmap/country_graph_coloring.c:237: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "fopen".
  graphviz-2.40.1/cmd/gvmap/country_graph_coloring.c:237: var_assign: Assigning: "fp" = storage returned from "fopen("timing_greedy", "w")".
  graphviz-2.40.1/cmd/gvmap/country_graph_coloring.c:272: noescape: Resource "fp" is not freed or pointed-to in "fprintf". [Note: The source code implementation of the function has been overridden by a builtin model.]
  graphviz-2.40.1/cmd/gvmap/country_graph_coloring.c:275: leaked_storage: Variable "fp" going out of scope leaks the storage it points to.
  #  273|       }
  #  274|     }
  #  275|-> }
  #  276|
  #  277|   void country_graph_coloring_internal(int seed, SparseMatrix A, int **p, real *norm_1, int do_swapping){

Related to #1464.

fix resource leak in edgepaint

This addresses the following Coverity warning:

  Error: RESOURCE_LEAK (CWE-772): [#def15]
  graphviz-2.40.1/cmd/edgepaint/edgepaintmain.c:190: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "openFile".
  graphviz-2.40.1/cmd/edgepaint/edgepaintmain.c:59:2: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "fopen".
  graphviz-2.40.1/cmd/edgepaint/edgepaintmain.c:59:2: var_assign: Assigning: "fp" = "fopen(name, mode)".
  graphviz-2.40.1/cmd/edgepaint/edgepaintmain.c:69:2: return_alloc: Returning allocated memory "fp".
  graphviz-2.40.1/cmd/edgepaint/edgepaintmain.c:190: var_assign: Assigning: "outfile" = storage returned from "openFile(optarg, "w", CmdName)".
  graphviz-2.40.1/cmd/edgepaint/edgepaintmain.c:190: overwrite_var: Overwriting "outfile" in "outfile = openFile(optarg, "w", CmdName)" leaks the storage that "outfile" points to.
  #  188|         break;
  #  189|       case 'o':
  #  190|->       outfile = openFile(optarg, "w", CmdName);
  #  191|         break;
  #  192|       default:

Related to #1464.

Merge branch 'replace-rtest.sh-with-rtest.py-for-remaining-automake-targets' into 'master'

Replace rtest.sh with rtest.py for remaining automake targets

See merge request graphviz/graphviz!1579