[trunk] fixed warning related to r2837 and move new field at the end of
parameters structure.

[trunk] refactoring of rsiz, profiles, and extensions management

[trunk] updated copyright and added copyright notice required by ISO, in each file; updated AUTHORS, NEWS

[trunk] removed debug message in CMakeLists.txt

[trunk] fixed a bug triggering SEGFAULT on debug mode (uninitialized
structure)

[trunk] Properly copy/paste code from the autotools
gcc correctly fails compiling this code, I needed to move the code outside the main function to get the error. This actually match the autotools (incorrect) code. We'll see how they fix this code in future release.
This make the code compatible with previous openjpeg version and remove C99 requirement.
Fixes issue 316

[trunk] Make sure to use long long (this is not C89). However this should be ok on most compilers nowadays
Update issue 316

[trunk] fixed warnings triggered on linux related to r2802

[trunk] Run test suite on issue 316 dataset
Update issue 316

[trunk] add ability in opj_compress to input subsampled images through
'-F' (aka raw option). Let the user input raw images with 444, 422, 420
(etc) subsampling. To be used in conjunction with '-mct 0' option to
compress subsampled YCC images.

[trunk] Add small utilities to extract JP2 files from PDF

[trunk] Make sure to test value not pointer
Update issue 302

[trunk] fixed bug related to r2791

[trunk] Add sentinel in case list empty.
I was getting a cmake error `list sub-command REMOVE_ITEM requires list to be present`

[trunk] Import change from 2.0 branch

[trunk] fixed warning due induced by r2791

[trunk] add "-mct {0,1,2}" option to opj_compress to allow MCT to be
disabled if needed.

[trunk] Make sure to not use alpha pointer if it is not an RGBA input
Fixes issue 310

[trunk] Rework previous commit r2610
This way we are able to gently deprecate the old API, and preserve ABI
Update issue 306

[trunk] Add documentation

[trunk] Make sure to exit early instead of looping on every single pixels

[trunk] Fix typo in comment (this is not j2k_dump)

[trunk] Revert r2764. It breaks ~230 tests as seen on continuous. Since no dataset is available, the issue 296 will be left open.
Update issue 296

[trunk] User can now control source/target java version
Fixes issue 303

[trunk] Import git commit fc884aee2b69c78500e65c3d05bf216791a9ea4a from ghostscript team
Fixes issue 296

[trunk] Import git commit 99a6f1af177c15f4db475186b79d169c993494ef from ghostscript team
Update issue 296

[trunk] Update big endian handling no such thing as WORDS_BIGENDIAN (prefer OPJ_BIG_ENDIAN)
Update issue 302

[trunk] Now that dataset from issue 297 have been imported, run test suite.
None of the dataset triggered any buffer overflow. Recent changes in trunk handle all those cases.
Update issue 297

[trunk] Explicitely reject file4/file6 scenario
Update issue 286

[trunk] Update BSD-4 copyright into a BSD-3 copyright
Fixes issue 300

[trunk] Since r2747 we are now able to track which files are missing from the test_suite. Add them.

[trunk] add mecanism to track of addition of new regression files in svn/data. It will report when a J2K files is added but no test is found in the test_suite file

[trunk] Remove duplicate content from test_inline.c
Thanks to Matthieu Darbois for report (and patch)
Fixes issue 285

[trunk] rework code from r2463. Really there has been some code duplication from r2413
Thanks to John Rogers (oracle.com) for report

[trunk] rework code from r2463. Really there has been some code duplication from r2413
Thanks to John Rogers (oracle.com) for report

[trunk] Now that issue 165 dataset is in non regression repository, activate code to reject them
Fixes issue 165

[trunk] Fix issue with & vs &&
Fixes issue 277

[trunk] Add internal implementation to dump all tiles/comp info
Eg: opj_dump -f 8 -i input.j2k
Update issue 3

[trunk] Prevent a leak when reading PPT markers
Update issue 295

[trunk] Move INLINE definition within openjpeg.h header since application may use it

[trunk] Apply final missing patch from sumatrapdf team:
http://bugs.ghostscript.com/show_bug.cgi?id=694893
Update issue 231

[trunk] Rework r2731 since it breaks non-regression testing

[trunk] Be more verbose about failure.
Update issue 294

[trunk] Add a temporary work around for issue 293
As described in the bug report the default allocation mecanism for codeblock data is too small for those dataset (16bits). We would need a finer (more granular) mecanism to reallocated only on demand. For now this help the two failing tests to pass.
Fixes issue 293

[trunk] Mark OpenJPEG to be ABI incompatible with previous one, move to SONAME 7
Also declare this is 2.1.0 (or very close)

[trunk] Remove warnings about unused values introduced in r2710
Thanks to Matthieu Darbois for patch
Fixes issue 290

[trunk] Add some sanity checks when reading Ippm(i) segments
Update issue 288

[trunk] Make sure to reallocate ppm data buffer when multiple Ippm(i) buffer are found
This handle the case where remaining data is exactly Nppm(i)
Fixes issue 287

[trunk] Add documentation to the checkmd5refs cmake module (used for regression testing)

[trunk] Always report when decompression failed as return code value

[trunk] Fix test NR-DEC-issue171.jp2-71-decode-md5 after recent code change

[trunk] Add a double check for user input

[trunk] Fix compilation on VS2010 (snprintf is not C89). C++11 should avoid this in the future

[trunk] Just in case this would be helpful for other, here is the code used to track issue 80
Update issue 80

[trunk] Tweak documentation in t2.c. Be more verbose in case of failure.

[trunk] Add some documention in the pi code

[trunk] Add debug code to extract decompressed image right before PCLR handling
Update issue 235

[trunk] Add a small helper to spli ppm into 3 pgm files
Update issue 235

[trunk] Make sure to use 8bits buffer when applying the ICC profile.
Fixes issue 281

[trunk] Add debug info to be able to test integration with littlecms

[trunk] TIFF files in test suite can have 1 or 3 components

[trunk] Simplify code when reading in TIFF images

[trunk] Make sure when reading POC that number of layers (layer end) is within acceptable bound.
Fixes issue 80

[trunk] Re-active old warning about missing SOP marker

[trunk] Add debug info to track issue 80
Update issue 80

[trunk] Rework assertion to work on 32bits system

[trunk] Fix remainings warnings on linux/32bits arch

[trunk] Rework fseek ifdefs blockers, it breaks the 64bits behavior for fseeko

[trunk] Fix compilation errors when JPWL and/or MJ2 are build

[trunk] Another final round of fixes for sign conversion warnings.
Fixes issue 256

[trunk] Another round of fixes for sign conversion warnings.
Update issue 256

[trunk] Another round of fixes for sign conversion warnings.
Update issue 256

[trunk] Another round of fixes for sign conversion warnings.
Update issue 256

[trunk] Remove old warnings about deprecated API

[trunk] Remove a set of warning about sign conversion
Update issue 266

[trunk] Remove warning about sign conversion in color.c
Update issue 256

[trunk] Run richter test suite, correct a regression introduced in r2668

[trunk] Tweak JP2 conformance test suite add documentation

[trunk] Properly handle number of components to run kakadu test suite.
Update issue 266

[trunk] Fix simple sign conversion warnings only visible on 32bits arch

[trunk] Handle multi components files with PGM outputs

[trunk] Properly handle PGM file generation when fullpath is specified in the cmd line
This will break a very old behavior (since 2005), but avoid writing in un-expected places for users
This also make the behavior similar with PGX file generation

[trunk] Fix inversion in code convention

[trunk] Fix typo in the code

[trunk] rework actual code to handle DOS/UNIX end of lines in a transparent manner.
This will help cross compilation cases

[trunk] First pass to cleanup compare_dump_files

[trunk] Fix compilation when TIFF lib is neither found nor compiled

[trunk] Make sure to always initialize variable

[trunk] Fix warnings about shadow variables

[trunk] remove a warning when using strict prototype

[trunk] Remove 2 warnings about set but not used variables

[trunk] Upon failure, need to return proper return code

[trunk] Add new test suite that run on kakadu conformance images

[trunk] Cleanup commit. Rename compare family since comparePGX now support TIFF.
Rename compareRAWimage for clarity since it merely compare files (not images).

[trunk] Use C-style comments

[trunk] Rework the code to simplify cleanup code

[trunk] Also override the default error handler for TIFF files

[trunk] Another round of fixes for sign conversion warnings.
Update issue 256

[trunk] Another round of fixes for sign conversion warnings.
Update issue 256

[trunk] Rework r2597, make sure test suite is passing now.
Update issue 256