fix buffer under-read in fdp

When using fdp to process a graph, it would try to canonicalize all node names,
regardless of whether they were hosted in refstr_ts or not. The problem with
this is that the canonicalization logic assumes the character pointer passed
into it is within a refstr_t and that therefore it can do pointer subtraction to
get a pointer to the refstr_t itself. This was not true for internally
constructed node names like "%4".

We change this to always go through the refstr logic in agstrdup() when
canonicalizing names. This ensures that the pointer we pass into the
canonicalization logic *is* within a refstr_t. This is based on canon() in
lib/cgraph/output.c. Fixes #236, #1290, #1865.

Merge branch 'smattr/c43d1d65-32e9-4049-a95f-9b209af13c66' into 'master'

fix: anticipate empty clusters when using newrank

Closes #1221

See merge request graphviz/graphviz!1657

squash some unused parameter warnings

remove unused sg variable

squash a -Wundef warning

remove an unused parameter to mincross_clust()

remove some unnecessary bracketing

introduce an assertion on rank consistency

Related to #1221.

fix: anticipate empty clusters when using newrank

When using newrank=true and incorrectly putting a node in two clusters, one of
the clusters would end up empty. This broke assumptions in the crossing logic;
e.g. that all clusters have a leader. We fix this by detecting empty clusters
and removing them prior to the crossing logic. Fixes #1221.

Merge branch 'smattr/119AD784-5E65-4421-BC9A-F772B4532C94' into 'master'

fix: fclose(NULL) in the VRML plugin when current directory is not writable

Closes #793

See merge request graphviz/graphviz!1656

optimize gvputs() usage in the VRML plugin

Combining these calls reduces the function call related overhead in this logic.

remove an unnecessary unary +

fix: fclose(NULL) in the VRML plugin when current directory is not writable

The VRML plugin writes PNG files of each node in the graph alongside the VRML
output that then references these files. If you give no output location (do not
pass `-o` to dot), the VRML output is written to stdout and the node PNG files
are written to the current directory. However, the plugin was not checking
whether opening of these PNG files succeeded. As a result, if the current
directory was not writable, it would end up calling fclose() with a NULL
pointer.

This change makes the plugin report the failure to open PNG files and cause dot
to eventually exit with non-zero. Note that VRML processing is not stopped, so
the user can still get complete VRML output, albeit missing the associated PNG
files that will be referenced.

The test case included in this commit does not necessarily reproduce the failure
prior to these changes. This is because Glibc allows fclose(NULL). However, this
is beyond the spec and other libcs do not provide these guarantees.

Fixes #793.

Merge branch 'smattr/8b5fbbeb-e221-4eb3-a26b-0935708c3521' into 'master'

remove unnecessary branching for malloc/realloc

See merge request graphviz/graphviz!1652

remove unnecessary cast of a parameter to realloc()

This implicitly coerces to void*.

remove some unnecessary allocation casts

These return values implicitly coerce to other pointer types.

remove some unnecessary branching for malloc/realloc

When realloc() is passed NULL as its first parameter, it acts the same as
malloc().

remove some commented out code

Merge branch 'smattr/5d4e3a2b-8dff-4eee-81b1-76ad3a6885be' into 'master'

squash some compiler warnings

See merge request graphviz/graphviz!1651

squash a -Wconversion warning

squash a -Wconversion warning

squash some -Wconversion warnings

remove an unnecessary cast

Squashes a -Wcast-qual warning.

remove unused addSpace parameter to gv_trim_zeros()

Merge branch 'smattr/DF679B9B-496A-45B6-B14B-856D8DD8212B' into 'master'

make compiler warnings for CMake Linux/macOS builds fail CI

See merge request graphviz/graphviz!1653

Merge branch 'with-quartz-yes-on-macos' into 'master'

Enable building with quartz on macOS

See merge request graphviz/graphviz!1649

Add --with-quartz=yes to configure on macOS

Merge branch 'smattr/4EEAF0CE-D0C3-479C-A9F1-A91B90168C2F' into 'master'

fix some #includes in the Quartz plugin

See merge request graphviz/graphviz!1648

fix some #includes in the Quartz plugin

This reverts part of d80f685dbacc2cfa3e496415739b4d6cfad32233 that incorrectly
updated paths to the header gvplugin_quartz.h. This mistake was not detected at
the time as we did not have macOS CI. Thanks to Stephen for picking this up.
Related to #1785.

make compiler warnings for CMake Linux/macOS builds fail CI

Now that these builds are warning-free, we can "turn the ratchet" to demand they
stay warning-free or constitute a regression.

Merge branch 'smattr/9f1ba4b1-6f37-4d49-b1a2-3f1fee7ee743' into 'master'

some pythonizing of rtest

See merge request graphviz/graphviz!1646

use write() instead of print() for writing to a file

remove unused GRAPH variable

remove unused IDX variable

unfuse another with block in rtest

unfuse a with block in rtest

fix handling of KFLAGS and TFLAGS in rtest

This was potentially appending empty strings to the command passed to
subprocess.

write readSubtests() more Pythonically

use shutil.rmtree in preference to pathlib unlink

The missing_ok argument was only added to pathlib.Path.unlink in Python 3.8.
This made the cleanup function fail (sometimes silently) on versions of Python
prior to 3.8.

fix: remove unused format arguments in rtest

This was detected by `python3 -m pylint --errors-only rtest/rtest.py`.

Merge branch 'smattr/81334456-1889-4c1c-b6ee-3e83aa779c2f' into 'master'

fix macOS CMake build warnings

See merge request graphviz/graphviz!1644

fix printf format code in agnameof()

This fixes a build warning on macOS when using CMake. Related to !1620.

use safer snprintf in agnameof()

reduce the scope of a buffer in agnameof()

fix printf format code in write_nodename()

This fixes a build warning on macOS when using CMake. Related to !1620.

use safer snprintf in write_nodename()

reduce the scope of buffer in write_nodename()

fix buffer overflow in write_nodename()

This buffer was not large enough to print the string and uint64_t that gets
written into it. Related to !1620.

fix missing bracketing in a macro expansion

None of the calls to this macro were passing in multiple tokens, so this issue
was latent. This refactor is for the safety of any future introduced calls to
EMPTY().

fix handling of varargs in gvprintf

It is not safe to re-va_start a va_list the way this code was previously
operating. This probably worked by coincidence on platforms like x86-64.

switch to safer snprintf in portName()

fix print of an AGSEQ

This squashes a build warning on macOS when using CMake. Related to !1620.

fix a buffer overflow in string construction

The conditional in this code was the wrong way around. So the %s branch could be
taken only when the resulting sprintf would *definitely* overflow the target
buffer. From this we can conclude this branch was never safe and never used
correctly. For simplicity, we remove it, leaving only the %d option. Related to
!1620.

Merge branch 'smattr/029D9712-951E-4082-B254-9B0BB83BC384' into 'master'

remove a use of setjmp/longjmp

See merge request graphviz/graphviz!1645

remove a now unused jmp_buf

Related to #1801.

indicate failure in growops() by return value instead of longjmp()

Related to #1801.

indicate failure from growtris() by return value instead of longjmp()

Related to #1801.

add a return value to loadtriangle()

Related to #1801.

add a return value to triangulate()

Related to #1801.

remove unnecessary use of longjmp() in growdq()

Related to #1801.

remove an unnecessary use of longjmp() in growpnls()

Related to #1801.

Merge branch 'smattr/4b7c9c53-bdf9-48ef-8fa6-7c06fc5720b4' into 'master'

stop shipping strcasecmp.h

See merge request graphviz/graphviz!1642

stop shipping strcasecmp.h

The header strcasecmp.h is a portability shim that was introduced in
cadb72d6157603338a990be4e27a599c7b96b214. However, no installed Graphviz headers
#include this header, so we do not need to install it. It is cleaner not to
clutter the shipped Graphviz include directory with an internal shim like this.

Note that there is no changelog entry for this change and this is not an API
break because there has not yet been a release since this header was added.

Merge branch 'orientation' into 'master'

Delete attrs.html from main graphviz repo

Closes graphviz.gitlab.io#65

See merge request graphviz/graphviz!1641

Delete attrs.html from main graphviz repo

This now canonically lives in the graphviz.gitlab.io repo (the docs repo):

https://gitlab.com/graphviz/graphviz.gitlab.io/-/blob/master/doc/info/attrs.html

This gives one central source of truth for the docs, so that people
updating the docs don't have to update 3 locations (doc/info,
doc/infosrc, and the docs repo).

It's perhaps a little controversial to redirect the old docs. The old
docs are still built into some OS's HTML docs packages, but I imagine
the vast majority of users access docs through the graphviz website
after using a search engine to find them.

Fixes https://gitlab.com/graphviz/graphviz.gitlab.io/-/issues/65

Merge branch 'smattr/f037c2f4-a5af-4f90-a41d-412fb74c4296' into 'master'

add CI testing of HTML files in the repository

See merge request graphviz/graphviz!1637

run pytest with --verbose in CI

This makes it a little easier to see from the logs which tests were skipped and
to validate that the tests you think are being found are actually running.

add test cases for validating in-repo HTML files

Related to #1861.

Merge branch 'smattr/38BA03F9-7DC4-4E4F-8B4C-51C3F360855D' into 'master'

remove unnecessary casts and fix a memory leak

See merge request graphviz/graphviz!1630

remove unnecessary casts from parameters to memcpy

These implicitly coerce to void* so a cast is not required.

rephrase some swapping code

C allows you to assign structs in this way, so there's no need to use a more
confusing memcpy sequence.

remove unnecessary casts on arguments to free()

These implicitly coerce to void* so no cast is needed.

remove unnecessary guards on calls to free()

Freeing NULL is a no-op, so there is no need for these extra conditionals.

fix memory leak in gvplugin_list

It seems clear these conditionals were reversed and were meant to read
`if (typestr_list)`. Rather than flip their polarity, we just remove them as it
is safe to free NULL.

remove some unnecessary casts of arguments to realloc()

These parameters implicitly coerce to void* with no casting required.

remove unnecessary casts of realloc() return value

realloc returns a void* which, in C, implicitly coerces to all other pointer
types

remove unnecessary casts of calloc() return value

calloc returns a void* which, in C, implicitly coerces to every other pointer
type.

remove unnecessary casts of malloc() return value

malloc returns a void* which, in C, implicitly coerces to every other pointer
type.

Merge branch 'add-some-missing-tools-to-macos-autotools-build' into 'master'

Add some missing tools to macos autotools build

See merge request graphviz/graphviz!1650

Enable dotty, lefty, lneato and vimdot to be built on macOS.

Enabled by adding brew install libxaw to macOS builds

Fixes https://gitlab.com/graphviz/graphviz/-/issues/1858

Towards https://gitlab.com/graphviz/graphviz/-/issues/1854

Move common commands from macOS jobs to macos_build_definition

Merge branch 'smattr/6f54cfb5-5fb4-42a0-aba0-41e155372757' into 'master'

refactor tests cases into CI-only and others relevant to developers and CI

Closes #1851

See merge request graphviz/graphviz!1647

Merge branch 'smattr/BDA848A6-E53C-4722-BDF7-B82677681621' into 'master'

clean up and a UB fix

See merge request graphviz/graphviz!1621

remove fine grained test skip logic and now depend on tool existence

The test suite should now pass on developers' machines, regardless of which
build configuration or subset of tools they use. Closes #1851.

add others to the CI tool check that do not need fine grained exceptions

Related to #1851.

add exemption list for Autotools macOS build in CI tool check

Related to #1851.

add MSBuild exemption list to CI tool check

Related to #1851.

add CMake exemptions to CI tool check

Related to #1851.

extend CI tool check to dot_builtins

Related to #1851.

extend CI tool check to Mingle

Related to #1851.

check that Smyrna exists in CI

Related to #1851.

move some pytest skip logic into a decorator

For more consistency with other tests.

adjust installation test to work even if GV_VERSION is unset

This test should now run correctly in users' development environments as well as
in CI. Related to #1851.

make gen_version run correctly regardless of CWD

add a home for test cases that are only relevant to run in CI

Related to #1851.

Merge branch 'ensure-all-existing-tools-are-tested' into 'master'

Ensure all existing tools are tested

See merge request graphviz/graphviz!1643

Add check that expected missing tool doesn't exist to tools test

Add removal of old graphviz version before install on RPM systems

Merge branch '4AF62F39-396B-483C-A035-F1C7A0E5D039' into 'master'

remove some unused lib/cgraph functions

See merge request graphviz/graphviz!1445

Add removal of old graphviz version before install on macOS