label: remove unused 'RTree' statistics

The documentation for this was also inaccurate; `SeTouchCount` was manipulated
even when `StatFlag` was unsett.

label: remove unused 'RTree.Deleting'

label: remove unused 'RTree.*LeafCount' tracking

label: remove now unused 'RTreeFreeNode'

label: remove unused 'RTreeDelete'

Merge branch 'smattr/159E7054-9634-48DB-B9A0-C3F5FBCD8382' into 'main'

CI: remove Fedora 34 jobs

See merge request graphviz/graphviz!2716

CI: remove Fedora 34 jobs

Fedora 34 was EOLed on 2022-06-07.¹

¹ https://docs.fedoraproject.org/en-US/releases/eol/

Merge branch 'smattr/DEF0F23B-6793-42AC-9A16-B619D1F3CC2F' into 'main'

CI: add Fedora 36 jobs

See merge request graphviz/graphviz!2714

CI: add Fedora 36 jobs

CI: remove Docker comments that appeared orphaned from any code

Merge branch 'fix-14' into 'main'

final fix of four 🪲🪲🪲🪲 ortho bugs 🎉

Closes #1990, #1658, #1408, and #14

See merge request graphviz/graphviz!2672

fix ortho: add epsilon to floating point comparison

Thanks to good bug description #1408, I've compared logs of
bad and good version. I found that sometimes there is
difference ~1E-15 between t->hi.y and t->lo.y because of
precision issues. It caused false positive conditional statement.

The workaround is to tolerate insignificant deviations.

fixes #1408, fixes #1990, fixes #1658

fix vcmpid and hcmpid with float_cmp

Original functions misbehaved due to precision issues:
`1E-15 > 0` but it should be considered as equal.

fixes #14 - 8 years old bug!

dfp_cmp - double floating point three-way comparison

Merge branch 'smattr/gitlab-2246' into 'main'

gvcolor: fix: link -lm

Closes #2246

See merge request graphviz/graphviz!2715

gvcolor: fix: link -lm

Commit 0efe2864048439507ddceda1d82d2159ad171f0d introduced a dependency on libm
functions but missed adding this dependency to the Autotools build system.

Gitlab: fixes #2246

xdot: take a double instead of a float parameter in 'printFloat'

Every call to this function passes a double. This change squashes 12
-Wfloat-conversion warnings.

CMake: link -lm globally on Unix instead of fine-grained

It is simpler to express this dependency globally than to try to manage a
dependency on such a fundamental part of the C standard library on a
case-by-case basis.

Merge branch 'smattr/DBFE7206-E60E-4B98-8B49-0B4F51AC2B86' into 'main'

Revert !2620

See merge request graphviz/graphviz!2713

Revert "API BREAK: change 'Agiodisc_t' output function from puts-alike to printf-alike"

This reverts commit 4915673bd8826641c4227bb6e32e1d759f3b1df5. This also adds a
changelog entry for this.

Commit 4915673bd8826641c4227bb6e32e1d759f3b1df5 introduced a bug where
`gvprintf` was cast and stored into an incompatible pointer type, one returning
an `int` instead of `void`. On platforms like x86-64, this coincidentally works
out with no ill effects. But on platforms like Web Assembly this prevents using
plugins containing this code.

Revert "common: remove “slimey” comment"

This reverts commit 7e324d56c12d639c4bdeca387790c3588606ea10.

Revert "common: inline and remove 'printstring'"

This reverts commit d7beb4590d683879cf8501a90fc70ce094ec5691.

Revert "common: inline and remove 'printint'"

This reverts commit 4e12bb0867503ceb142227e5b620b476abe77d52.

Revert "common: inline and remove 'printdouble'"

This reverts commit eb9c96face472a4f8e6b44834dbe2e5d79d80c53.

Revert "common: fuse adjacent 'print' calls"

This reverts commit c34df972f39b01b0b177faf88d548fd5c813b83b.

Revert "common: inline and remove 'agputs'"

This reverts commit f42fcb6759c1614fc07bae546a9da47c20d389bb.

Merge branch 'smattr/293EA9CE-1621-4467-B751-1ECF9AF7195B' into 'main'

common: squash spurious -Wconversion warnings in 'new_virtual_edge'

See merge request graphviz/graphviz!2706

common: squash spurious -Wconversion warnings in 'new_virtual_edge'

By doing these assignments all in a single line, the compiler was fooled into
believing there was some unintentional narrowing happening:

  fastgr.c: In function 'new_virtual_edge':
  ../../lib/common/types.h:592:22: warning: conversion from 'int' to 'short int'
    may change value [-Wconversion]
    592 | #define ED_weight(e) (((Agedgeinfo_t*)AGDATA(e))->weight)
        |                      ^
  fastgr.c:192:55: note: in expansion of macro 'ED_weight'
    192 |         ED_minlen(e) = ED_count(e) = ED_xpenalty(e) = ED_weight(e) = 1
        |                                                       ^~~~~~~~~
  ../../lib/common/types.h:569:21: warning: conversion to 'short unsigned int'
    from 'short int' may change the sign of the result [-Wsign-conversion]
    569 | #define ED_count(e) (((Agedgeinfo_t*)AGDATA(e))->count)
        |                     ^
  fastgr.c:192:24: note: in expansion of macro 'ED_count'
    192 |         ED_minlen(e) = ED_count(e) = ED_xpenalty(e) = ED_weight(e) = 1
        |                        ^~~~~~~~

We can make it clearer and avoid these warnings by separating the assignments.

Merge branch 'smattr/9C9FEE40-4CE7-4250-A1BC-BE5185A4AC44' into 'main'

smyrna warning squashing

See merge request graphviz/graphviz!2699

smyrna: squash some -Wfloat-conversion warnings

smyrna: mark 'copy_attr' static

This function is not used outside of its containing file.

smyrna: remove unused return value of 'cb_game_mode'

smyrna: propagate and remove 'fullscreen' parameter to 'cb_glutinit'

This function did not properly support non-fullscreen mode, as evidenced by the
`x` and `y` parameters (removed in the previous commit) that it was ignoring.

smyrna: remove unused parameter to 'cb_glutinit'

smyrna: squash -Wunused-parameter warnings for GLUT callbacks

These functions need to conform to a particular type signature.

Merge branch 'smattr/1175FE55-FCE5-4173-B59E-6C30DFBE6AF1' into 'main'

sparse: remove 'transpose' parameter from 'SparseMatrix_multiply_vector'

See merge request graphviz/graphviz!2703

sparse: remove 'transpose' parameter from 'SparseMatrix_multiply_vector'

This function is only used to multiply untransposed matrices.

Merge branch 'smattr/ED48F907-F75B-4B57-B10D-B9C95033FDAB' into 'main'

bcomps: replace unchecked allocations with alloc helpers

See merge request graphviz/graphviz!2709

bcomps: replace unchecked allocations with alloc helpers

This addresses some instances where out-of-memory would go undetected, leading
to a crash and/or data corruption.

Merge branch 'smattr/2095BD9E-3E7D-4BD9-BC12-1B5EA3B75D3D' into 'main'

dotgen: squash -Wsign-conversion warnings in 'medians'

See merge request graphviz/graphviz!2698

dotgen: squash -Wsign-conversion warnings in 'medians'

The compiler says:

  mincross.c: In function 'medians':
  mincross.c:1803:25: warning: conversion to 'size_t' {aka 'long unsigned int'}
    from 'int' may change the sign of the result [-Wsign-conversion]
   1803 |             qsort(list, j, sizeof(int), (qsort_cmpf) ordercmpf);
        |                         ^

By doing array indexing in this function universally as `size_t` we can avoid
this.

Merge branch 'smattr/51D1DF21-4D0E-4E0F-9E2A-3E9F3CA0D5C4' into 'main'

sparse: remove support for three-way multiplication of non-real matrices

See merge request graphviz/graphviz!2704

sparse: remove support for three-way multiplication of non-real matrices

The function `SparseMatrix_multiply3` is only used to multiple real matrices.

Merge branch 'start-4.0.1-dev' into 'main'

Start 4.0.1 development

See merge request graphviz/graphviz!2710

Start 4.0.1 development

Merge branch 'stable-release-4.0.0' into 'main'

Stable Release 4.0.0

See merge request graphviz/graphviz!2694

Stable Release 4.0.0

Merge branch 'smattr/BCE20F0D-9459-499B-A828-5DD50E5827A3' into 'main'

sparse: remove some dead code paths

See merge request graphviz/graphviz!2697

sparse: remove 'weight' from 'QuadTree_new_from_point_list'

This parameter is always passed as `NULL`.

sfdpgen: remove unused 'node_weights' from 'spring_maxent_embedding'

sfdpgen: remove unused 'node_weights' from 'spring_electrical_embedding'

sfdpgen: remove unused 'node_weights' from 'spring_electrical_embedding_slow'

sfdpgen: remove unused 'node_weights' from 'spring_electrical_embedding_fast'

sfdpgen: remove always-false 'use_node_weights'

sfdpgen: remove 'node_weights' from 'spring_electrical_spring_embedding'

This parameter is always passed as `NULL`.

sfdpgen: remove 'node_weights' from 'SpringSmoother_smooth'

This parameter is always passed as `NULL`.

sfdpgen: remove 'node_weights' from 'post_process_smoothing'

This parameter is always passed as `NULL`.

sfdpgen: remove 'node_weights' from 'Multilevel_new'

This parameter is always passed as `NULL`.

sparse: remove 'node_weights' from 'multilevel_spring_electrical_embedding'

This parameter is always passed as `NULL`.

Merge branch 'trapezoidation' into 'main'

comment about theory and 📜 origins of trapezoids for ortho

See merge request graphviz/graphviz!2696

comment about theory and origins of trap.h

comment about theory and origins of trapezoid.c

Merge branch 'smattr/C8308E84-5819-47FC-B5A1-2C8A9A0D4BB5' into 'main'

dotgen: remove shadowing of 'n' in 'build_ranks'

See merge request graphviz/graphviz!2687

dotgen: remove shadowing of 'n' in 'build_ranks'

The compiler was warning:

  mincross.c:1404:17: warning: declaration of 'n' shadows a previous local
    [-Wshadow]
   1404 |             int n, ndiv2;
        |                 ^
  mincross.c:1359:13: note: shadowed declaration is here
   1359 |     node_t *n, *n0;
        |             ^

We can trivially rephrase the code to avoid this noise.

Merge branch 'smattr/1CFC93CE-61B4-4BC3-AFD5-CE4AD8428B92' into 'main'

upgrade Pylint

See merge request graphviz/graphviz!2677

upgrade Pylint

Merge branch 'smattr/2B028903-89AB-434A-9AC9-F7D4D737A1BF' into 'main'

sparse: simplify 'SparseMatrix_coordinate_form_add_entries'

See merge request graphviz/graphviz!2691

sparse: remove incorrect comment in 'SparseMatrix_delete'

This appears to have been accidentally copy-pasted from
`SparseMatrix_general_new`.

sparse: take 'jcn' as a value instead of pointer

sparse: take 'irn' as a value instead of pointer

sparse: rename 'SparseMatrix_coordinate_form_add_entries'

Now that this function only adds a single entry, its name should more accurately
indicate this.

sparse: rewrite 'memcpy' steps in 'SparseMatrix_coordinate_form_add_entries'

Now that we know these steps are always copying a single element, we can write
them simpler.

sparse: remove 'nentries' from 'SparseMatrix_coordinate_form_add_entries'

This parameter is always passed as 1.

Merge branch 'doc-cmd' into 'main'

populate directory cmd with doxygen comments

See merge request graphviz/graphviz!2653

doxygen comments for cmd/smyrna

doxygen comments for cmd/mingle

doxygen comments for cmd, lefty, gvmap, lneato, dotty

doxygen comments for cmd/gvmap

doxygen comments for cmd/gvedit

doxygen comments for cmd/edgepaint

symbol % prevents automatic link generation

Reference https://www.doxygen.nl/manual/autolink.html#linkclass

doxygen comments for cmd/dot

Merge branch 'smattr/E952DFA7-B513-45DE-B06B-55EDD4629175' into 'main'

edgepaint: remove 'iter_max' parameter from 'node_distinct_coloring'

See merge request graphviz/graphviz!2690

edgepaint: remove 'iter_max' parameter from 'node_distinct_coloring'

This is always set to 100.

Merge branch 'smattr/46AE87AD-E20D-448B-A034-75D02874EF1D' into 'main'

sparse: remove 'D' parameter from 'SparseMatrix_import_dot' that is always null

See merge request graphviz/graphviz!2673

sparse: remove 'D' parameter from 'SparseMatrix_import_dot' that is always null

Merge branch 'smattr/11C3F22D-F3BE-483F-B2FF-968986B76565' into 'main'

tred: replace a 'malloc' with cgraph alloc wrapper

See merge request graphviz/graphviz!2674

tred: replace a 'malloc' with cgraph alloc wrapper

This addresses a case where allocation failure went unchecked.

Merge branch 'doc-tools' into 'main'

populate directory cmd/tools with doxygen comments

See merge request graphviz/graphviz!2657

doxygen comment for unflatten.c

doxygen comment for tred.c

doxygen comment for sccmap.c

doxygen comment for nop.c

doxygen comment for mmio.h

doxygen comment for mm2gv.c

doxygen comment for matrix_market.h

doxygen comment for gxl2gv.c

doxygen comment for gvpack.cpp

doxygen comment for gvgen.c

doxygen comment for gvcolor.c

doxygen comment for gv2gxl.c