fix: in SVG output, set opacity 0 for text with 0 alpha value

Gitlab: fixes #146

add a test case for lacking transparency in SVG text

Gitlab: #146

Merge branch 'smattr/gitlab-1979' into 'main'

fix: include Windows links in deployment-produced JSON

Closes #1979

See merge request graphviz/graphviz!2720

fix: include Windows links in deployment-produced JSON

This is a second attempt at 6117abe680037824d134149b0de42f589fb24466. It seems
the previous attempt did not account for the fact that the source path of an
artifact has not yet been safely escaped into a filename and contains directory
separators (`/`). This change was made by studying the last deploy.py execution
logs and making a best guess. There is no easy way to test this other than
running the release deployment process, so we should do one soon to validate
this.

Gitlab: fixes #1979 (I hope)

CI: abbreviate chmod during deployment

Merge branch 'smattr/3e19ec8a-a29e-485f-b185-64f7fb406302' into 'main'

avoid dynamic allocation of token buffer during style parsing

See merge request graphviz/graphviz!2721

default_pencolor: use 'size_t' when representing the length of strings

Squashes 3 -Wconversion compiler warnings.

default_pencolor: fix comment typo

emit_xdot: squash a -Wswitch-default warning

This switch is exhaustive.

selectedLayer: rephrase a switch into if-else

This is easier to understand, less code, and squashes a -Wswitch-default
compiler warning.

common: squash 2 -Wundef compiler warnings

avoid dynamic allocation of token buffer during style parsing

The style parsing code repeatedly calls `style_token` to tokenize input. It was
extracting the token into a dynamic buffer, `xb`. However, this is unnecessary.
Instead we can yield tokens as base and offset into the original input string,
avoiding heap allocation altogether.

It is possible this approach could be pushed “outwards,” applying the same
optimization to construction of the style itself that is returned by
`parse_style`. This would remove what the leading comment describes as “one of
the worst internal designs in graphviz.” However, this would be an API break,
and a pretty subtle one. The style buffer of `'\0'` separated strings is
available to plugins and applications in the GVC `.rawstyle` field. Altering
how this field represents the style could lead to uncaught and confusing
downstream problems. If this kind of change is done in future, I would recommend
renaming the field entirely to make any external uses break loudly at
compilation time.

Merge branch 'smattr/20D1B54B-E878-4154-B54F-D1EC764E5FEF' into 'main'

label: dead code clean up

See merge request graphviz/graphviz!2708

label: remove unused 'METHODS'

label: remove unused 'ListNode_t'

label: remove unused 'RTree' timing members

label: remove unused 'rtp' parameter to 'RTreeNewIndex'

label: remove unused 'rtp' parameter to 'RTreeNewNode'

label: remove unused 'RTree' statistics

The documentation for this was also inaccurate; `SeTouchCount` was manipulated
even when `StatFlag` was unsett.

label: remove unused 'RTree.Deleting'

label: remove unused 'RTree.*LeafCount' tracking

label: remove now unused 'RTreeFreeNode'

label: remove unused 'RTreeDelete'

Merge branch 'smattr/159E7054-9634-48DB-B9A0-C3F5FBCD8382' into 'main'

CI: remove Fedora 34 jobs

See merge request graphviz/graphviz!2716

CI: remove Fedora 34 jobs

Fedora 34 was EOLed on 2022-06-07.¹

¹ https://docs.fedoraproject.org/en-US/releases/eol/

Merge branch 'smattr/DEF0F23B-6793-42AC-9A16-B619D1F3CC2F' into 'main'

CI: add Fedora 36 jobs

See merge request graphviz/graphviz!2714

CI: add Fedora 36 jobs

CI: remove Docker comments that appeared orphaned from any code

Merge branch 'fix-14' into 'main'

final fix of four 🪲🪲🪲🪲 ortho bugs 🎉

Closes #1990, #1658, #1408, and #14

See merge request graphviz/graphviz!2672

fix ortho: add epsilon to floating point comparison

Thanks to good bug description #1408, I've compared logs of
bad and good version. I found that sometimes there is
difference ~1E-15 between t->hi.y and t->lo.y because of
precision issues. It caused false positive conditional statement.

The workaround is to tolerate insignificant deviations.

fixes #1408, fixes #1990, fixes #1658

fix vcmpid and hcmpid with float_cmp

Original functions misbehaved due to precision issues:
`1E-15 > 0` but it should be considered as equal.

fixes #14 - 8 years old bug!

dfp_cmp - double floating point three-way comparison

Merge branch 'smattr/gitlab-2246' into 'main'

gvcolor: fix: link -lm

Closes #2246

See merge request graphviz/graphviz!2715

gvcolor: fix: link -lm

Commit 0efe2864048439507ddceda1d82d2159ad171f0d introduced a dependency on libm
functions but missed adding this dependency to the Autotools build system.

Gitlab: fixes #2246

xdot: take a double instead of a float parameter in 'printFloat'

Every call to this function passes a double. This change squashes 12
-Wfloat-conversion warnings.

CMake: link -lm globally on Unix instead of fine-grained

It is simpler to express this dependency globally than to try to manage a
dependency on such a fundamental part of the C standard library on a
case-by-case basis.

Merge branch 'smattr/DBFE7206-E60E-4B98-8B49-0B4F51AC2B86' into 'main'

Revert !2620

See merge request graphviz/graphviz!2713

Revert "API BREAK: change 'Agiodisc_t' output function from puts-alike to printf-alike"

This reverts commit 4915673bd8826641c4227bb6e32e1d759f3b1df5. This also adds a
changelog entry for this.

Commit 4915673bd8826641c4227bb6e32e1d759f3b1df5 introduced a bug where
`gvprintf` was cast and stored into an incompatible pointer type, one returning
an `int` instead of `void`. On platforms like x86-64, this coincidentally works
out with no ill effects. But on platforms like Web Assembly this prevents using
plugins containing this code.

Revert "common: remove “slimey” comment"

This reverts commit 7e324d56c12d639c4bdeca387790c3588606ea10.

Revert "common: inline and remove 'printstring'"

This reverts commit d7beb4590d683879cf8501a90fc70ce094ec5691.

Revert "common: inline and remove 'printint'"

This reverts commit 4e12bb0867503ceb142227e5b620b476abe77d52.

Revert "common: inline and remove 'printdouble'"

This reverts commit eb9c96face472a4f8e6b44834dbe2e5d79d80c53.

Revert "common: fuse adjacent 'print' calls"

This reverts commit c34df972f39b01b0b177faf88d548fd5c813b83b.

Revert "common: inline and remove 'agputs'"

This reverts commit f42fcb6759c1614fc07bae546a9da47c20d389bb.

Merge branch 'smattr/293EA9CE-1621-4467-B751-1ECF9AF7195B' into 'main'

common: squash spurious -Wconversion warnings in 'new_virtual_edge'

See merge request graphviz/graphviz!2706

common: squash spurious -Wconversion warnings in 'new_virtual_edge'

By doing these assignments all in a single line, the compiler was fooled into
believing there was some unintentional narrowing happening:

  fastgr.c: In function 'new_virtual_edge':
  ../../lib/common/types.h:592:22: warning: conversion from 'int' to 'short int'
    may change value [-Wconversion]
    592 | #define ED_weight(e) (((Agedgeinfo_t*)AGDATA(e))->weight)
        |                      ^
  fastgr.c:192:55: note: in expansion of macro 'ED_weight'
    192 |         ED_minlen(e) = ED_count(e) = ED_xpenalty(e) = ED_weight(e) = 1
        |                                                       ^~~~~~~~~
  ../../lib/common/types.h:569:21: warning: conversion to 'short unsigned int'
    from 'short int' may change the sign of the result [-Wsign-conversion]
    569 | #define ED_count(e) (((Agedgeinfo_t*)AGDATA(e))->count)
        |                     ^
  fastgr.c:192:24: note: in expansion of macro 'ED_count'
    192 |         ED_minlen(e) = ED_count(e) = ED_xpenalty(e) = ED_weight(e) = 1
        |                        ^~~~~~~~

We can make it clearer and avoid these warnings by separating the assignments.

Merge branch 'smattr/9C9FEE40-4CE7-4250-A1BC-BE5185A4AC44' into 'main'

smyrna warning squashing

See merge request graphviz/graphviz!2699

smyrna: squash some -Wfloat-conversion warnings

smyrna: mark 'copy_attr' static

This function is not used outside of its containing file.

smyrna: remove unused return value of 'cb_game_mode'

smyrna: propagate and remove 'fullscreen' parameter to 'cb_glutinit'

This function did not properly support non-fullscreen mode, as evidenced by the
`x` and `y` parameters (removed in the previous commit) that it was ignoring.

smyrna: remove unused parameter to 'cb_glutinit'

smyrna: squash -Wunused-parameter warnings for GLUT callbacks

These functions need to conform to a particular type signature.

Merge branch 'smattr/1175FE55-FCE5-4173-B59E-6C30DFBE6AF1' into 'main'

sparse: remove 'transpose' parameter from 'SparseMatrix_multiply_vector'

See merge request graphviz/graphviz!2703

sparse: remove 'transpose' parameter from 'SparseMatrix_multiply_vector'

This function is only used to multiply untransposed matrices.

Merge branch 'smattr/ED48F907-F75B-4B57-B10D-B9C95033FDAB' into 'main'

bcomps: replace unchecked allocations with alloc helpers

See merge request graphviz/graphviz!2709

bcomps: replace unchecked allocations with alloc helpers

This addresses some instances where out-of-memory would go undetected, leading
to a crash and/or data corruption.

Merge branch 'smattr/2095BD9E-3E7D-4BD9-BC12-1B5EA3B75D3D' into 'main'

dotgen: squash -Wsign-conversion warnings in 'medians'

See merge request graphviz/graphviz!2698

dotgen: squash -Wsign-conversion warnings in 'medians'

The compiler says:

  mincross.c: In function 'medians':
  mincross.c:1803:25: warning: conversion to 'size_t' {aka 'long unsigned int'}
    from 'int' may change the sign of the result [-Wsign-conversion]
   1803 |             qsort(list, j, sizeof(int), (qsort_cmpf) ordercmpf);
        |                         ^

By doing array indexing in this function universally as `size_t` we can avoid
this.

Merge branch 'smattr/51D1DF21-4D0E-4E0F-9E2A-3E9F3CA0D5C4' into 'main'

sparse: remove support for three-way multiplication of non-real matrices

See merge request graphviz/graphviz!2704

sparse: remove support for three-way multiplication of non-real matrices

The function `SparseMatrix_multiply3` is only used to multiple real matrices.

Merge branch 'start-4.0.1-dev' into 'main'

Start 4.0.1 development

See merge request graphviz/graphviz!2710

Start 4.0.1 development

Merge branch 'stable-release-4.0.0' into 'main'

Stable Release 4.0.0

See merge request graphviz/graphviz!2694

Stable Release 4.0.0

Merge branch 'smattr/BCE20F0D-9459-499B-A828-5DD50E5827A3' into 'main'

sparse: remove some dead code paths

See merge request graphviz/graphviz!2697

sparse: remove 'weight' from 'QuadTree_new_from_point_list'

This parameter is always passed as `NULL`.

sfdpgen: remove unused 'node_weights' from 'spring_maxent_embedding'

sfdpgen: remove unused 'node_weights' from 'spring_electrical_embedding'

sfdpgen: remove unused 'node_weights' from 'spring_electrical_embedding_slow'

sfdpgen: remove unused 'node_weights' from 'spring_electrical_embedding_fast'

sfdpgen: remove always-false 'use_node_weights'

sfdpgen: remove 'node_weights' from 'spring_electrical_spring_embedding'

This parameter is always passed as `NULL`.

sfdpgen: remove 'node_weights' from 'SpringSmoother_smooth'

This parameter is always passed as `NULL`.

sfdpgen: remove 'node_weights' from 'post_process_smoothing'

This parameter is always passed as `NULL`.

sfdpgen: remove 'node_weights' from 'Multilevel_new'

This parameter is always passed as `NULL`.

sparse: remove 'node_weights' from 'multilevel_spring_electrical_embedding'

This parameter is always passed as `NULL`.

Merge branch 'trapezoidation' into 'main'

comment about theory and 📜 origins of trapezoids for ortho

See merge request graphviz/graphviz!2696

comment about theory and origins of trap.h

comment about theory and origins of trapezoid.c

Merge branch 'smattr/C8308E84-5819-47FC-B5A1-2C8A9A0D4BB5' into 'main'

dotgen: remove shadowing of 'n' in 'build_ranks'

See merge request graphviz/graphviz!2687

dotgen: remove shadowing of 'n' in 'build_ranks'

The compiler was warning:

  mincross.c:1404:17: warning: declaration of 'n' shadows a previous local
    [-Wshadow]
   1404 |             int n, ndiv2;
        |                 ^
  mincross.c:1359:13: note: shadowed declaration is here
   1359 |     node_t *n, *n0;
        |             ^

We can trivially rephrase the code to avoid this noise.

Merge branch 'smattr/1CFC93CE-61B4-4BC3-AFD5-CE4AD8428B92' into 'main'

upgrade Pylint

See merge request graphviz/graphviz!2677

upgrade Pylint

Merge branch 'smattr/2B028903-89AB-434A-9AC9-F7D4D737A1BF' into 'main'

sparse: simplify 'SparseMatrix_coordinate_form_add_entries'

See merge request graphviz/graphviz!2691

sparse: remove incorrect comment in 'SparseMatrix_delete'

This appears to have been accidentally copy-pasted from
`SparseMatrix_general_new`.

sparse: take 'jcn' as a value instead of pointer

sparse: take 'irn' as a value instead of pointer

sparse: rename 'SparseMatrix_coordinate_form_add_entries'

Now that this function only adds a single entry, its name should more accurately
indicate this.

sparse: rewrite 'memcpy' steps in 'SparseMatrix_coordinate_form_add_entries'

Now that we know these steps are always copying a single element, we can write
them simpler.

sparse: remove 'nentries' from 'SparseMatrix_coordinate_form_add_entries'

This parameter is always passed as 1.

Merge branch 'doc-cmd' into 'main'

populate directory cmd with doxygen comments

See merge request graphviz/graphviz!2653

doxygen comments for cmd/smyrna

doxygen comments for cmd/mingle

doxygen comments for cmd, lefty, gvmap, lneato, dotty

doxygen comments for cmd/gvmap

doxygen comments for cmd/gvedit

doxygen comments for cmd/edgepaint

symbol % prevents automatic link generation

Reference https://www.doxygen.nl/manual/autolink.html#linkclass

doxygen comments for cmd/dot

Merge branch 'smattr/E952DFA7-B513-45DE-B06B-55EDD4629175' into 'main'

edgepaint: remove 'iter_max' parameter from 'node_distinct_coloring'

See merge request graphviz/graphviz!2690