opj_decompress: use clock_gettime() instead of getrusage() so as to get the time spent, and not to the total CPU time

opj_decompress: add a -threads <num_threads> option

.travis.yml: add a conf with OPJ_NUM_THREADS=2

Use thread pool for DWT decoding

Use thread-pool for T1 decoding

Add opj_codec_set_threads() in public API and propagate resulting thread pool to tcd level

By default, only the main thread is used. If opj_codec_set_threads() is not used,
but the OPJ_NUM_THREADS environment variable is set, its value will be
used to initialize the number of threads. The value can be either an integer
number, or "ALL_CPUS". If OPJ_NUM_THREADS is set and this function is called,
this function will override the behaviour of the environment variable.

Add threading and thread pool API

Fix MSVC210 build issue (use of C99 declaration after statement) introduced in ba1edf6cd41415594729bc90ad3b0008af48251e

Improve perf of opj_t1_dec_sigpass_mqc_vsc() and opj_t1_dec_refpass_mqc_vsc() with loop unrolling

Better inlining of opj_t1_updateflagscolflags() w.r.t. flags_stride

opj_t1_dec_clnpass(): remove useless test in the runlen decoding path (of the non VSC case)

opj_t1_decode_cblks(): tiny perf increase when loop unrolling

Tier 1 decoding: add a colflags array

Addition flag array such that colflags[1+0] is for state of col=0,row=0..3,
colflags[1+1] for col=1, row=0..3, colflags[1+flags_stride] for col=0,row=4..7, ...
This array avoids too much cache trashing when processing by 4 vertical samples
as done in the various decoding steps.

Const'ify lut arrays so they are in the read-only data section

Reduce number of occurrences of orient function argument

This is essentially used to shift inside the lut_ctxno_zc, which we
can precompute at the beginning of opj_t1_decode_cblk() /
opj_t1_encode_cblk()

Specialize decoding passes for 64x64 code blocks

Improve code generation in opj_t1_dec_clnpass()

Add a opj_t1_dec_clnpass_step_only_if_flag_not_sig_visit() method that
does the job of opj_t1_dec_clnpass_step_only() assuming the conditions
are met. And use it in opj_t1_dec_clnpass(). The compiler generates
more efficient code.

opj_t1_updateflags(): tiny optimization

We can avoid using a loop-up table with some shift arithmetics.

Move some MQC functions into a header for speed

Allow these hot functions to be inlined. This boosts decode performance by ~10%.

WIP automatic release

WIP: debug travis run script

Update travis and appveyor to enable automatic releases on tag commit

Update version number in CMakeLists.txt

Update NEWS

Update implementation of opj_calloc (#705)

Add missing source for the JPIP library and executables (issue #658) (#659)

They all need opj_malloc and other functions from opc_malloc.c.

Signed-off-by: Stefan Weil <sw@weilnetz.de>

Correct expected result for test of issue 495

Fix Out-of-Bounds Access in function opj_tgt_reset

Fix uclouvain/openjpeg#775

Fix Heap Buffer Overflow in function color_cmyk_to_rgb

Fix uclouvain/openjpeg#774

Fix division by zero

Fix uclouvain/openjpeg#733

Update lcms2 (#773)

Update to mm2/Little-CMS@e342f44

Merge pull request #769 from julienmalik/cmake_lowercase

Use lowercase for cmake commands consistenly

Use lowercase for cmake commands consistenly

Inspired from https://github.com/InsightSoftwareConsortium/ITK/blob/master/Utilities/Maintenance/HowToCreateTheCMakeCaseConversion.txt
This needs vim 7.3 and fails with vim 7.4

This also fixes a number of :
- missing empty line at end of files
- useless space at end of lines

Merge pull request #767 from julienmalik/fix_memset_null_pointer

Fix UBSan gcc warning for first arg to memset non null

Merge pull request #768 from julienmalik/filter_clang_warnings

Ignore clang's summary warning

Ignore clang's summary warning

This assumes prior text has matched some other warning expression.

This reduces the warnings reported for clang build on the dashboard,
which were caused only by the "XXX warnings generated." message.
For some reason they were not reported when not using ctest launchers.

This commit allows to confidently use ctest launchers to improve
dashboard reports.

Fix UBSan gcc warning for first arg to memset non null

Update to libtiff-4.0.6 (#764)

Add tests for recent issues

Update uclouvain/openjpeg#725
Update uclouvain/openjpeg#726

Update lcms (#544)

Update to mm2/Little-CMS@0e8234e090d6aab33f90e2eb0296f30aa0705e57

Merge pull request #706 from mayeut/issue135

Fix issue 135
The fix is legal regarding the standard but I did not manage to find out if it covers a bug in opj_t2_read_packet_data or if the file is corrupted

Fix some coverity warnings

Fix bad call to fclose with NULL pointer

Fix warnings (#763)

Fix Out-Of-Bounds Read in sycc42x_to_rgb function (#745)

42x Images with an odd x0/y0 lead to subsampled component starting at the
2nd column/line.
That is offset = comp->dx * comp->x0 - image->x0 = 1

Fix #726

Fix heap-buffer-overflow in color_esycc_to_rgb (#748)

When all components do not have the same dx/dy, components buffer are
read beyond their end.
Do not convert in this case.

Update uclouvain/openjpeg#725

cppcheck fix for openjp2 (#740)

Check SSIZ is valid in opj_j2k_read_siz (#762)

Fix unsigned int overflow reported by UBSan (#761)

* Fix unsigned int overflow reported by UBSan

Please add -DOPJ_UBSAN_BUILD to CFLAGS when building with
-fsanitize=undefined,unsigned-integer-overflow

It seems clang/gcc do not allow to disable checking for block of code
other than function or file.

Fix implicit float-to-bool conversions (#752)

Fix unsigned int overflow reported by UBSan (#759)

Fix issue 135

dwt_interleave_h.gsr105.jp2 now has the same output as kakadu
issue399 is corrupted. Only the corrupted part changes.

Update known failures for x86 MD5

NR-DEC-kodak_2layers_lrcp.j2c-31-decode-md5
NR-DEC-kodak_2layers_lrcp.j2c-32-decode-md5
NR-DEC-issue135.j2k-68-decode-md5

Add clang 3.9 build to Travis matrix (#753)

Fix negative shift left reported by UBSan (#758)

Follow-up of #757

This shall have no performance impact on 2’s complement machine where
the compiler replaces the multiplication by power of two (constant) by
a left shift.
Verified at least on MacOS Xcode 7.3, same assembly generated after fix.

Remove whitespace and CR at line endings (#678)

Signed-off-by: Stefan Weil <sw@weilnetz.de>

Fix negative shift left reported by UBSan (#757)

This shall have no performance impact on 2’s complement machine where
the compiler replaces the multiplication by power of two (constant) by
a left shift.
Verified at least on MacOS Xcode 7.3, same assembly generated after fix.

Do not define __attribute__ in opj_includes.h (#751)

Fix #727

Merge pull request #750 from mayeut/issue-729-2

Allow to read/write 3/5/7/9/11/13/15 bpp TIF files

Allow to write 3/5/7/9/11/13/15 bpp TIF files

Update uclouvain/openjpeg#729

Allow to read 3/5/7/9/11/13/15 bpp TIF files

Merge pull request #746 from senbox-org/update_cmake_jpylyzer

Update cmake & jpylyzer for travis builds

Merge pull request #747 from julienmalik/update_libpng

update libpng to from 1.6.17 to 1.6.21

Import pnglibconf.h.prebuilt as new pnglibconf.h

update libpng to from 1.6.17 to 1.6.21

Update jpylyzer to 1.17.0

upgrade cmake to 3.5.2

Merge pull request #708 from GrokImageCompression/issue_695

issue #695 MQ Encode: ensure that bp pointer never points to uninitialized memory

Merge pull request #734 from senbox-org/opj_dump_dead_code

Remove dead code in opj_dump

Merge pull request #735 from senbox-org/cppcheck_fix_openjp2

Fix uninitialized variable reported by cppcheck

Fix uninitialized variable reported by cppcheck

Also reorder initialization to follow declaration order

Remove dead code in opj_dump

suppress valgrind error - avoid accessing uninitialized memory in mq encoder

issue #695 MQ Encode: ensure that bp pointer never points to uninitialized memory

fixed tile numbering

Fixes #245

Merge pull request #648 from stweil/alloc

Fix support of posix_memalloc for Linux

Update known failures

Merge pull request #551 from mayeut/coc-qcc

Add COC/QCC in main header when needed

Merge pull request #690 from rouault/failed_malloc_opj_dwt_encode_procedure

[git/2.1 regression] Fix opj_write_tile() failure when numresolutions=1

Add comment explaining bj is not use when l_data_size == 0

[git/2.1 regression] Fix opj_write_tile() failure when numresolutions=1

When trying the GDAL OpenJPEG driver against openjpeg current master HEAD,
I get failures when trying to create .jp2 files. The driver uses
opj_write_tile() and in some tests numresolutions = 1.

In openjp2/dwt.c:410, l_data_size = opj_dwt_max_resolution( tilec->resolutions,tilec->numresolutions) * (OPJ_UINT32)sizeof(OPJ_INT32);
is called and returns l_data_size = 0. Now in git opj_malloc() has a special case
for 0 to return a NULL pointer whereas previously it relied on system malloc(),
which in my case didn't return NULL.

So only test the pointer value if l_data_size != 0. This makes the GDAL
autotest suite to pass again.

Merge pull request #687 from stweil/memalign

Fix fatal crash on 64 bit Linux

Fix fatal crash on 64 bit Linux

By default, OpenJPEG uses the function memalign to allocate aligned
memory on Linux systems. That function needs malloc.h which was
missing. This results in a compiler warning:

openjpeg/src/lib/openjp2/opj_malloc.c:63:3: warning:
 implicit declaration of function ‘memalign’
 [-Wimplicit-function-declaration]

On hosts where sizeof(int) < sizeof(void *) the return value of memalign
will be truncated which results in an invalid pointer.

That caused "make test" to produce lots of segmentation faults when
running on a 64 bit Linux host.

Signed-off-by: Stefan Weil <sw@weilnetz.de>

Fix whitespace issues in opj_malloc.c

Some lines ended with spaces. Remove them.

Signed-off-by: Stefan Weil <sw@weilnetz.de>

Fix support of posix_memalign for Linux

posix_memalign is only declared conditionally in stdlib.h,
so add one of the possible definitions to get the declaration.

Signed-off-by: Stefan Weil <sw@weilnetz.de>

Merge pull request #686 from mayeut/master

[libtiff] Add missing include statement for ssize_t
Close #681

Add missing include statement for ssize_t

Update uclouvain/openjpeg#681

Merge remote-tracking branch 'uclouvain/master'

Merge pull request #684 from stweil/typo

Fix duplicate article in comments

Fix duplicate article in comments

Signed-off-by: Stefan Weil <sw@weilnetz.de>

Merge remote-tracking branch 'uclouvain/master'

Merge pull request #679 from stweil/grammar

Fix grammar in comment

Fix grammar in comment

Signed-off-by: Stefan Weil <sw@weilnetz.de>

Merge pull request #665 from jwilk/spelling

Fix typos

Fix typos

Add known failures

2 more tests failing under AppVayor since nov-6 update
Update #655

Merge pull request #654 from mayeut/master

Fix undefined size jp2 box handling

Revert "Check for appveyor update"

This reverts commit c414d9c238f404980e6e8b17db652a7fb2635cdf.

Check for appveyor update

Fix missing bracket

fix appveyor build