Paper: use pgfplots instead of gnuplot to render benchmark results.

Paper: taken care of Angelo's remarks (mostly grammar fixes).

Don't generate 'YYFILL' calls when EOF rule is used with 're2c:yyfill:enable = 0;' configuration.

Note: in the non-EOF-rule case 're2c:yyfill:enable = 0;' results in suppression
of the whole 'YYLIMIT' check together with 'YYFILL' call. In case of EOF rule,
however, we are not bound by backward compatibility and can do a more logical
thing.

Fixed the case of missing default label which is used only by EOF checks.

The current fix may sometimes cause generation of unused default label, because
at the time when it's generated we haven't geerated the code for EOF checks yet
and do nt know if default label is really needed. This is what happens in the
updated test cases.

Omit unnecessary 'else' when generating code for EOF checks.

Renamed misleadingly named parameter.

Updated CHANGELOG.

Updated documentation for new options and directives.

Moved include file with definitions of Unicode categories to 'include/' subdirectory.

Use cast to 'void' instead of attribute 'unused', otherwise we get -Wused-but-marked-unused in debug mode.

Added a few casts to 'printf' args to silence warnings caused by different type width in 32/64 modes.

libre2c test: always run Cox algorithm and skip expected failures.

Cosmetic: shortened macro name a bit and removed 'GXX' as it is also relevant to Clang.

Marked a few debug variables as unused to avoid warnings in release builds.

Makefile.am: added forgotten 'AM_V_GEN' prefix to a couple of build rules.

Disable ceratain warnings on bison-generated output (we have no control over it).

Fixed Clang warning -Wshift-sign-overflow.

Fixed Clang warning -Wexit-time-destructors.

Fixed Clang warning -Wconditional-uninitialized.

Fixed Clang warning -Wmissing-variable-declarations.

Fixed Clang warning -Wunused-template.

Fixed Clang warning -Wunreachable-code (these were real serious errors).

Fixed Clang warning -Wunreachable-code-return.

Fixed Clang warning -Wmissing-prototypes.

Fixed Clang warning -Wc++11-extensions.

Fixed Clang warning -Wmismatched-tags.

Fixed Clang warnings -Wswitch-enum and -Wcovered-switch-default.

Fixed Clang warning -Wshadow.

Fixed Clang warnings -Wextra-semi and -Wextra-semi-stmt.

configure.ac: silenced a few Clang warnings (too noisy, not very helpful).

Fixed test (added forgotten qualification after moving functions into 're2c' namespace).

Added build script that checks that all headers are self-contained.

Fixed includes using include-what-you-use.

Added build script for include-what-you-use.

Updated Mingw build scripts to workaround libtool/slibtool issues.

Currently we need both libtool and slibtool:

  - libtool fails to link self-contained DLL (it ignores '-static-libstdc++
    -static-libgcc'), but manages to link EXEs with static library

  - slibtool manages to link self-contained DLL, but then fails to link the
    final EXEs with it (it passes '-lre2c' before some other predefined object
    file that contains definitions from libgcc)

run_tests.sh: check for re2c existence after (possibly) appending .exe extension.

Build scripts: changed -j5 to -j$(nproc).

Paper: fixed broken references.

Paper: references and spell-checking.

Paper: updated and fixed all the proofs.

Paper: reworked "Benchmarks" section, added "Conclusions and future work" section.

libre2c: don't forget to free static lists (AST nodes, etc.) at the end of 'regfree()'.

Otherwise they accumulate at every 'regcomp()'.

libre2c: clean up cache after matching in lazy algorithms; small tweaks in benchmark.

Cleaning up cache may take considerable time (e.g. if cache is a large
std::map), which should be included in the match time.

Added 'clear()' method to slab allocator.

Paper: removed nested negative tags from TNFA and added complexity analysis.

libre2c: don't add nested negative tags to TNFA, as it increases its size and makes matching slower.

Instead, add only one negative tag (top-level closing one) and record
the remaining tags in its metadata. Use this metadata to update nested
negative tags during TNFA simulation.

libre2c benchmark: make a couple of warmup iterations before the main run.

Paper: added "Benchmarks" section.

libre2c benchmark: print size of each regular expression and the number of capturing groups in it.

libre2c: removed unused variable.

Makefile.am: added 'bench_libre2c' to noinst_PROGRAMS (so that automake picks it as a target).

Paper: added section about lazy disambiguation.

Added a test for '--input-encoding utf8' option.

Added option --input-encoding <ascii | utf8> that allows to use UTF-8 literals in regular expressions.

Allow to mix multiple /*!rules:re2c*/, /*!use:re2c*/ and /*!re2c*/ blocks in -r mode.

libre2c: added GOR1 option for lazy disambiguation algorithm.

libre2c: do not include benchmark in 'make check' programs.

libre2c: added forgotten benchmark data samples.

libre2c: added missing include.

libre2c: updated benchmark.

libre2c: extended lexer to handle some escape sequences in charachter classes.

Inlined closure cleanup in the pruning procedure to further speedup determinization.

Make unreachable rule analysis conditional to further sppedup closure pruning.

Rewrite of closure pruning function to speedup determinization on large automata.

Hash in 4-byte chunks to speedup determinization on large automata.

Use correct formula to find the next aligned address.

The previous formula worked incorrectly for already aligned addresses
(it added alignment to them).

Paper: updated "TNFA construction" section.

configure.ac: use AC_USE_SYSTEM_EXTENSIONS, as --std=c++98 disables POSIX extensions on Cygwin.

Attempted fix for #247.

Makefile.am: reflected the rename of README to README.md.

This fixes bug #248.

Paper: updated sections about representation of paths and match results.

Paper: rearranged "epsilon-closure" section.

Paper: updated pseudocode for precedence procedures.

Paper: restructured "formalization" section.

Paper: wrote "main idea" section.

libre2c: restructured main loop to avoid double call to closure.

Paper: wrote the "introduction" section.

Fixed compilation error caused by extra namespace qualification (second attempt).

Fixed compilation error caused by extra namespace qualification.

libre2c: implemented Kuklewicz disambiguation algorithm for POSIX TNFA matching.

libre2c: free tag history after each step (it's no longer needed).

Seems to be a copy-paste error from TDFA implementation, where history
for each state is needed until the end of determinization.

Parameterize determinization/simulation context directly by history type.

Added logs with test failures of backward matching algorithm.

libre2c: added Cox backward matching algorithm (incorrect, but interesting).

Fictive tags for right alt/cat must be added after adding all tags for left alt/cat.

Previous order was incorrect: fictive tags for both left and right
alternative or catenation were added before recursing into the right
alternative or catenation. This resulted in right fictive tags habving
higher precedence than left non-fictive tags.

Debug: don't print NFA in-degree in each node, it takes too much space.

libre2c: added POSIX tests that show why closure can't use DFS and needs worst-case quadratic shortest path algorithm.

In particular, test ((((a?)+)|(aa))+) and string "aaa" demonstrates why
we cannot replace SSSP (GOR1 or GTOP) with a liner-time DFS that sets
predecessor chains of TNFA states and sorts initial closure configurations
according to POSIX relation imposed by precedence matrix.

Consider what happens after consuming the first to 'a's (see the .dot
encoded TNFA below):

- initial states are 8, 14 and 9 (in the order imposed by D-matrix)

- start DFS from 8

- find path 8->7->6->5->4->3->2->22->21->11->10

- find path 8->7->6->5->4->3->2->22->21->20->19->18->17->16->15

- find path
  8->7->6->5->4->3->2->22->21->20->19->18->17->16->14->13->17
  compare it to the previous path to 17 and discard the new looping path

- find path
  8->7->6->5->4->3->2->22->21->20->19->18->17->16->14->13->12->3
  compare it to the previous path to 3 and discard the new looping path

- find path 8->7->6->5->4->3->2->1->0

- DFS from 8 complete, start DFS from 14

- find path 14, compare it to the previous path to 14 and accept the new
  one as it is better (but do not attempt to propagate the improvement
  and rescan states: this is DFS, not GOR1, and the whole idea is to
  avoid rescanning and have linear complexity)

- DFS from 14 complete, start DFS from 9

- find path 9

The end, and we have an incorrect path to 15: the long path through the
outer loop from 8, rather than the short path through the inner loop
from 14. This further leads to incorrect results.

digraph NFA {
  rankdir=LR
  node[shape=Mrecord fontname=Courier height=0.2 width=0.2]
  edge[arrowhead=vee fontname=Courier label=" "]

  n23 [label="23"]
  n23 -> n22 [label="/0&uarr;(1)"]
  n22 [label="22"]
  n22 -> n21 [label="/2&uarr;(2)"]
  n21 [label="21"]
  n21 -> n11
  n21 -> n20 [color=lightgray]
  n20 [label="20"]
  n20 -> n19 [label="/4&darr;(3)"]
  n19 [label="19"]
  n19 -> n18 [label="/5&darr;(2)"]
  n18 [label="18"]
  n18 -> n17 [label="/6&uarr;(3)"]
  n17 [label="17"]
  n17 -> n16 [label="/8&uarr;(4)"]
  n16 [label="16"]
  n16 -> n15
  n16 -> n14 [color=lightgray]
  n15 [label="15"]
  n15 -> n14 [label="97"]
  n14 [label="14"]
  n14 -> n13 [label="/9&uarr;(3)"]
  n13 [label="13"]
  n13 -> n17
  n13 -> n12 [color=lightgray]
  n12 [label="12"]
  n12 -> n3 [label="/7&uarr;(2)"]
  n11 [label="11"]
  n11 -> n10 [label="/4&uarr;(3)"]
  n10 [label="10"]
  n10 -> n9 [label="97"]
  n9 [label="9"]
  n9 -> n8 [label="97"]
  n8 [label="8"]
  n8 -> n7 [label="/5&uarr;(2)"]
  n7 [label="7"]
  n7 -> n6 [label="/6&darr;(3)"]
  n6 [label="6"]
  n6 -> n5 [label="/8&darr;(4)"]
  n5 [label="5"]
  n5 -> n4 [label="/9&darr;(3)"]
  n4 [label="4"]
  n4 -> n3 [label="/7&darr;(2)"]
  n3 [label="3"]
  n3 -> n2 [label="/3&uarr;(1)"]
  n2 [label="2"]
  n2 -> n22
  n2 -> n1 [color=lightgray]
  n1 [label="1"]
  n1 -> n0 [label="/1&uarr;(0)"]
  n0 [label="0"] [fillcolor=gray]
}

Use state index in closure instead of core index, and don't keep core indices at all.

Added tests for errors in case of out-of-bounds EOF value.

Give a concise error message when EOF rule is present, but no other rules are.

Updated .gitignore.

Updating .travis.yml after global move.

Moved re2c subdirectory to root directory and renamed old libre2c to libre2c_old.

Makefile.am: use wildcard instead of braces in macro expansion (the latter breaks on BSD).

Avoid using ULLONG_MAX as it is non-standard prior to C++11.

Handle cases when rename() fails because destination file exists.

In C/C++ rename() behaviour is implementation-defined. POSIX and Windows
have different behaviour when destination file exists: POSIX says rename()
should overwrite it, but Windows says rename() should fail.

Added more tests for EOF rule.

Improved label generation with EOF rule (removed unused and added missing labels).

Added some tests for EOF rule.

Fixed EOF rule handling in case when EOF symbol is the upper bound of charset.

run_tests.sh: ignore difference in trailing whitespace with --wine option.