Merge pull request #955 from rouault/remove_opj_nosanitize

Remove OPJ_NOSANITIZE in opj_bio_read() and opj_bio_write() (#761)

Remove OPJ_NOSANITIZE in opj_bio_read() and opj_bio_write() (#761)

Commit 29313eb5 introduced those flags to avoid issues with
-fsanitize=unsigned-integer-overflow
However it is better just to rewrite the loop to avoid such condition
to occur.

Fix astyle issue

Fix warning about unused arguments

Fix warnings with recent GCC versions

Merge pull request #928 from RussellMcOrmond/master

Quiet mode for opj_decompress via -quiet long parameter.

Merge branch 't1_flag_optimizations'

Packet header writing: set empty packet header bit to 0 when appropriate (small optimization)

Encoder: fix packet writing of empty sub-bands (#891, #892)

There are situations where, given a tile size, at a resolution level,
there are sub-bands with x0==x1 or y0==y1, that consequently don't have any
valid codeblocks, but the other sub-bands may be non-empty.
Given that we recycle the memory from one tile to another one, those
ghost codeblocks might be non-0 and thus candidate for packet inclusion.

T1: fix BYPASS/LAZY, TERMALL/RESTART and PTERM/ERTERM encoding modes. (#674)

There were a number of defects regarding when and how the termination of
passes had to done and the computation of their rate.

opj_t1_dec_sigpass_raw/opj_t1_dec_refpass_raw: harmonize style with mqc methods

MQC/RAW decoder: use an artificial 0xFF 0xFF terminating marker.

This saves comparing the current pointer with the end of buffer pointer.
This results at least in tiny speed improvement for raw decoding, and
smaller code size for MQC as well.

This kills the remains of the raw.h/.c files that were only used for
decoding. Encoding using the mqc structure already.

Fix documentation of opj_t1_decode_cblks()

Simplify VSC handling: instead of masking out bits when reading the 4th row.

Do not set them when updating flags of the 1st row

Force inlining of mqc decoding and pass steps through heavy use of macros, so as to get better register allocation

t1_generate_luts.c: fix compiler warnings

Optimize opj_t1_update_flags()

T1: remove use of neghalf variable. It is useless since bpno is always > 0

T1: avoid pointer indirection for mqc and raw members of opj_t1_t

T1: remove flags_stride variable from opj_t1_t

Inline opj_raw_decode()

T1: loop unrolling in dec_sigpass_raw and dec_refpass_raw

T1: Transpose coder optimizations to decoder, and cleanup code

Fix compiler warnings

Factor index computation for lut_enc_ctxno_sc and lut_enc_spb

Optimize a bit opj_t1_enc_clnpass()

T1: remove unused code in decoder

T1: fix VSC mode in encoder

T1: use more compact flags to optimize cache usage in encoder passes. (#172)

Ported from Carl Hetherington work (actually through Matthieu Darbois's port
on top of OpenJPEG 2.1.0)

Can reduce total encoding time by 10-15%

WARNING: VSC mode is not implemented, and so is a temporary regression
that must be fixed.

Merge pull request #936 from rouault/master_warnings

CMake: add stronger warnings for openjp2 lib/bin by default, and error out on declaration-after-statement

CMake: add stronger warnings for openjp2 lib/bin by default, and error out on declaration-after-statement

And remove occurences of unused arguments in src/lib/openjp2

Merge pull request #935 from rouault/add_compress_vsc_test

Tests: test opj_compress in VSC mode (related to #172)

Tests: test opj_compress in VSC mode (related to #172)

t1.c: fix compiler warnings

Fixed formatting issues ASTYLE

Quiet mode for opj_decompress via -quiet long parameter.

MQC: remove disabled MQC_PERF_OPT mode, which brings no performance improvements (see #923)

Add comments about non successfull attempt of implementing alternate INITDEC, DECODE and BYTEIN procedures (refs #921)

Merge pull request #926 from rouault/reformat_h_files

Reformat: apply reformattin on .h files (#128)

Reformat: apply reformattin on .h files (#128)

Merge pull request #919 from rouault/reformat

Add mechanisms to reformat and check code style, and reformat whole codebase (#128)

perf_test.py: implement -i option

astyle.options: use non deprecated option name

Reformat whole codebase with astyle.options (#128)

Add mechanisms to reformant and check code style (#128)

Use an internal version of astyle (astyle 3.0). Scripts taken from QGIS.
astyle.options from https://github.com/uclouvain/openjpeg/issues/128

scripts/prepare-commit.sh can be used locally to automatically reformat
edited files.

Travis-CI will run scripts/verify-indentation.sh to verify committed files.

Merge pull request #918 from rouault/profile

Add profiling of CPU and memory usage (#912)

Add profiling of CPU and memory usage (#912)

Merge pull request #917 from rouault/bench

Add performance benchmarking scripts

Add performance benchmarking scripts

And run them by Travis-CI

Merge pull request #915 from rouault/appveyor_fix_attempt

Fix retrieval of jpylyzer in AppVeyor

Fix retrieval of jpylyzer in AppVeyor

Merge pull request #893 from rouault/remove_tagtree_warnings

Remove warnings related to empty tag-trees.

Merge pull request #899 from jwilk/man-warnings

Remove spurious .R macros from manpages

Merge pull request #914 from alexwlchan/fix-readme

Escape quotes to ensure README renders on GitHub correctly

Escape quotes to ensure README renders on GitHub correctly

Remove spurious .R macros from manpages

Fixes the following warnings from man:

    `R' is a string (producing the registered sign), not a macro.

Fixed CRLF auto conversion issue in openjpeg-data #655

Remove warnings related to empty tag-trees.

Decoding some valid .jp2 files like Sentinel2 datasets leads to warnings like:
No incltree created.
tgt_create tree->numnodes == 0, no tree created.
No imsbtree created.
tgt_create tree->numnodes == 0, no tree created.

Besides that, the image is correctly decoded. So there is no reason to emit
those warnings.

Update THANKS.md

Update CHANGELOG.md

fix abi-check and limit upload to website for master

fix abi-check

fix abi-check

Update abi-check scripts for v2.1.2

Update NEWS.md for v2.1.2

Update Changelog for v2.1.2

Update version number for future release 2.2.0

OPENJPEG_NAMESPACE is configurable by user

Remove typos from comments and man pages

Fix PNM file reading (#847)

Malformed PNM file could cause a crash in opj_compress.
Checks were added to prevent this.

Fixes #843
Updates #440

Fix some issues reported by Coverity Scan (#846)

* test_tile_decoder: Fix potential buffer overflow (coverity)

CID 1190155 (#1 of 1): Unbounded source buffer (STRING_SIZE)

Using a pointer instead of buffer of fixed size avoids the limit
for the length of the input file name.

Signed-off-by: Stefan Weil <sw@weilnetz.de>
* test_tile_encoder: Fix potential buffer overflow (coverity)

CID 1190154 (#1 of 1): Unbounded source buffer (STRING_SIZE)

Using a pointer instead of buffer of fixed size avoids the limit
for the length of the output file name. This implies that the length
can exceed 255, so the data type for variable len had to be fixed, too.

Signed-off-by: Stefan Weil <sw@weilnetz.de>
* openjpip: Initialize data before returning it

This fixes an error reported by Coverity:

CID 1190143 (#1 of 1): Uninitialized scalar variable (UNINIT)

Signed-off-by: Stefan Weil <sw@weilnetz.de>

Fix potential out-of-bounds read (coverity)  (#844)

* query_parser: Fix potential out-of-bounds read (coverity)

CID 1190207 (#1 of 1): Out-of-bounds read (OVERRUN)

Variable i must be checked before testing query_param.box_type.

Signed-off-by: Stefan Weil <sw@weilnetz.de>
* jpip_parser: Fix potential out-of-bounds read (coverity)

CID 1190206 (#1 of 1): Out-of-bounds read (OVERRUN)

Variable i must be checked before testing query_param.box_type.

Signed-off-by: Stefan Weil <sw@weilnetz.de>

Merge pull request #834 from trylab/issue833

Fix issue 833.

Disable automatic compilation of t1_generate_luts

Fix #831

renamed USE_THREAD to OPJ_USE_THREAD

renaming to be consistent with previous OPJ CMake options

Remove TODO for overflow check (#842)

The check was already done. It’s been simplified.
Reformat to get consistent style throughout the functions.

Add overflow checks for opj_aligned_malloc (#841)

See
https://pdfium.googlesource.com/pdfium/+/b20ab6c7acb3be1393461eb650ca8fa4660c937e/third_party/libopenjpeg20/0020-opj_aligned_malloc.patch

Flags in T1 shall be unsigned (#840)

This will remove some conversion warnings

Fix some warnings (#838)

Fix warnings introduced by uclouvain/openjpeg#786

Merge branch 'smuehlst-bit-fields-type'

Merge branch 'bit-fields-type' of https://github.com/smuehlst/openjpeg into smuehlst-bit-fields-type

Merge pull request #786 from rouault/tier1_optimizations_multithreading

T1 & DWT multithreading decoding optimizations

remove ops 1.4 and 1.2 from abi-check to avoid symlinks in gh-pages

Fix issue 833.

Add some overflow check operations.

Add test for issue 820 (#829)

Update uclouvain/openjpeg#820

Add test for issue 826 (#827)

Update uclouvain/openjpeg#826

Also correct names for data of issue uclouvain/openjpeg#823

Fix coverity 113065 (CWE-484) (#824)

Update THANKS.md

Merge branch 'master' of https://github.com/uclouvain/openjpeg into tier1_optimizations_multithreading_2

Conflicts:
src/lib/openjp2/t1.c

opj_thread_pool: fix potential deadlock at thread pool destruction

Cast to size_t before multiplication

Need to cast to size_t before multiplication otherwise overflow check is useless.

Add sanity check for tile coordinates (#823)

Coordinates are casted from OPJ_UINT32 to OPJ_INT32
Add sanity check for negative values and upper bound becoming lower
than lower bound.
See also
https://pdfium.googlesource.com/pdfium/+/b6befb2ed2485a3805cddea86dc7574510178ea9

Moved type OPJ_BITFIELD from openjpeg.h to opj_includes.h

OPJ_BITFIELD is used only in internal headers and must not
appear in the public openjpeg.h header.

Merge branch 'master' into bit-fields-type

Add test for PR 818 (#822)

update uclouvain/openjpeg#818

Update to libpng 1.6.25 (#821)

fix incrementing of "l_tcp->m_nb_mcc_records" in opj_j2k_read_mcc (#820)

Fix an integer overflow issue (#809)

Prevent an integer overflow issue in function opj_pi_create_decode of
pi.c.

Add overflow check in opj_tcd_init_tile (#819)

Fix leak & invalid behavior of opj_jp2_read_ihdr (#818)

In case multiple ihdr box are present, only the first one shall be
taken into account.