]> granicus.if.org Git - graphviz/log
graphviz
2 years agodoxygen for circogen
Costa Shulyupin [Thu, 6 Oct 2022 18:50:23 +0000 (21:50 +0300)]
doxygen for circogen

Add exported API functions to file description.

Move references to the bottom because they belong to
whole directory, not just the file.

2 years agodoxygen for dotgen
Costa Shulyupin [Thu, 6 Oct 2022 18:48:12 +0000 (21:48 +0300)]
doxygen for dotgen

2 years agoMerge branch 'smattr/d26e56b1-b7a2-4e5a-869b-841e0311d45c' into 'main'
Matthew Fernandez [Wed, 14 Dec 2022 06:15:31 +0000 (06:15 +0000)]
Merge branch 'smattr/d26e56b1-b7a2-4e5a-869b-841e0311d45c' into 'main'

cgraph: pass destructor as a macro parameter instead of struct member

See merge request graphviz/graphviz!2999

2 years agocgraph: pass destructor as a macro parameter instead of struct member
Matthew Fernandez [Sun, 11 Dec 2022 20:27:52 +0000 (12:27 -0800)]
cgraph: pass destructor as a macro parameter instead of struct member

This smoothes down a number of rough edges in the generic list implementation:

  1. No need to noisily cast e.g. `free` as a destructor at the initialization
     site.

  2. The generic list struct is reduced by the size of a function pointer. This
     is not significant when a list is used entirely locally as the compiler can
     destructure this type as an optimization. But when passing objects of this
     type between functions, this can help.

  3. Some functions like free of the generic list zeroed the structure, losing
     the destructor. This could be improved by retaining it, but it seemed
     simpler to remove the opportunity for this confusion altogether.

An alternative to creating the new `DEFINE_LIST_WITH_DTOR` macro would be to
implement `DEFINE_LIST` as a variadic macro, taking an optional third parameter.
However the gymnastics required to achieve this in C99 (search the internet for
macro argument counting) make it not worth it.

2 years agoMerge branch 'smattr/gitlab-2325' into 'main'
Matthew Fernandez [Wed, 14 Dec 2022 02:01:14 +0000 (02:01 +0000)]
Merge branch 'smattr/gitlab-2325' into 'main'

fix out-of-bounds memory reads with large 'style' strings

Closes #2325

See merge request graphviz/graphviz!3000

2 years agocgraph: remove no longer used 'agxbnext'
Matthew Fernandez [Sun, 11 Dec 2022 20:47:02 +0000 (12:47 -0800)]
cgraph: remove no longer used 'agxbnext'

2 years agocommon parse_style: more tightly scope 'ps_xb'
Matthew Fernandez [Sun, 11 Dec 2022 19:54:19 +0000 (11:54 -0800)]
common parse_style: more tightly scope 'ps_xb'

2 years agocommon parse_style: remove static backing buffer for 'ps_xb'
Matthew Fernandez [Sun, 11 Dec 2022 19:51:31 +0000 (11:51 -0800)]
common parse_style: remove static backing buffer for 'ps_xb'

There seems little value retaining this when it adds complication and was a
contributing factor in the bug just fixed. This potentially slightly degrades
performance (initial style use results in a heap allocation), but is unlikely to
be measurable and should be regained back if we implement Small String
Optimization on `agxbuf`.

2 years agofix out-of-bounds memory reads with large 'style' strings
Matthew Fernandez [Sun, 11 Dec 2022 19:42:01 +0000 (11:42 -0800)]
fix out-of-bounds memory reads with large 'style' strings

Parsing a large style would acquire pointers into the `agxbuf` it wrote into,
but then go on to append more data to the buffer, potentially triggering a
reallocation thus leaving those prior pointers dangling. Later attempts to
access the style would read from these (now invalid) pointers. This bug has
existed since the very first commit of Graphviz.

Note that this change does nothing to alter the NUL-separated-string design of
the return value of `parse_style`. This still remains because some callers rely
on it, despite it being known as problematic.

Gitlab: fixes #2325

2 years agocommon parse_stlye: use a more appropriate type for counting styles
Matthew Fernandez [Sun, 11 Dec 2022 19:32:21 +0000 (11:32 -0800)]
common parse_stlye: use a more appropriate type for counting styles

2 years agoadd a test case for #2325
Matthew Fernandez [Sun, 11 Dec 2022 19:25:26 +0000 (11:25 -0800)]
add a test case for #2325

This currently triggers an out-of-bounds read, observable with ASan.

2 years agoMerge branch 'smattr/550b8768-ca04-4379-9b05-291ecd1d9c6e' into 'main'
Matthew Fernandez [Wed, 14 Dec 2022 01:03:05 +0000 (01:03 +0000)]
Merge branch 'smattr/550b8768-ca04-4379-9b05-291ecd1d9c6e' into 'main'

cgraph: remove 'agxbstart'

See merge request graphviz/graphviz!2997

2 years agocgraph: remove no longer used 'agxbstart'
Matthew Fernandez [Sat, 10 Dec 2022 21:01:57 +0000 (13:01 -0800)]
cgraph: remove no longer used 'agxbstart'

2 years agocommon printTok: remove use of 'agxbstart' to access agxbuf data
Matthew Fernandez [Sat, 10 Dec 2022 20:54:40 +0000 (12:54 -0800)]
common printTok: remove use of 'agxbstart' to access agxbuf data

Reaching into something that is notionally the internals of the `agxbuf` type
was causing some complications in upcoming changes. Specifically, the lifetime
of the pointer returned from `agxbstart` makes it error prone. Any operation
that appends more data to the `agxbuf` must conservatively be assumed to
invalidate a pointer previously returned from `agxbstart`.

Although this instance was not retaining the returned pointer, the `agxbstart`
interface seems dangerous to provide given that it is difficult to use safely.
By removing its sole use here, we clear the way for its removal in future.

This new phrasing is potentially less efficient, as data is now extracted from
the buffer and then written back into the same buffer. However (1) a good
contemporary compiler will inline all calls and realize the accumulated
operation on the buffer is a no-op and (2) this is debug code, so performance is
not critical.

Gitlab: related to #2325

2 years agoMerge branch 'smattr/900d5d7b-5f27-4dc3-be4b-9934e4be9906' into 'main'
Matthew Fernandez [Sun, 11 Dec 2022 19:24:42 +0000 (19:24 +0000)]
Merge branch 'smattr/900d5d7b-5f27-4dc3-be4b-9934e4be9906' into 'main'

use list.h to replace various integer stack implementations

See merge request graphviz/graphviz!2996

2 years agosparse: fix comment typo
Matthew Fernandez [Sat, 10 Dec 2022 20:41:07 +0000 (12:41 -0800)]
sparse: fix comment typo

2 years agocgraph: add unit tests for list.h API
Matthew Fernandez [Sat, 10 Dec 2022 20:38:04 +0000 (12:38 -0800)]
cgraph: add unit tests for list.h API

2 years agocgraph: fix incorrect shrink-to-fit implementation for lists
Matthew Fernandez [Sat, 10 Dec 2022 20:35:32 +0000 (12:35 -0800)]
cgraph: fix incorrect shrink-to-fit implementation for lists

This was accidentally a no-op due to a comparison that was always false.

2 years agocgraph: fix incorrect resize-down implementation for lists without destructors
Matthew Fernandez [Sat, 10 Dec 2022 20:33:16 +0000 (12:33 -0800)]
cgraph: fix incorrect resize-down implementation for lists without destructors

Attempting to shrink a list that did not have a element destructor would
incorrectly do nothing.

2 years agogvgen: replace 'gv_stack_t' with generic list for int stack
Matthew Fernandez [Thu, 8 Dec 2022 16:35:26 +0000 (08:35 -0800)]
gvgen: replace 'gv_stack_t' with generic list for int stack

The generic list implementation is an improvement over `gv_stack_t` in that it
is both more flexible and type safe. Migrating to it has two primary
improvements:

  1. Maintaining type safety. There is now no need to cast when pushing and
     popping the stack. This removes two compiler warnings and leads to shorter,
     more readable code.

  2. Memory reduction. On 64-bit platforms with a 32-bit int (e.g. x86-64),
     `gv_stack_t` uses 8 bytes per int element for storage. In contrast, the
     generic list uses 4 bytes per int.

2 years agosparse: replace 'IntStack' with generic list implementation
Matthew Fernandez [Thu, 8 Dec 2022 16:24:53 +0000 (08:24 -0800)]
sparse: replace 'IntStack' with generic list implementation

Apart from reducing the amount of code to maintain going forwards, this removes
several warts:

  1. `IntStack_push` returned a value indicating whether it succeeded or failed.
     The caller was ignoring this. We now exit on push failure.

  2. `IntStack_pop` used an awkward flag-based protocol to detect an empty
     stack. We now use a cleaner “is empty” guard on the pop call.

  3. Iterating over all stack elements sometimes used < length and sometimes
     ≤ last. There were reasons for this (`SIZE_MAX` was used as a sentinel
     last value, and length was calculated based on last). But it led to code
     that was harder than necessary to understand at the call site.

2 years agocgraph: add push and pop functions to the generic list
Matthew Fernandez [Thu, 8 Dec 2022 16:03:22 +0000 (08:03 -0800)]
cgraph: add push and pop functions to the generic list

This enables using this data structure as a stack as well. In future it could
grow to replace `gv_stack_t`.

2 years agoMerge branch 'smattr/7522e5d4-990f-4626-90b9-08632f4d552f' into 'main'
Matthew Fernandez [Sun, 11 Dec 2022 18:35:26 +0000 (18:35 +0000)]
Merge branch 'smattr/7522e5d4-990f-4626-90b9-08632f4d552f' into 'main'

CI: hard code platform when running './configure' on Cygwin

See merge request graphviz/graphviz!2998

2 years agoCI: hard code platform when running './configure' on Cygwin
Matthew Fernandez [Sat, 10 Dec 2022 22:04:10 +0000 (14:04 -0800)]
CI: hard code platform when running './configure' on Cygwin

The Cygwin Autotools builds have begun failing in CI:

  + ./configure --prefix=/cygdrive/c/GitLab-Runner/builds/smattr/graphviz/
    graphviz-7.0.5~dev.20221210.2041/build
  checking build system type... config/config.guess: unable to guess system type

  This script (version 2018-02-24), has failed to recognize the
  operating system you are using. If your script is old, overwrite *all*
  copies of config.guess and config.sub with the latest versions from:

    https://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.guess
  and
    https://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.sub

  If config/config.guess has already been updated, send the following data and any
  information you think might be pertinent to config-patches@gnu.org to
  provide the necessary information to handle your system.

  config.guess timestamp = 2018-02-24

  uname -m = .x86_64
  uname -r = 3.4.1-1.x86_64
  uname -s = CYGWIN_NT-10.0-17763
  uname -v = 2022-12-10 19:59 UTC

  /usr/bin/uname -p = unknown
  /bin/uname -X     =

  hostinfo               =
  /bin/universe          =
  /usr/bin/arch -k       =
  /bin/arch              = .x86_64
  /usr/bin/oslevel       =
  /usr/convex/getsysinfo =

  UNAME_MACHINE = ".x86_64"
  UNAME_RELEASE = "3.4.1-1.x86_64"
  UNAME_SYSTEM  = "CYGWIN_NT-10.0-17763"
  UNAME_VERSION = "2022-12-10 19:59 UTC"
  configure: error: cannot guess build type; you must specify one

config.guess is one of those scripts that is manually copy-pasted between GNU
projects. In this instance, it is the copy within Automake that is being used.
CI appears to be installing the very latest version of Automake at time of
writing (1.16.5), so upgrading Automake is not a fix here.

Cross referencing the upstream version of config.guess in Savannah¹, there have
been a lot of changes to this file since the version Automake is carrying². But
none of them jump out as something that would affect Cygwin detection in this
way.

So this commit works around the problem on our side. We hard code the guess that
`./configure` should have made. Note that this change uses the guess text from
the newer config.guess, `x86_64-pc-cygwin`, instead of the guess text from the
older version of config.guess Automake is carrying, `x86_64-unknown-cygwin`.

If this problem turns out to have a root cause in Automake and is fixed in
future, we should be able to revert this change.

¹ https://savannah.gnu.org/projects/config/
² 72 commits touching this file since the version Automake is carrying
  (2018-02-24). Total diff of these commits to config.guess is 2143 lines.

2 years agoMerge branch 'smattr/71c7f362-abcc-458d-b5e3-5fc6624fc5f6' into 'main'
Matthew Fernandez [Thu, 8 Dec 2022 04:26:13 +0000 (04:26 +0000)]
Merge branch 'smattr/71c7f362-abcc-458d-b5e3-5fc6624fc5f6' into 'main'

prune: fix memory leaks in list destruction

See merge request graphviz/graphviz!2992

2 years agoprune: fix memory leaks in list destruction
Matthew Fernandez [Tue, 6 Dec 2022 15:23:21 +0000 (07:23 -0800)]
prune: fix memory leaks in list destruction

This problem seems to have existed since the first Graphviz commit.

2 years agocgraph: add support for per-element destructors in list implementation
Matthew Fernandez [Tue, 6 Dec 2022 15:18:51 +0000 (07:18 -0800)]
cgraph: add support for per-element destructors in list implementation

2 years agoMerge branch 'smattr/b354fca9-3b7d-44bb-b58f-90a35847a3f9' into 'main'
Matthew Fernandez [Thu, 8 Dec 2022 02:03:07 +0000 (02:03 +0000)]
Merge branch 'smattr/b354fca9-3b7d-44bb-b58f-90a35847a3f9' into 'main'

osage: roll out cgraph allocation wrapper usage

See merge request graphviz/graphviz!2989

2 years agoosage layout: remove unnecessary casts
Matthew Fernandez [Sun, 4 Dec 2022 22:25:31 +0000 (14:25 -0800)]
osage layout: remove unnecessary casts

2 years agoosage layout: use cgraph wrappers for allocation
Matthew Fernandez [Fri, 18 Nov 2022 01:14:41 +0000 (17:14 -0800)]
osage layout: use cgraph wrappers for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

2 years agoosage: replace clist implementation with generic list
Matthew Fernandez [Sat, 3 Dec 2022 18:54:23 +0000 (10:54 -0800)]
osage: replace clist implementation with generic list

This replaces some common/memory.h allocations with cgraph/alloc.h, but more
importantly reduces the amount of code to maintain here. Note that confusingly
the list begins with a NULL entry and is only relevant to store later if we have
accrued more than just the initial NULL.

This is the equivalent of b10b254860b2bcbc85b9779a2388d33ce8318908 but applied
to osage.

2 years agoosage: inline 'initCList' into a C99 initialization
Matthew Fernandez [Thu, 1 Dec 2022 04:46:33 +0000 (20:46 -0800)]
osage: inline 'initCList' into a C99 initialization

This is the equivalent of 4460351650475f4e8aa4ef085928e1697776f070 but applied
to osage.

2 years agoMerge branch 'smattr/2fd01708-69d8-41fe-a59b-d701cf5b5c6c' into 'main'
Matthew Fernandez [Thu, 8 Dec 2022 01:12:10 +0000 (01:12 +0000)]
Merge branch 'smattr/2fd01708-69d8-41fe-a59b-d701cf5b5c6c' into 'main'

fdpgen, neatogen: some cgraph alloc wrapper migration, bug fixing, type adjustment

See merge request graphviz/graphviz!2991

2 years agoneatogen: remove some unnecessary parens
Matthew Fernandez [Tue, 6 Dec 2022 05:39:28 +0000 (21:39 -0800)]
neatogen: remove some unnecessary parens

2 years agoneatogen computeScale: swap 'MIN' for stdlib equivalent
Matthew Fernandez [Tue, 6 Dec 2022 05:39:11 +0000 (21:39 -0800)]
neatogen computeScale: swap 'MIN' for stdlib equivalent

2 years agoneatogen computeScaleXY: swap 'MAX' for stdlib equivalent
Matthew Fernandez [Tue, 6 Dec 2022 05:38:42 +0000 (21:38 -0800)]
neatogen computeScaleXY: swap 'MAX' for stdlib equivalent

2 years agoneatogen computeScale: use cgraph wrapper for allocation
Matthew Fernandez [Fri, 18 Nov 2022 01:14:41 +0000 (17:14 -0800)]
neatogen computeScale: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

2 years agoneatogen computeScaleXY: use cgraph wrapper for allocation
Matthew Fernandez [Fri, 18 Nov 2022 01:14:41 +0000 (17:14 -0800)]
neatogen computeScaleXY: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

2 years agoneatogen cAdjust: use cgraph wrapper for allocation
Matthew Fernandez [Fri, 18 Nov 2022 01:14:41 +0000 (17:14 -0800)]
neatogen cAdjust: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

2 years agoneatogen mkOverlapSet: replace manual array with list implementation
Matthew Fernandez [Tue, 6 Dec 2022 05:23:23 +0000 (21:23 -0800)]
neatogen mkOverlapSet: replace manual array with list implementation

2 years agoneatogen mkOverlapSet: return actual point count in 'cntp'
Matthew Fernandez [Tue, 6 Dec 2022 05:16:46 +0000 (21:16 -0800)]
neatogen mkOverlapSet: return actual point count in 'cntp'

For reasons unclear to me, the `mkOverlapSet` function was constructing a set of
points with an implicit initial 0 point and then notifying the caller of a count
1 _less_ than the total point count. There was nothing wrong with this, but it
led to several instances of non-idiomatic follow-on code that had to account for
an array that was actually 1 longer than what its count variable said.

2 years agoneatogen computeScaleXY: fix memory leak
Matthew Fernandez [Tue, 6 Dec 2022 05:00:31 +0000 (21:00 -0800)]
neatogen computeScaleXY: fix memory leak

2 years agoneatogen constraint: use 'size_t' to count points
Matthew Fernandez [Tue, 6 Dec 2022 04:58:23 +0000 (20:58 -0800)]
neatogen constraint: use 'size_t' to count points

Squashes five -Wsign-conversion warnings. This requires a few cascading changes
to various callees here.

2 years agofdpgen: replace clist implementation with generic list
Matthew Fernandez [Sat, 3 Dec 2022 18:54:23 +0000 (10:54 -0800)]
fdpgen: replace clist implementation with generic list

This replaces some common/memory.h allocations with cgraph/alloc.h, but more
importantly reduces the amount of code to maintain here. Note that confusingly
the list begins with a NULL entry and is only relevant to store later if we have
accrued more than just the initial NULL.

This is the equivalent of b10b254860b2bcbc85b9779a2388d33ce8318908 but applied
to fdpgen.

2 years agofdpgen: inline 'initCList' into a C99 initialization
Matthew Fernandez [Thu, 1 Dec 2022 04:46:33 +0000 (20:46 -0800)]
fdpgen: inline 'initCList' into a C99 initialization

This is the equivalent of 4460351650475f4e8aa4ef085928e1697776f070 but applied
to fdpgen.

2 years agoMerge branch 'smattr/53ae5c5d-ba33-4ab5-b844-dc0d40fc5e1c' into 'main'
Matthew Fernandez [Tue, 6 Dec 2022 01:00:48 +0000 (01:00 +0000)]
Merge branch 'smattr/53ae5c5d-ba33-4ab5-b844-dc0d40fc5e1c' into 'main'

cgraph: inline 'bitarray_new' into 'bitarray_new_or_exit' and rename

See merge request graphviz/graphviz!2990

2 years agocgraph: inline 'bitarray_new' into 'bitarray_new_or_exit' and rename
Matthew Fernandez [Mon, 5 Dec 2022 02:28:29 +0000 (18:28 -0800)]
cgraph: inline 'bitarray_new' into 'bitarray_new_or_exit' and rename

All clients of this functionality were calling `bitarray_new_or_exit`. That is,
none of them could cope with failure. In the intervening time since this API was
added, several other exit-on-failure functions have sprung up. For example,
`gv_alloc`. It seems reasonable to now abbreviate this, leading to lesser code
to maintain, with the “or exit” now implicit.

2 years agoMerge branch 'smattr/bbedf005-c240-4739-a365-79e0b6b009c9' into 'main'
Matthew Fernandez [Mon, 5 Dec 2022 00:25:45 +0000 (00:25 +0000)]
Merge branch 'smattr/bbedf005-c240-4739-a365-79e0b6b009c9' into 'main'

twopigen: use cgraph wrappers for allocation

See merge request graphviz/graphviz!2982

2 years agotwopigen: use an exact comparison when testing against 'UNSET'
Matthew Fernandez [Tue, 29 Nov 2022 01:27:53 +0000 (17:27 -0800)]
twopigen: use an exact comparison when testing against 'UNSET'

Squashes a -Wfloat-comparison warning.

2 years agotwopigen: use a 'uint64_t' for infinity sentinel
Matthew Fernandez [Tue, 29 Nov 2022 01:26:18 +0000 (17:26 -0800)]
twopigen: use a 'uint64_t' for infinity sentinel

This value is guaranteed to not be negative (an `int` multiplied by itself is
non-negative) and later is compared against `uint64_t` values. So this change
squashes a couple of warnings.

2 years agotwopigen twopi_init_node_edge: use cgraph wrappers for allocation
Matthew Fernandez [Fri, 18 Nov 2022 01:14:41 +0000 (17:14 -0800)]
twopigen twopi_init_node_edge: use cgraph wrappers for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

2 years agotwopigen getRankseps: use cgraph wrapper for allocation
Matthew Fernandez [Fri, 18 Nov 2022 01:14:41 +0000 (17:14 -0800)]
twopigen getRankseps: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

2 years agotwopigen push: use cgraph wrapper for allocation
Matthew Fernandez [Fri, 18 Nov 2022 01:14:41 +0000 (17:14 -0800)]
twopigen push: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

2 years agoMerge branch 'smattr/9a665a71-ab78-4631-aefe-acabc4924775' into 'main'
Matthew Fernandez [Sun, 4 Dec 2022 23:33:40 +0000 (23:33 +0000)]
Merge branch 'smattr/9a665a71-ab78-4631-aefe-acabc4924775' into 'main'

cgraph: squash -Wunused-function warnings for list functions

See merge request graphviz/graphviz!2988

2 years agocgraph: squash -Wunused-function warnings for list functions
Matthew Fernandez [Sun, 4 Dec 2022 21:31:38 +0000 (13:31 -0800)]
cgraph: squash -Wunused-function warnings for list functions

Clang on macOS seems to complain about even `inline` functions when they are
defined within a .c file.

2 years agoMerge branch 'gshklover_simplex' into 'main'
Matthew Fernandez [Sun, 4 Dec 2022 19:55:54 +0000 (19:55 +0000)]
Merge branch 'gshklover_simplex' into 'main'

Modified dfs_range() in ns.c to prune unmodified sub-trees

See merge request graphviz/graphviz!2857

2 years agoModified dfs_range() in ns.c to prune unmodified sub-trees
greg [Mon, 26 Sep 2022 12:14:14 +0000 (15:14 +0300)]
Modified dfs_range() in ns.c to prune unmodified sub-trees

2 years agoMerge branch 'smattr/50455448-28d0-4b1d-87fe-34700fbdc672' into 'main'
Matthew Fernandez [Sun, 4 Dec 2022 18:51:00 +0000 (18:51 +0000)]
Merge branch 'smattr/50455448-28d0-4b1d-87fe-34700fbdc672' into 'main'

rollout cgraph alloc.h headers in patchwork, implement a generic list

See merge request graphviz/graphviz!2986

2 years agoprune: use generalized list implementation for nodes list
Matthew Fernandez [Sat, 3 Dec 2022 19:10:46 +0000 (11:10 -0800)]
prune: use generalized list implementation for nodes list

This allows preserving type safety (no more `char*` casts needed). We can also
entirely remove prune’s generic list implementation which is no longer used.

2 years agoprune: use generalized list implementation for attributes list
Matthew Fernandez [Sat, 3 Dec 2022 19:10:46 +0000 (11:10 -0800)]
prune: use generalized list implementation for attributes list

This allows preserving type safety (no more `strattr_t` casts needed) and the
list items can be managed by value (no more `gv_alloc` for the `sp` being
appended), leading to simpler code.

2 years agopatchwork: use a 'size_t' for treenode children count
Matthew Fernandez [Thu, 1 Dec 2022 01:41:20 +0000 (17:41 -0800)]
patchwork: use a 'size_t' for treenode children count

This also involves a cascading series of updates to other variables that are
used to interact with `n_children`. Squashes four -Wsign-conversion warnings.

2 years agopatchwork layoutTree: use cgraph wrappers for allocation
Matthew Fernandez [Fri, 18 Nov 2022 01:14:41 +0000 (17:14 -0800)]
patchwork layoutTree: use cgraph wrappers for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

2 years agopatchwork mkTree: use cgraph wrapper for allocation
Matthew Fernandez [Fri, 18 Nov 2022 01:14:41 +0000 (17:14 -0800)]
patchwork mkTree: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

2 years agopatchwork mkTreeNode: use cgraph wrapper for allocation
Matthew Fernandez [Fri, 18 Nov 2022 01:14:41 +0000 (17:14 -0800)]
patchwork mkTreeNode: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

2 years agopatchwork patchwork_init_node_edge: use cgraph wrappers for allocation
Matthew Fernandez [Fri, 18 Nov 2022 01:14:41 +0000 (17:14 -0800)]
patchwork patchwork_init_node_edge: use cgraph wrappers for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

2 years agopatchwork mkClusters: use cgraph wrapper for allocation
Matthew Fernandez [Fri, 18 Nov 2022 01:14:41 +0000 (17:14 -0800)]
patchwork mkClusters: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

2 years agopatchwork: replace clist implementation with generic list
Matthew Fernandez [Sat, 3 Dec 2022 18:54:23 +0000 (10:54 -0800)]
patchwork: replace clist implementation with generic list

This replaces some common/memory.h allocations with cgraph/alloc.h, but more
importantly reduces the amount of code to maintain here. Note that confusingly
the list begins with a NULL entry and is only relevant to store later if we have
accrued more than just the initial NULL.

2 years agopatchwork: inline 'initCList' into a C99 initialization
Matthew Fernandez [Thu, 1 Dec 2022 04:46:33 +0000 (20:46 -0800)]
patchwork: inline 'initCList' into a C99 initialization

2 years agopatchwork tree_map: use cgraph wrapper for allocation
Matthew Fernandez [Fri, 18 Nov 2022 01:14:41 +0000 (17:14 -0800)]
patchwork tree_map: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

2 years agooutline 'boxes_t' implementation into a generic list
Matthew Fernandez [Sat, 3 Dec 2022 18:27:48 +0000 (10:27 -0800)]
outline 'boxes_t' implementation into a generic list

This will allow us to avoid reimplementing variants of the same list data
structure repeatedly. It extends the boxes functions with some other useful
additions and slightly modifies the growth strategy. On first addition, a single
element is now allocated instead of 128. This seems more appropriate for a data
structure that we intend to use more pervasively.

This also replaces common/memory.h allocation that was used in boxes.h with
cgraph/alloc.h calls.

2 years agopatchwork squarify: replace 'MAX', 'MIN' with stdlib equivalents
Matthew Fernandez [Thu, 1 Dec 2022 01:15:20 +0000 (17:15 -0800)]
patchwork squarify: replace 'MAX', 'MIN' with stdlib equivalents

2 years agopatchwork: replace 'rectangle_new' with C99 initialization
Matthew Fernandez [Thu, 1 Dec 2022 01:10:49 +0000 (17:10 -0800)]
patchwork: replace 'rectangle_new' with C99 initialization

2 years agopatchwork: remove unused 'rectangle_struct' name
Matthew Fernandez [Thu, 1 Dec 2022 01:08:25 +0000 (17:08 -0800)]
patchwork: remove unused 'rectangle_struct' name

2 years agoMerge branch 'smattr/c8daf543-cbfe-4778-b845-a93a91f92189' into 'main'
Matthew Fernandez [Sun, 4 Dec 2022 17:49:31 +0000 (17:49 +0000)]
Merge branch 'smattr/c8daf543-cbfe-4778-b845-a93a91f92189' into 'main'

neatogen: more cgraph allocation wrapper migration

See merge request graphviz/graphviz!2987

2 years agoneatogen assign_digcola_levels: use cgraph wrappers for allocation
Matthew Fernandez [Fri, 18 Nov 2022 01:14:41 +0000 (17:14 -0800)]
neatogen assign_digcola_levels: use cgraph wrappers for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

2 years agoneatogen generateNonoverlapConstraints: use cgraph wrappers for allocation
Matthew Fernandez [Fri, 18 Nov 2022 01:14:41 +0000 (17:14 -0800)]
neatogen generateNonoverlapConstraints: use cgraph wrappers for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

2 years agoneatogen initCMajVPSC: use cgraph wrappers for allocation
Matthew Fernandez [Fri, 18 Nov 2022 01:14:41 +0000 (17:14 -0800)]
neatogen initCMajVPSC: use cgraph wrappers for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

2 years agoneatogen: remove commented out logging statements
Matthew Fernandez [Sat, 3 Dec 2022 21:15:20 +0000 (13:15 -0800)]
neatogen: remove commented out logging statements

2 years agoneatogen _neato_set_aspect: abbreviate coordinate swapping
Matthew Fernandez [Sat, 3 Dec 2022 21:11:56 +0000 (13:11 -0800)]
neatogen _neato_set_aspect: abbreviate coordinate swapping

2 years agoneatogen _spline_edges: use cgraph wrapper for allocation
Matthew Fernandez [Fri, 18 Nov 2022 01:14:41 +0000 (17:14 -0800)]
neatogen _spline_edges: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

2 years agoneatogen makeObstacle: use a C99 bool for 'isPoly'
Matthew Fernandez [Sat, 3 Dec 2022 21:11:15 +0000 (13:11 -0800)]
neatogen makeObstacle: use a C99 bool for 'isPoly'

2 years agoneatogen _neato_set_aspect: replace 'MIN' with its stdlib equivalent
Matthew Fernandez [Sat, 3 Dec 2022 21:10:53 +0000 (13:10 -0800)]
neatogen _neato_set_aspect: replace 'MIN' with its stdlib equivalent

2 years agoneatogen _spline_edges: remove unused 'P' local
Matthew Fernandez [Sat, 3 Dec 2022 20:53:54 +0000 (12:53 -0800)]
neatogen _spline_edges: remove unused 'P' local

2 years agoneatogen makeObstacle: use cgraph wrappers for allocation
Matthew Fernandez [Fri, 18 Nov 2022 01:14:41 +0000 (17:14 -0800)]
neatogen makeObstacle: use cgraph wrappers for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

2 years agoneatogen makeSelfArcs: use cgraph wrapper for allocation
Matthew Fernandez [Fri, 18 Nov 2022 01:14:41 +0000 (17:14 -0800)]
neatogen makeSelfArcs: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

2 years agoneatogen newitem: use cgraph wrapper for allocation
Matthew Fernandez [Fri, 18 Nov 2022 01:14:41 +0000 (17:14 -0800)]
neatogen newitem: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

2 years agoneatogen make_barriers: use cgraph wrapper for allocation
Matthew Fernandez [Fri, 18 Nov 2022 01:14:41 +0000 (17:14 -0800)]
neatogen make_barriers: use cgraph wrapper for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

2 years agoneatogen compute_new_weights: use cgraph wrappers for allocation
Matthew Fernandez [Fri, 18 Nov 2022 01:14:41 +0000 (17:14 -0800)]
neatogen compute_new_weights: use cgraph wrappers for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

2 years agoneatogen fcmpf: use early return style and add braces
Matthew Fernandez [Sat, 3 Dec 2022 20:49:26 +0000 (12:49 -0800)]
neatogen fcmpf: use early return style and add braces

2 years agoneatogen compute_apsp_simple: use cgraph wrappers for allocation
Matthew Fernandez [Fri, 18 Nov 2022 01:14:41 +0000 (17:14 -0800)]
neatogen compute_apsp_simple: use cgraph wrappers for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

We can also squash a -Wsign-conversion warning at the same time, noting that the
square of a signed number is always non-negative.

2 years agoneatogen compute_apsp_dijkstra: use cgraph wrappers for allocation
Matthew Fernandez [Fri, 18 Nov 2022 01:14:41 +0000 (17:14 -0800)]
neatogen compute_apsp_dijkstra: use cgraph wrappers for allocation

The lib/cgraph/alloc.h wrappers are similar to the older lib/common/memory.h
wrappers except (1) they are header-only and (2) they live in a directory
(cgraph) that is at the root of the dependency tree. The long term plan is to
replace all use of lib/common/memory.h with lib/cgraph/alloc.h.

We can also squash a -Wsign-conversion warning at the same time, noting that the
square of a signed number is always non-negative.

2 years agoMerge branch 'smattr/3c4308aa-6a8e-4737-8f3f-fe806685038f' into 'main'
Matthew Fernandez [Sat, 3 Dec 2022 17:22:27 +0000 (17:22 +0000)]
Merge branch 'smattr/3c4308aa-6a8e-4737-8f3f-fe806685038f' into 'main'

Start 7.0.5 development

See merge request graphviz/graphviz!2984

2 years agoStart 7.0.5 development
Matthew Fernandez [Sat, 3 Dec 2022 16:34:44 +0000 (08:34 -0800)]
Start 7.0.5 development

2 years agoMerge branch 'smattr/76b52b3e-e98d-43e3-9717-6d816a840f54' into 'main' 7.0.4
Matthew Fernandez [Sat, 3 Dec 2022 16:31:35 +0000 (16:31 +0000)]
Merge branch 'smattr/76b52b3e-e98d-43e3-9717-6d816a840f54' into 'main'

Stable release 7.0.4

See merge request graphviz/graphviz!2980

2 years agoStable release 7.0.4
Matthew Fernandez [Mon, 28 Nov 2022 15:47:51 +0000 (07:47 -0800)]
Stable release 7.0.4

2 years agoadd a test for date typos in the CHANGELOG
Matthew Fernandez [Wed, 30 Nov 2022 05:31:37 +0000 (21:31 -0800)]
add a test for date typos in the CHANGELOG

The first cut of the upcoming release had such a typo in it.

2 years agoMerge branch 'smattr/2c47a1a1-8699-4dc9-8c0c-20090089c3bf' into 'main'
Matthew Fernandez [Thu, 1 Dec 2022 15:47:21 +0000 (15:47 +0000)]
Merge branch 'smattr/2c47a1a1-8699-4dc9-8c0c-20090089c3bf' into 'main'

fix changelog entry that was entered under an older release

See merge request graphviz/graphviz!2983

2 years agofix changelog entry that was entered under an older release
Matthew Fernandez [Wed, 30 Nov 2022 06:05:56 +0000 (22:05 -0800)]
fix changelog entry that was entered under an older release

When rebasing 8f60584180071ab9c0f212c3f31aac1d53ed4757, I mistakenly forgot to
adjust its changelog entry for the release that had happened in the intervening
time.

Gitlab: #56

2 years agoMerge branch 'smattr/gitlab-56' into 'main'
Matthew Fernandez [Wed, 30 Nov 2022 05:03:32 +0000 (05:03 +0000)]
Merge branch 'smattr/gitlab-56' into 'main'

ortho: dynamically manage trapezoid structures

Closes #1880 and #56

See merge request graphviz/graphviz!2973

2 years agoortho add_segment: use C99 bools for some boolean locals
Matthew Fernandez [Thu, 24 Nov 2022 18:56:05 +0000 (10:56 -0800)]
ortho add_segment: use C99 bools for some boolean locals