Fix lib/common objs not included in lib/gvc lib for CMake builds

This is what the autotools builds do.

For some reason this was not a problem on Windows.

Without this, the rtest/test_examples.py gave errors like this for e.g. demo.c:

demo.c:(.text+0x29): undefined reference to `gvParseArgs'

Correct link library order for mm2gv

The sparse lib depends on many of the libs that were listed before it.

An upcoming change to lib/gvc revealed this and without this change,
the following link error would occur:

../../lib/sparse/libsparse.a(SparseMatrix.c.o): In function `SparseMatrix_page_rank':
SparseMatrix.c:(.text+0x12471): undefined reference to `Verbose'

Fix math library not linked with lib/sparse and remove from gvpack

The gvpack tool only uses math functions indirectly through other
libraries including plugin/neato_layout which use lib/sparse.

Remove obsolete Linux special add of math target link library

Since the previous commit, this is no longer necessary for programs
that only use math functions indirectly through lib/gvc.

Fix math library not linked with lib/gvc for Linux CMake builds

This is what the autotools builds do.

$(MATH_LIB) was already referenced by lib/gvc/CmakeLists.txt, but it
was never given any value.

For Windows, this is not necessary since math functions are included
in the Universal C Runtime library (UCRT).

Without this, the rtest/test_examples.py gave errors like this for e.g. demo.c:

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../../lib/libgvc.so: undefined reference to `atan2'

Archive Linux CMake builds under Packages/experimental to avoid deployment

Changes COLLECTION to experimental for Linux CMake builds which causes
the artifacts to be archived under Packages/experimental which is not
deployed to https://www2.graphviz.org/Packages.

Add generation of a Debian package from Ubuntu CMake build

Also adapts jobs & scripts.

This does not yet replicate the structure of Debian packages produced
by autotools. Everything is put into one single package named
Graphviz-<version>-Linux.deb.

Merge branch '1785-3' into 'master'

disambiguate #includes (3/5)

See merge request graphviz/graphviz!1582

Merge branch 'afabefdf-dab2-43e5-bacd-ece9214998cd' into 'master'

remove ad hoc name mangling in the gml parser

Closes #1806

See merge request graphviz/graphviz!1580

disambiguate plugin/xlib #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/xlib include path

disambiguate plugin/webp #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/webp include path

disambiguate plugin/visio #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/visio include path

disambiguate plugin/rsvg #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/rsvg include path

disambiguate plugin/quartz #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/quartz include path

disambiguate plugin/poppler #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/poppler include path

disambiguate plugin/pango #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/pango include path

disambiguate plugin/neato_layout #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/neato_layout include path

disambiguate plugin/ming #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/ming include path

disambiguate plugin/lasi #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/lasi include path

disambiguate plugin/gtk #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/gtk include path

disambiguate plugin/gs #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/gd include path

disambiguate plugin/glitz #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/glitz include path

disambiguate plugin/gdk #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/gdk include path

disambiguate plugin/gdiplus #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/gdiplus include path

disambiguate plugin/gd #includes

Related to #1242 and #1785.

remove unnecessary plugin/gd include path

disambiguate plugin/dot_layout #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/dot_layout include path

disambiguate plugin/devil #includes

Related to #1785.

remove unnecessary plugin/devil include path

disambiguate plugin/core #includes

Related to #1242 and #1785.

remove unnecessary plugin/core include path

remove unnecessary intermediate files when generating gml parser

Closes #1806.

remove now-unnecessary ad hoc replacement of gml parser prefix

Related to #1806.

use api.prefix to set gml parser's prefix

Related to #1806.

explicitly set the output of the gml parser rule

This has no effect for now, but will once we set an api.prefix. Related to
#1806.

drop compatibility with Yacc, Bison < 3 in gml parser

Other parsers in the tree, e.g. lib/cgraph/grammar.y, already require Bison 3+,
so this does not change build requirements. Related to #1806.

suppress Bison warnings from using non-Yacc compatible extensions in gml parser

Related to #1806.

replace ad hoc name mangling in gml scanner with Flex's option prefix

This drops compatibility with Lex, but other scanners in the tree, e.g.
lib/cgraph/scan.l already require Flex, so this does not change build
requirements. Related to #1806.

remove legacy CMake replacement script

This should have been removed in 5e78a26f6820b8bf85038f269583ee879022fa3e.
Related to #1806.

Merge branch 'fix_ps2pdf' into 'master'

Fix failure to create .pdf files with autotools

Closes #1763

See merge request graphviz/graphviz!1577

Do not fail if ps2pdf is present and the .pdf files exist

If ps2pdf is not present on the system, the build
fails even if the .pdf files exist. The reason is that the .ps
files are created on the fly, and they are more recent than the
distributed .pdf. Makefile then runs "false <something>", which
obviously fails.

Setting PS2PDF to "true" is not a solution because we do not
want to ignore when the .pdf files are really absent.

This patch makes running $(PS2PDF) conditional, but still
imposes the .pdf files to be generated when running "make dist".

Merge branch 'a51bdabc-bd7b-4dd0-8515-8970f03c1432' into 'master'

implement string mapping of expr parser's token table using Bison feature

See merge request graphviz/graphviz!1576

implement string mapping of expr parser's token table using Bison feature

This removes some juggling to construct a string table of the tokens in the
expr parser, to replace it with native Bison functionality. Loosely related to
#1806.

Merge branch '5dfecf35-b8fc-4094-be39-b6b81dab61bd' into 'master'

fix some Coverity warnings

See merge request graphviz/graphviz!1574

remove undefined behavior in VPSC Constraint output

The address of a reference parameter can never be NULL. A reference parameter
is, definitionally, non-NULL. So taking the address of a reference parameter and
comparing it against NULL is always false. None of the call sites of this
operator passed in NULL, so this change is a no-op from a user perspective, but
it guards against future misuse.

This addresses the following Coverity warning:

  Error: COMPILER_WARNING: [#def230]
  graphviz-2.40.1/lib/vpsc/constraint.cpp: scope_hint: In function 'std::ostream& operator<<(std::ostream&, const Constraint&)'
  graphviz-2.40.1/lib/vpsc/constraint.cpp:46:7: warning: the compiler can assume that the address of 'c' will never be NULL [-Waddress]
  #  if(&c==NULL) {
  #       ^
  #   44|   std::ostream& operator <<(std::ostream &os, const Constraint &c)
  #   45|   {
  #   46|->   if(&c==NULL) {
  #   47|       os<<"NULL";
  #   48|     } else {

Related to #1464.

fix resource leakage in unflatten

This addresses the following Coverity warning:

  Error: RESOURCE_LEAK (CWE-772): [#def70]
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/unflatten.c:195: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "openFile".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/unflatten.c:160:5: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "fopen".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/unflatten.c:160:5: var_assign: Assigning: "fp" = "fopen(name, mode)".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/unflatten.c:170:5: return_alloc: Returning allocated memory "fp".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/unflatten.c:195: var_assign: Assigning: "outFile" = storage returned from "openFile(optarg, "w")".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/unflatten.c:195: overwrite_var: Overwriting "outFile" in "outFile = openFile(optarg, "w")" leaks the storage that "outFile" points to.
  #  193|         break;
  #  194|     case 'o':
  #  195|->       outFile = openFile(optarg, "w");
  #  196|         break;
  #  197|     case '?':

Related to #1464.

fix rersource leakage in sccmap

This addresses the following Coverity warning:

Error: RESOURCE_LEAK (CWE-772): [#def69]
graphviz-2.40.1/cmd/tools/sccmap.c:356: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "openFile".
graphviz-2.40.1/cmd/tools/sccmap.c:313:5: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "fopen".
graphviz-2.40.1/cmd/tools/sccmap.c:313:5: var_assign: Assigning: "fp" = "fopen(name, mode)".
graphviz-2.40.1/cmd/tools/sccmap.c:323:5: return_alloc: Returning allocated memory "fp".
graphviz-2.40.1/cmd/tools/sccmap.c:356: var_assign: Assigning: "outfp" = storage returned from "openFile(optarg, "w")".
graphviz-2.40.1/cmd/tools/sccmap.c:356: overwrite_var: Overwriting "outfp" in "outfp = openFile(optarg, "w")" leaks the storage that "outfp" points to.

Related to #1464.

fix resource leakage in gvpack

This addresses the following Coverity warning:

  Error: RESOURCE_LEAK (CWE-772): [#def60]
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gvpack.c:239: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "openFile".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gvpack.c:124:5: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "fopen".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gvpack.c:124:5: var_assign: Assigning: "fp" = "fopen(name, mode)".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gvpack.c:134:5: return_alloc: Returning allocated memory "fp".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gvpack.c:239: var_assign: Assigning: "outfp" = storage returned from "openFile(optarg, "w")".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gvpack.c:239: overwrite_var: Overwriting "outfp" in "outfp = openFile(optarg, "w")" leaks the storage that "outfp" points to.
  #  237|         break;
  #  238|     case 'o':
  #  239|->       outfp = openFile(optarg, "w");
  #  240|         break;
  #  241|     case 'u':

Related to #1464.

fix resource leakage in gv2gml

This addresses the following Coverity warning:

  Error: RESOURCE_LEAK (CWE-772): [#def57]
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gv2gml.c:713: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "openFile".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gv2gml.c:666:5: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "fopen".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gv2gml.c:666:5: var_assign: Assigning: "fp" = "fopen(name, mode)".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gv2gml.c:677:5: return_alloc: Returning allocated memory "fp".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gv2gml.c:713: var_assign: Assigning: "outFile" = storage returned from "openFile(optarg, "w")".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gv2gml.c:713: overwrite_var: Overwriting "outFile" in "outFile = openFile(optarg, "w")" leaks the storage that "outFile" points to.
  #  711|     switch (c) {
  #  712|     case 'o':
  #  713|->       outFile = openFile(optarg, "w");
  #  714|         break;
  #  715|     case ':':

Related to #1464.

fix resource leakage in graphml2gv

This addresses the following Coverity warning:

  Error: RESOURCE_LEAK (CWE-772): [#def56]
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/graphml2gv.c:729: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "openFile".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/graphml2gv.c:676:5: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "fopen".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/graphml2gv.c:676:5: var_assign: Assigning: "fp" = "fopen(name, mode)".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/graphml2gv.c:687:5: return_alloc: Returning allocated memory "fp".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/graphml2gv.c:729: var_assign: Assigning: "outFile" = storage returned from "openFile(optarg, "w")".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/graphml2gv.c:729: overwrite_var: Overwriting "outFile" in "outFile = openFile(optarg, "w")" leaks the storage that "outFile" points to.
  #  727|         break;
  #  728|     case 'o':
  #  729|->       outFile = openFile(optarg, "w");
  #  730|         break;
  #  731|     case ':':

Related to #1464.

fix resource leakage in gml2gv

This addresses the following Coverity warning:

  Error: RESOURCE_LEAK (CWE-772): [#def51]
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gml2gv.c:123: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "openFile".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gml2gv.c:68:5: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "fopen".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gml2gv.c:68:5: var_assign: Assigning: "fp" = "fopen(name, mode)".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gml2gv.c:79:5: return_alloc: Returning allocated memory "fp".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gml2gv.c:123: var_assign: Assigning: "outFile" = storage returned from "openFile(optarg, "w")".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/gml2gv.c:123: overwrite_var: Overwriting "outFile" in "outFile = openFile(optarg, "w")" leaks the storage that "outFile" points to.
  #  121|         break;
  #  122|     case 'o':
  #  123|->       outFile = openFile(optarg, "w");
  #  124|         break;
  #  125|     case ':':

Related to #1464.

fix resource leakage in cvtgxl

This addresses the following Coverity warning:

  Error: RESOURCE_LEAK (CWE-772): [#def50]
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/cvtgxl.c:153: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "openFile".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/cvtgxl.c:65:5: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "fopen".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/cvtgxl.c:65:5: var_assign: Assigning: "fp" = "fopen(name, mode)".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/cvtgxl.c:76:5: return_alloc: Returning allocated memory "fp".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/cvtgxl.c:153: var_assign: Assigning: "outFile" = storage returned from "openFile(optarg, "w")".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/cvtgxl.c:153: overwrite_var: Overwriting "outFile" in "outFile = openFile(optarg, "w")" leaks the storage that "outFile" points to.
  #  151|         break;
  #  152|     case 'o':
  #  153|->       outFile = openFile(optarg, "w");
  #  154|         break;
  #  155|     case ':':

Related to #1464.

fix resource leakage in acyclic

This addresses the following Coverity warning:

  Error: RESOURCE_LEAK (CWE-772): [#def47]
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/acyclic.c:151: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "openFile".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/acyclic.c:129:5: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "fopen".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/acyclic.c:129:5: var_assign: Assigning: "fp" = "fopen(name, mode)".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/acyclic.c:139:5: return_alloc: Returning allocated memory "fp".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/acyclic.c:151: var_assign: Assigning: "outFile" = storage returned from "openFile(optarg, "w")".
  graphviz-2.40.1/cmd/tools/acyclic.c:151: overwrite_var: Overwriting "outFile" in "outFile = openFile(optarg, "w")" leaks the storage that "outFile" points to.
  #  149|     switch (c) {
  #  150|     case 'o':
  #  151|->       outFile = openFile(optarg, "w");
  #  152|         break;
  #  153|     case 'n':

Related to #1464.

fix file handle leakage

This addresses the following Coverity warnings:

  Error: RESOURCE_LEAK (CWE-772): [#def30]
  graphviz-2.40.1/cmd/lefty/lefty.c:469: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "fopen".
  graphviz-2.40.1/cmd/lefty/lefty.c:469: var_assign: Assigning: "fp" = storage returned from "fopen(argv[0], "r")".
  graphviz-2.40.1/cmd/lefty/lefty.c:464: overwrite_var: Overwriting "fp" in "fp = stdin" leaks the storage that "fp" points to.
  #  462|               usage(0);
  #  463|           else if (strcmp (argv[0], "-") == 0)
  #  464|->             fp = stdin;
  #  465|           else if (argv[0][0] == '-') {
  #  466|               fprintf (stderr, "option %s unrecognized - ignored\n", argv[0]);

  Error: RESOURCE_LEAK (CWE-772): [#def31]
  graphviz-2.40.1/cmd/lefty/lefty.c:469: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "fopen".
  graphviz-2.40.1/cmd/lefty/lefty.c:469: var_assign: Assigning: "fp" = storage returned from "fopen(argv[0], "r")".
  graphviz-2.40.1/cmd/lefty/lefty.c:469: overwrite_var: Overwriting "fp" in "fp = fopen(argv[0], "r")" leaks the storage that "fp" points to.
  #  467|           }
  #  468|           else {
  #  469|->             if ((fp = fopen (argv[0], "r")) == NULL) {
  #  470|                   fprintf (stderr, "cannot open input file: %s\n", argv[0]);
  #  471|                   exit(2);

Related to #1464.

fix resource leak in country_graph_coloring_internal

This addresses the following Coverity warnings:

  Error: CPPCHECK_WARNING (CWE-404): [#def16]
  graphviz-2.40.1/cmd/gvmap/country_graph_coloring.c:275: error[resourceLeak]: Resource leak: fp
  #  273|       }
  #  274|     }
  #  275|-> }
  #  276|
  #  277|   void country_graph_coloring_internal(int seed, SparseMatrix A, int **p, real *norm_1, int do_swapping){

  Error: RESOURCE_LEAK (CWE-772): [#def17]
  graphviz-2.40.1/cmd/gvmap/country_graph_coloring.c:237: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "fopen".
  graphviz-2.40.1/cmd/gvmap/country_graph_coloring.c:237: var_assign: Assigning: "fp" = storage returned from "fopen("timing_greedy", "w")".
  graphviz-2.40.1/cmd/gvmap/country_graph_coloring.c:272: noescape: Resource "fp" is not freed or pointed-to in "fprintf". [Note: The source code implementation of the function has been overridden by a builtin model.]
  graphviz-2.40.1/cmd/gvmap/country_graph_coloring.c:275: leaked_storage: Variable "fp" going out of scope leaks the storage it points to.
  #  273|       }
  #  274|     }
  #  275|-> }
  #  276|
  #  277|   void country_graph_coloring_internal(int seed, SparseMatrix A, int **p, real *norm_1, int do_swapping){

Related to #1464.

fix resource leak in edgepaint

This addresses the following Coverity warning:

  Error: RESOURCE_LEAK (CWE-772): [#def15]
  graphviz-2.40.1/cmd/edgepaint/edgepaintmain.c:190: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "openFile".
  graphviz-2.40.1/cmd/edgepaint/edgepaintmain.c:59:2: alloc_fn: Storage is returned from allocation function "fopen".
  graphviz-2.40.1/cmd/edgepaint/edgepaintmain.c:59:2: var_assign: Assigning: "fp" = "fopen(name, mode)".
  graphviz-2.40.1/cmd/edgepaint/edgepaintmain.c:69:2: return_alloc: Returning allocated memory "fp".
  graphviz-2.40.1/cmd/edgepaint/edgepaintmain.c:190: var_assign: Assigning: "outfile" = storage returned from "openFile(optarg, "w", CmdName)".
  graphviz-2.40.1/cmd/edgepaint/edgepaintmain.c:190: overwrite_var: Overwriting "outfile" in "outfile = openFile(optarg, "w", CmdName)" leaks the storage that "outfile" points to.
  #  188|         break;
  #  189|       case 'o':
  #  190|->       outfile = openFile(optarg, "w", CmdName);
  #  191|         break;
  #  192|       default:

Related to #1464.

Merge branch 'replace-rtest.sh-with-rtest.py-for-remaining-automake-targets' into 'master'

Replace rtest.sh with rtest.py for remaining automake targets

See merge request graphviz/graphviz!1579

Merge branch '0dbb043b-0565-4f23-9519-265abd027a1d' into 'master'

fix: track source line number accurately across newlines in quoted strings

Closes #1411

See merge request graphviz/graphviz!1573

fix: track source line number accurately across newlines in quoted strings

The regex for matching arbitrary content within a quoted string (qstring) was
too broad, matching also newlines. Due to the way Flex preferences regex matches
this prevented the literal newline rule from matching at all within a quoted
string. As a result error messages would reference incorrect line numbers.
Closes #1411.

Merge branch '257ce4d0-80d4-4b53-8df9-25677f79cf65' into 'master'

remove compile time configuration via iffe

Closes #1521 and #1422

See merge request graphviz/graphviz!1572

remove iffe interpreter that is no longer used

remove cdt reference to iffe

Cdt does not use the iffe interpreter.

remove static copy of sfio feature header for Windows

Related to #1422 and #1521.

remove sfio feature input that is no longer used

Related to #1422 and #1521.

remove autotools build steps for generating sfio feature header

This header is no longer used. Closes #1422 and #1521.

remove sfio #include of feature header

No sfio code relies on the macros supplied by this dynamically generated header
any more. Related to #1422 and #1521.

remove unused sftmp()

remove unused sfpopen()

remove dependence on _stream_peek and _socket_peek macros

Related to #1422 an #1521.

remove disabled poll() code

The macro _lib_poll was undefined on all platforms that have select.h, which is
everything except Windows. Poll does not exist on Windows, so it was also
disabled there. Related to #1422 and #1521.

remove unused sfstrrsrv macro

remove unused _proto_open declaration

No C++ code #includes this file. Related to #1422 and #1521.

remove block size optimization in sfio

Related to #1422 and #1521.

remove use of _more_long_int and _more_void_int

These macros are created by the iffe interpreter, but we do not need to perform
this kind of compile time testing. Modern compilers are clever enough to
optimize sizeof comparisons. This change uses intptr_t and uintptr_t which are
technically not available until C99, but they are used elsewhere in the codebase
already. Related to #1422 and #1521.

Merge branch '82267661-345e-483f-9d13-ce254b31694d' into 'master'

printf interface to agxbuf

See merge request graphviz/graphviz!1551

simplify scanEntity with agxbprint

simplify some agxbuf calls in gv_get_font

simplify get_avail_faces with agxbprint

simplify xdot_textspan with agxbprint

simplify xdot_begin_anchor with agxbprint

simplify xdot_style with agxbprint

simplify xdot_points with agxbprint

simplify xdot_str_xbuf with agxbprint

simplify gvplugin_list with agxbprint