[trunk] Another final round of fixes for sign conversion warnings.
Fixes issue 256

[trunk] Another round of fixes for sign conversion warnings.
Update issue 256

[trunk] Another round of fixes for sign conversion warnings.
Update issue 256

[trunk] Another round of fixes for sign conversion warnings.
Update issue 256

[trunk] Remove old warnings about deprecated API

[trunk] Remove a set of warning about sign conversion
Update issue 266

[trunk] Remove warning about sign conversion in color.c
Update issue 256

[trunk] Run richter test suite, correct a regression introduced in r2668

[trunk] Tweak JP2 conformance test suite add documentation

[trunk] Properly handle number of components to run kakadu test suite.
Update issue 266

[trunk] Fix simple sign conversion warnings only visible on 32bits arch

[trunk] Handle multi components files with PGM outputs

[trunk] Properly handle PGM file generation when fullpath is specified in the cmd line
This will break a very old behavior (since 2005), but avoid writing in un-expected places for users
This also make the behavior similar with PGX file generation

[trunk] Fix inversion in code convention

[trunk] Fix typo in the code

[trunk] rework actual code to handle DOS/UNIX end of lines in a transparent manner.
This will help cross compilation cases

[trunk] First pass to cleanup compare_dump_files

[trunk] Fix compilation when TIFF lib is neither found nor compiled

[trunk] Make sure to always initialize variable

[trunk] Fix warnings about shadow variables

[trunk] remove a warning when using strict prototype

[trunk] Remove 2 warnings about set but not used variables

[trunk] Upon failure, need to return proper return code

[trunk] Add new test suite that run on kakadu conformance images

[trunk] Cleanup commit. Rename compare family since comparePGX now support TIFF.
Rename compareRAWimage for clarity since it merely compare files (not images).

[trunk] Use C-style comments

[trunk] Rework the code to simplify cleanup code

[trunk] Also override the default error handler for TIFF files

[trunk] Another round of fixes for sign conversion warnings.
Update issue 256

[trunk] Another round of fixes for sign conversion warnings.
Update issue 256

[trunk] Rework r2597, make sure test suite is passing now.
Update issue 256

[trunk] Another round of fixes for sign conversion warnings.
Update issue 256

[trunk] Another round of fixes for sign conversion warnings.
Update issue 256

[trunk] Another round of fixes for sign conversion warnings.
Update issue 256

[trunk] Another round of fixes for sign conversion warnings.
Update issue 256

[trunk] Another round of fixes for sign conversion warnings.
Update issue 256

[trunk] Redo r2623, and remove guilty section
Update issue 256

[trunk] Revert r2623 for now

[trunk] Another round of fixes for sign conversion warnings.
Update issue 256

[trunk] Another round of fixes for sign conversion warnings.
Update issue 256

[trunk] Another round of fixes for sign conversion warnings.
Update issue 256

[trunk] Another round of fixes for sign conversion warnings.
Update issue 256

[trunk] Another round of fixes for sign conversion warnings.
Update issue 256

[trunk] Another round of fixes for sign conversion warnings.
Update issue 256

[trunk] Another round of fixes for sign conversion warnings.
Update issue 256

[trunk] As reported by clang analyzer thoses values were never read

[trunk] Remove mem leak and warning reported by clang

[trunk] Remove simple warnings about format

[trunk] Remove simple warning about functions not used

[trunk] Another round of fixes for sign conversion warnings.
Update issue 256

[trunk] Another round of fixes for sign conversion warnings.
Update issue 256

[trunk] Fix simple warning about sign conversion
Update issue 256

[trunk] Another of fixes for warning about sign conversion
Update issue 256

[trunk] Fix warning about sign conversion
Update issue 256

[trunk] un-deprecated opj_stream_destroy API, import patch manually
In some case user still want to be able to call opj_stream_destroy.
Fixes issue 227

[trunk] Update memory management mecanism
Fixes issue 253

[trunk] Remove self-assignement.
Fixes issue 273

[trunk] Fix compilation in visual studio, inline cannot be used directly.
Fixes issue 272

[trunk] Remove warning about implicitly defined function

[trunk] Remove TIFF warning handler. This help test suite run smoothly on windows by removing the message box.
Fixes issue 276

[trunk] Fix mem leaks reported by cppcheck

[trunk] Simplify code and remove bogus out of bound check

[trunk] Revert r2597 for now, since it breaks a lot of tests

[trunk] Remove warning about sign conversion.
Update issue 256

[trunk] Remove some easy warnings

[trunk] Remove warning about sign conversion.
Update issue 256

[trunk] Remove warning about sign conversion.
Update issue 256

[trunk] Remove warning about sign conversion.
Update issue 256

[trunk] Remove warning about sign conversion.
Update issue 256

[trunk] Remove warning about sign conversion.
Update issue 256

[trunk] Remove some easy warnings about sign compare reported by gcc

[trunk] Remove out of bound access in code and simplify code. this is a test tool, security is not an issue here.

[trunk] Remove simple warning about unused variables

[trunk] Make sure that all output files from the test suite are using a different output name
Fixes issue 271

[trunk] Handle cmap where direct use is specified (issue235_cmapsubbox.jp2)
I doubt the old code ever work. The new code copy the old codestream bytes into the new components (instead of copying the pointer).
Technically the issue235.jp2 file should be handled since I.5.3.5 specifies that:
...
If the JP2 Header box does not contain a Component Mapping box, the components shall be mapped directly to channels,
such that component i is mapped to channel i.
...
Update issue 235

[trunk] Make sure to reject images such as 1336.pdf.asan.47.376.jp2
Fixes issue 267

[trunk] remove more conversion warning in multi-lines macro.
C allow simple tricks such as to find those:
gcc -E tcd.c | sed '/^\#/d' | indent -st -i2 > clean.c
Update issue 256

[trunk] Remove some conversion warnings reported by gcc
Update issue 256

[trunk] Remove another warning. ftell returns long int
Update issue 256

[trunk] Remove more conversion warnings.
Update issue 256

[trunk] Remove warning about conversion.
Update issue 256

[trunk] Add a TIFF compare function (PEAK/MSE)
Fixes issue 100

[trunk] Revert portion of r2562, need to investigate issue.
Update issue 269

[trunk] Remove remaining conversion issues in mqc.c

[trunk] Remove remainings conversion issues in t2.c + clock.c

[trunk] Remove a simple warning about int -> float conversion

[trunk] rework code to avoid a warning. this also remove a division and prefer bit-shift

[trunk] Remove some more warnings about conversion

[trunk] Prefer compile time constant to avoid conversion double -> int

[trunk] Review warning about types conversion, and add cast when needed

[trunk] Remove some simple warnings about conversion

[trunk] fgets takes an int as parameter

[trunk] Remove warning about cast double -> int. Instead use bit-shifting (compile time computation)

[trunk] Remove easy to fix warnings about conversion

[trunk] Import left over from patch submitted as issue 225 (comment #14)
Update issue 225

[trunk] remove some simple warnings about unused params

[trunk] remove all api with invalid FILE* parameters which could leads to issues when applications are compiled with different flags from openjpeg.
Fixes issue 198

[trunk] Explicitely trigger issue 229, there may be an impact in code execution. The assert may get removed afterward
Update issue 229

[trunk] Remove simple warnings

[trunk] Remove 3635.pdf.asan.77.2930.jp2 from opj_dump tests
Update issue 250