Merge pull request #1208 from ErwinJanssen/update-test-reference

Update test reference files after indent change

Update test reference files after indent change

The recent change in the indentation of the dot output, caused tests
regarding gv and xdot output to fail. A minor difference in indentation
was the cause (a single space), but the indentation is now better aligned.
We update the rest reference files to reflect this update.

Fix issue #1207 - if an edge key is written as part of printing all attributes, it must increase the tab level.

Merge branch 'master' of https://github.com/ellson/graphviz

Update documentation to handle included json

Merge pull request #1201 from ErwinJanssen/cmake

Beginning of CMake build

Merge pull request #1200 from ErwinJanssen/add-awk-to-windows

Add awk to Windows

Different section seperation in main CMakeLists

With this new header, the section seperation is more clear.

Use awk to generate ps.h on Windows

Instead of using the pregenerated ps.h in windows/include, we use awk to
generate this file instead.

Use awk to generate colortbl.h on Windows

Instead of using the pregenerated colortbl.h in windows/include, we now
include awk in windows/dependencies/graphviz-build-utilities and use this
to generate colortbl.h

Added missing headers to windows libraries

Two headers were missing from, and now added to
windows/dependencies/libraries: gd_io.h and gdfx.h

Add lib/neatogen to CMake build

The static library 'neatogen' has no dependencies, but the `with_digcola`
option had to be added, for this is also done in the Autotools build.

Decapitalize CMake option variables

The options that can be passed to configure the CMake build, are now in
lower case, similar to the Autotools build.

Add lib/sfdpgen to CMake build

The static library 'sfdpgen' has no dependencies, but the `WITH_SFDP`
option had to be added, for this is also done in the Autotools build.
If WITH_SFDP is set, the define SFDP is also added (also added this for
ORTHO, this was missing).

Add lib/vpsc to CMake build

The static library 'vpsc' has no dependencies, but the `WITH_IPSEPCOLA`
option had to be added, for this is also done in the Autotools build. This
library is disabled by default due to C++ portability issues.

Add lib/ortho to CMake build

The static library 'ortho' has no dependencies, but the `WITH_ORTHO`
option had to be added, for this is also done in the Autotools build.

Add lib/rbtree to CMake build

The static library 'rbtree' has no dependencies and required no
additional checks.

Add lib/osage to CMake build

The static library 'osage' has no dependencies and required no
additional checks.

Add lib/sparse to CMake build

The static library 'sparse' has no dependencies and required no
additional checks.

Add lib/spine to CMake build

The static library 'spine' has no dependencies and required no
additional checks.

Add lib/ingraphs to CMake build

The static library 'ingraphs' has no dependencies and required no
additional checks.

Add lib/pack to CMake build

The static library pack has no dependencies and required no
additional checks.

Add lib/xdot to CMake build

The dynamic library xdot has no dependencies and required no
additional checks.

Add lib/vmalloc to CMake build

The static library vmalloc has no dependencies. Various additional
header, function and type checks have been added.

Add lib/label to CMake build

The static library label has no dependencies and required no
additional checks.

Add lib/fdpgen to CMake build

The static library fdpgen has no dependencies. Two additional function
checks have been added: drand48 and srand48.

Replace "." with "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}"

When specifying the current source directory as an include directory, both
"." and "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}" mean the same, but the latter is
more descriptive.

Add lib/dotgen to CMake build

The static library dotgen has no dependencies and required no
additional checks.

Add Graphviz version define to config-cmake.h.in

This adds the `PACKAGE_VERSION` define, which is used in various parts to
print the version number.

Add lib/circogen to CMake build

The static library circogen has no dependencies and required no
additional checks.

Add lib/twopigen to CMake build

The static library twopigen has no dependencies and required no
additional checks.

Add lib/patchwork to CMake build

The static library patchwork has no dependencies and required no
additional checks.

Add lib/pathplan to the CMake build

Only a one additional checks were required for pathplan: cbrt function

Modify files generated by Bison and Flex, to match the Autotools build.

- Replace "yy" with "aag" in all three files
- Replace "unsigned long int" with "uint64_t" in grammar.h and grammar.c
- Replace "unsigned long" with "uint64_t" in grammar.h and grammar.c
- Remove declaration of the "isatty()" function from scan.c

Restructure root CMakeLists.txt

Improve clairity of the file. Also bumps the version number to 2.41.

Add lib/cgraph to the CMake build

Before lib/cgraph can be build, a few checks have to be done for available
headers and functions. This is done in the main CMakeLists.txt.
The generate the required files with BISON and FLEX, the build-in CMake
modules for BISON and FLEX can be used.

Add (so)version specification to cdt CMake build

The `set_target_properties` function can be used to set the version and
soversion properties. The versions are set to the current Autotools
version numbers.

Add 'uninstall' target to CMake build

When CMake performs the 'install' step, it keeps track of the installed
files by listing them in the `install_manifest.txt` file. The 'uninstall'
step reverses the installation by removing the files listed in the
manifest. This solution is taken directly from the CMake FAQ:
https://cmake.org/Wiki/CMake_FAQ#Can_I_do_.22make_uninstall.22_with_CMake.3://cmake.org/Wiki/CMake_FAQ#Can_I_do_.22make_uninstall.22_with_CMake.3F

Add install target and initial packaging to CMake

The installation locations are identical to the Autotools install step,
but the pdf version of the manpages aren't generated yet.
With CPack, packages can be generated based on the `install` commands. For
now only the basic ZIP package generator is added.
Added the new CMake commands to the Travis and Appveyor scripts.

CMake: add BISON and FLEX as build dependencies

BISON and FLEX are required to build some of the core parts of Graphviz.

CMake: Add Graphviz version information

Adds version numbers to the main CMakeLists.txt. The build version is set
to the date and time of the most recent commit, similar to the Autotools
build.

Add CMake build to Travis

- Add CMake installation to Centos 7 dockerfile
- New build script for CMake
- Add `BUILD_SYSTEM` variable to Travis: perform Autotools and CMake build, both on native Travis and Docker.

Add the CMake build to Appveyor CI

Renamed the `compiler` in appveyor.yml variable to `build_system`.
The CMake build will run for both configurations: Debug and Release.

Initial minimal CMake project

A CMake project consists of CMakeLists.txt files. The primary file in the
root of the project specifies global project information and
configuration. CMakeLists.txt files in subdirectories can contain
configuration for how to build to binaries.

This configuration minimal configuration only builds lib/cdt as a shared
(dynamic) library. CMake supports out of source builds, which is the
recommended way of building:

mkdir build
cd build
cmake ..
cmake --build .

The `cmake ..` generates the build files. On Unix based systems, it
gerenates makefiles, on Windows it generates Visual Studio projects. The
used generated can be specified with -G.

Merge pull request #1197 from ErwinJanssen/various-changes

Various changes

Use prebuild libgd from windows deps submodule

Instead of building libgd manually before Graphviz can be build, we
included a prebuild version of libgd in the graphviz windows dependencies
submodule. The doc/winbuild.html is updated to reflect this.

Merge Windows dependencies into one submodule

Instead of using a submodule for every Windows dependency with a lot of
extra files, we now use a single submodule that only contains those files
that are required. This means fewer submodules and shorter download time
(because of the reduction in size and number of files).
Also removed some unused links in Smyrna.

Update Freetype download link in appveyor.yml

Replace checks for `WIN32` with `_WIN32`

The preprocesser macro `WIN32` is defined by the user, while `_WIN32` is
defined by the compiler. To improve consistantcy, and prevent errors
caused by forgetting to define `WIN32` somewhere, it is better to use
`_WIN32` to check for Windows.

Remove checks standard C funcs from features/sfio

Some functions are part of the C standard, so the checks in
features/sfio are not required and can be removed.

Move headers checks features/sfio to configure.ac

Some headers required new checks, for some headers, checks were already
present in configure.ac

Remove mmap code from sfio

There are multiple reasons to remove this code:
- The define that guards all the mmap code (_mmap_worthy) is rarely set.
  When building local or on Travis, the define isn't set.
  On Windows, it is never set.
- If a 'binary compatibility package' of sfio is build (when _SFBINARY_H
  is defined), `_sys_mann` is `undef`ed, excluding mmap code from the build.

Instead of keeping the code that is rarely included, we can reduce code
complexity by removing it.

Assume default memchr and memcpy are fast enough

`features/sfio` contains some test that check if the default memchr and
memcpy are "fast enough". These days we can safely assume that this is the
case, also because this define is always enabled when running the tests.

Remove checks bcopy and bzero from features/sfio

The code contains several checks regarding these functions, but they are
never actually used in lib/sfio. It is therefore not needed to test their
availability.

Remove disabled vt_threaded code from lib/sfio

The threaded part of sfio and vthread is disabled for Graphviz by setting
various defines. This commit removes the disabled code entirely, to make
it more clear which code is actually part of the compilation.

Remove checks memset and memcpy from features/sfio

Both are functions are part of the C standard and therefore always
present. Checking is therefore not needed.

Remove three unused checks from features/sfio

The result of the following checks is never used, so they can be removed:
- qfrexp
- qldexp
- memalign

Remove usage of _ast_int and _ast_flt defines

The definition of these defines was removed in a previous commit
(2ee0993a22db6faa8506ac1c69164a5120dbd76c) but the usage was still
present. This is corrected by removing the usage as well.

Remove definition and usage of _hdr_math in sfio

The header <math.h> is not required to build lib/sfio, so the check and
the usage can be removed.

Fix incorrect assignment in gvCloneGVC function

The function `gvCloneGVC` creates a new `GVC_t` object and copies the values
from gvc0 to gvc. In the last assignment, gvc->packages is given the value
of itself: gvc->pckages. This should be gvc0 instead.

Fixed use of unitialized variable in lefty

In the file cmd/lefty/ws/x11/gquery.c, function Gqwpopaction:
THe char c is declared without initializer, giving it a unpredictable
value. If the next if statement takes the false branch, the function where
c is set is not executed. The next if statement then checks `c != 13`, but
because C could have any value, the behavior is unpredictable.
Initializing c with a known value, such as 0, fixes the problem.

Replace Windows' pragma linking with VS linking

In various places, mostly the projects in `cmd` and `plugin`, had a
`#pragma comment( lib, "libname.lib" )` in the source code for linking
under Windows. Were possible, these have been removed and replaced link
specifications in the Visual Studio project files.
This seperates the linking from the source code and makes transitioning to
other build systems easier.

Made vmalloc a static library on Windows

vmalloc is a static library with the Autotools build, but was for some
reason a dynamic library on Windows. Since Autotools is considered the
default, this commit makes vmalloc a static library on Windows as well.
To disable the function export that is required for a dynamic library,
but not for a static one, various define checks were removed.

Fix github issue #919; general cleanup.

Merge pull request #1195 from ErwinJanssen/various-changes

Various changes

Remove usage of features/vmalloc

The only check left in features/vmalloc, checks if the return type of
malloc is the old `char *`. Because we are using standard C, we can
always assume the returntype of malloc is `void *`, this define is
there never set. We can remove this check and with it the usage of
features/vmalloc and FEATURE/vmalloc.

Move checks from features/vmalloc to configure.ac

Instead of checking certain headers and functions in a seperate config
script, place these checks in configure.ac and use HAVE_* style defines.
Some checks were already present in configure.ac, the others have been
added. No addtional defines in windows/config.h were needed.
There is only one check remaining in features/vmalloc.

Remove unused checks from features/vmalloc

These checks set defines if they succeed, but these defines are never used.
The checks can therefore be removed.

Remove declaration enqueue_neighbors from render.h

The function `enqueue_neighbors` is declared in both render.h and in
dotprocs.h, while it is only used in lib/dotgen. The double declaration
causes "inconstant dll linkage" warnings on Windows.

Made xdot a dynamic library on Windows

xdot is a dynamic library with the Autotools build, but was for some
reason a static library on Windows. Since Autotools is considered the
default, this commit makes xdot a dynamic library on Windows as well.
The added define "XDOT_API", is used for linking, so a seperate xdot.def
file is not needed. On non-Windows platforms, this define is set to
"extern", so nothing changes there.

Disable warning 4706 in Windows build of lib/cdt

Warning C4706: assignment within conditional expression
The CDT library is mostly an external library included with the Graphviz
source and modified. It throws a lot of C4706 warnings, which isn't the
warning with the highest priority. We disable it for now.

Remove cdt/dttreeset.c, not present in newest CDT

The code file dttreeset.c is not present in the most recent version of
CDT, it also isn't used by Graphviz, so it can be removed.

Remove checks for 'libgen', library not used

configure.ac contains checks for the `libgen` library and header, but the
header is never included, which means the library is never used. Checking
and linking is therefore not needed.

Use <limits.h> in favor of <values.h>

The header <values.h> is obsolete in favor of <limits.h>, which is part of
the standard C library.

Remove definition and usage of HAVE_STRERROR

This function is part of the standard C library, checking is therefore not
needed. With this change, check that sets HAVE_ERRNO_DECLS and the file
lib/ast/strerror.c can both be removed.

Remove usage and definition of HAVE_ERRNO_H

The header "errno.h" is part of the standard C library, checking is
therefore not needed.

Merge pull request #1194 from Chiel92/expose_ageqedge

Expose ageqedge in cgraph.dll.

Merge pull request #1193 from Chiel92/update-winbuild

Add newer build instructions to winbuild.html.

Merge pull request #1192 from Chiel92/master

Fix a few windows issues

Give AgraphVersion a meaningful value.

Fixed typo that broke wildcard feature in agedgeidcmpf()

Expose ageqedge in cgraph.dll.

Fix #1188.

Add newer build instructions to winbuild.html.

Add newer build instructions to winbuild.html.

Prevent git from interpreting dot files as Microsoft Word documents while diffing.

Add missing agissimple to .def file.

Fix flex build command in cgraph project in Release configuration too.

continuing 2.41 development series

stable_release_2.40.1

Don't use aptr->u.asym unless it has been set. This can cause a crash if aptr->u.asym->name is referenced.

Merge branch 'master' of https://github.com/ellson/graphviz

Null out input file name after parsing, as a user may have set the file name before calling agmemread.

maybe called libgd-dev

Merge branch 'master' of github.com:/ellson/graphviz

merging

probably need gd-dev for diffimg

Merge pull request #1189 from ErwinJanssen/various-changes

Various changes and removed ast_common.h

Remove usage of ast_common.h

Now that ast_common.h is never included anymore, the files
`ast_common.h.in`, `windows/include/ast_common.h` and all
`features/common` can be removed.

Replace remaining "ast_common.h" includes

Added a typedef for `ssize_t` to the Windows config.h, which is the
location were Autotools would define it if it isn't found.
Removed the remaining includes of "ast_common.h", instead include
"config.h" and add a check to include "sys/typesh" (were ssize_t is
located on Linux)

Remove `_dll_import` define block in ast_common.h

The define `_dll_import` is never set by any file that includes
ast_common.h, the define block is therefore never triggered. DLL linkage
is Windows is currently done with `def` files.

Remove va_* and ast_va_* defines from ast_common.h

These defines are never used, just like the varargs.h include that
was removed earlier. They can therefore be safely removed as well.