Modify files generated by Bison and Flex, to match the Autotools build.

- Replace "yy" with "aag" in all three files
- Replace "unsigned long int" with "uint64_t" in grammar.h and grammar.c
- Replace "unsigned long" with "uint64_t" in grammar.h and grammar.c
- Remove declaration of the "isatty()" function from scan.c

Restructure root CMakeLists.txt

Improve clairity of the file. Also bumps the version number to 2.41.

Add lib/cgraph to the CMake build

Before lib/cgraph can be build, a few checks have to be done for available
headers and functions. This is done in the main CMakeLists.txt.
The generate the required files with BISON and FLEX, the build-in CMake
modules for BISON and FLEX can be used.

Add (so)version specification to cdt CMake build

The `set_target_properties` function can be used to set the version and
soversion properties. The versions are set to the current Autotools
version numbers.

Add 'uninstall' target to CMake build

When CMake performs the 'install' step, it keeps track of the installed
files by listing them in the `install_manifest.txt` file. The 'uninstall'
step reverses the installation by removing the files listed in the
manifest. This solution is taken directly from the CMake FAQ:
https://cmake.org/Wiki/CMake_FAQ#Can_I_do_.22make_uninstall.22_with_CMake.3://cmake.org/Wiki/CMake_FAQ#Can_I_do_.22make_uninstall.22_with_CMake.3F

Add install target and initial packaging to CMake

The installation locations are identical to the Autotools install step,
but the pdf version of the manpages aren't generated yet.
With CPack, packages can be generated based on the `install` commands. For
now only the basic ZIP package generator is added.
Added the new CMake commands to the Travis and Appveyor scripts.

CMake: add BISON and FLEX as build dependencies

BISON and FLEX are required to build some of the core parts of Graphviz.

CMake: Add Graphviz version information

Adds version numbers to the main CMakeLists.txt. The build version is set
to the date and time of the most recent commit, similar to the Autotools
build.

Add CMake build to Travis

- Add CMake installation to Centos 7 dockerfile
- New build script for CMake
- Add `BUILD_SYSTEM` variable to Travis: perform Autotools and CMake build, both on native Travis and Docker.

Add the CMake build to Appveyor CI

Renamed the `compiler` in appveyor.yml variable to `build_system`.
The CMake build will run for both configurations: Debug and Release.

Initial minimal CMake project

A CMake project consists of CMakeLists.txt files. The primary file in the
root of the project specifies global project information and
configuration. CMakeLists.txt files in subdirectories can contain
configuration for how to build to binaries.

This configuration minimal configuration only builds lib/cdt as a shared
(dynamic) library. CMake supports out of source builds, which is the
recommended way of building:

mkdir build
cd build
cmake ..
cmake --build .

The `cmake ..` generates the build files. On Unix based systems, it
gerenates makefiles, on Windows it generates Visual Studio projects. The
used generated can be specified with -G.

Merge pull request #1197 from ErwinJanssen/various-changes

Various changes

Use prebuild libgd from windows deps submodule

Instead of building libgd manually before Graphviz can be build, we
included a prebuild version of libgd in the graphviz windows dependencies
submodule. The doc/winbuild.html is updated to reflect this.

Merge Windows dependencies into one submodule

Instead of using a submodule for every Windows dependency with a lot of
extra files, we now use a single submodule that only contains those files
that are required. This means fewer submodules and shorter download time
(because of the reduction in size and number of files).
Also removed some unused links in Smyrna.

Update Freetype download link in appveyor.yml

Replace checks for `WIN32` with `_WIN32`

The preprocesser macro `WIN32` is defined by the user, while `_WIN32` is
defined by the compiler. To improve consistantcy, and prevent errors
caused by forgetting to define `WIN32` somewhere, it is better to use
`_WIN32` to check for Windows.

Remove checks standard C funcs from features/sfio

Some functions are part of the C standard, so the checks in
features/sfio are not required and can be removed.

Move headers checks features/sfio to configure.ac

Some headers required new checks, for some headers, checks were already
present in configure.ac

Remove mmap code from sfio

There are multiple reasons to remove this code:
- The define that guards all the mmap code (_mmap_worthy) is rarely set.
  When building local or on Travis, the define isn't set.
  On Windows, it is never set.
- If a 'binary compatibility package' of sfio is build (when _SFBINARY_H
  is defined), `_sys_mann` is `undef`ed, excluding mmap code from the build.

Instead of keeping the code that is rarely included, we can reduce code
complexity by removing it.

Assume default memchr and memcpy are fast enough

`features/sfio` contains some test that check if the default memchr and
memcpy are "fast enough". These days we can safely assume that this is the
case, also because this define is always enabled when running the tests.

Remove checks bcopy and bzero from features/sfio

The code contains several checks regarding these functions, but they are
never actually used in lib/sfio. It is therefore not needed to test their
availability.

Remove disabled vt_threaded code from lib/sfio

The threaded part of sfio and vthread is disabled for Graphviz by setting
various defines. This commit removes the disabled code entirely, to make
it more clear which code is actually part of the compilation.

Remove checks memset and memcpy from features/sfio

Both are functions are part of the C standard and therefore always
present. Checking is therefore not needed.

Remove three unused checks from features/sfio

The result of the following checks is never used, so they can be removed:
- qfrexp
- qldexp
- memalign

Remove usage of _ast_int and _ast_flt defines

The definition of these defines was removed in a previous commit
(2ee0993a22db6faa8506ac1c69164a5120dbd76c) but the usage was still
present. This is corrected by removing the usage as well.

Remove definition and usage of _hdr_math in sfio

The header <math.h> is not required to build lib/sfio, so the check and
the usage can be removed.

Fix incorrect assignment in gvCloneGVC function

The function `gvCloneGVC` creates a new `GVC_t` object and copies the values
from gvc0 to gvc. In the last assignment, gvc->packages is given the value
of itself: gvc->pckages. This should be gvc0 instead.

Fixed use of unitialized variable in lefty

In the file cmd/lefty/ws/x11/gquery.c, function Gqwpopaction:
THe char c is declared without initializer, giving it a unpredictable
value. If the next if statement takes the false branch, the function where
c is set is not executed. The next if statement then checks `c != 13`, but
because C could have any value, the behavior is unpredictable.
Initializing c with a known value, such as 0, fixes the problem.

Replace Windows' pragma linking with VS linking

In various places, mostly the projects in `cmd` and `plugin`, had a
`#pragma comment( lib, "libname.lib" )` in the source code for linking
under Windows. Were possible, these have been removed and replaced link
specifications in the Visual Studio project files.
This seperates the linking from the source code and makes transitioning to
other build systems easier.

Made vmalloc a static library on Windows

vmalloc is a static library with the Autotools build, but was for some
reason a dynamic library on Windows. Since Autotools is considered the
default, this commit makes vmalloc a static library on Windows as well.
To disable the function export that is required for a dynamic library,
but not for a static one, various define checks were removed.

Fix github issue #919; general cleanup.

Merge pull request #1195 from ErwinJanssen/various-changes

Various changes

Remove usage of features/vmalloc

The only check left in features/vmalloc, checks if the return type of
malloc is the old `char *`. Because we are using standard C, we can
always assume the returntype of malloc is `void *`, this define is
there never set. We can remove this check and with it the usage of
features/vmalloc and FEATURE/vmalloc.

Move checks from features/vmalloc to configure.ac

Instead of checking certain headers and functions in a seperate config
script, place these checks in configure.ac and use HAVE_* style defines.
Some checks were already present in configure.ac, the others have been
added. No addtional defines in windows/config.h were needed.
There is only one check remaining in features/vmalloc.

Remove unused checks from features/vmalloc

These checks set defines if they succeed, but these defines are never used.
The checks can therefore be removed.

Remove declaration enqueue_neighbors from render.h

The function `enqueue_neighbors` is declared in both render.h and in
dotprocs.h, while it is only used in lib/dotgen. The double declaration
causes "inconstant dll linkage" warnings on Windows.

Made xdot a dynamic library on Windows

xdot is a dynamic library with the Autotools build, but was for some
reason a static library on Windows. Since Autotools is considered the
default, this commit makes xdot a dynamic library on Windows as well.
The added define "XDOT_API", is used for linking, so a seperate xdot.def
file is not needed. On non-Windows platforms, this define is set to
"extern", so nothing changes there.

Disable warning 4706 in Windows build of lib/cdt

Warning C4706: assignment within conditional expression
The CDT library is mostly an external library included with the Graphviz
source and modified. It throws a lot of C4706 warnings, which isn't the
warning with the highest priority. We disable it for now.

Remove cdt/dttreeset.c, not present in newest CDT

The code file dttreeset.c is not present in the most recent version of
CDT, it also isn't used by Graphviz, so it can be removed.

Remove checks for 'libgen', library not used

configure.ac contains checks for the `libgen` library and header, but the
header is never included, which means the library is never used. Checking
and linking is therefore not needed.

Use <limits.h> in favor of <values.h>

The header <values.h> is obsolete in favor of <limits.h>, which is part of
the standard C library.

Remove definition and usage of HAVE_STRERROR

This function is part of the standard C library, checking is therefore not
needed. With this change, check that sets HAVE_ERRNO_DECLS and the file
lib/ast/strerror.c can both be removed.

Remove usage and definition of HAVE_ERRNO_H

The header "errno.h" is part of the standard C library, checking is
therefore not needed.

Merge pull request #1194 from Chiel92/expose_ageqedge

Expose ageqedge in cgraph.dll.

Merge pull request #1193 from Chiel92/update-winbuild

Add newer build instructions to winbuild.html.

Merge pull request #1192 from Chiel92/master

Fix a few windows issues

Give AgraphVersion a meaningful value.

Fixed typo that broke wildcard feature in agedgeidcmpf()

Expose ageqedge in cgraph.dll.

Fix #1188.

Add newer build instructions to winbuild.html.

Add newer build instructions to winbuild.html.

Prevent git from interpreting dot files as Microsoft Word documents while diffing.

Add missing agissimple to .def file.

Fix flex build command in cgraph project in Release configuration too.

continuing 2.41 development series

stable_release_2.40.1

Don't use aptr->u.asym unless it has been set. This can cause a crash if aptr->u.asym->name is referenced.

Merge branch 'master' of https://github.com/ellson/graphviz

Null out input file name after parsing, as a user may have set the file name before calling agmemread.

maybe called libgd-dev

Merge branch 'master' of github.com:/ellson/graphviz

merging

probably need gd-dev for diffimg

Merge pull request #1189 from ErwinJanssen/various-changes

Various changes and removed ast_common.h

Remove usage of ast_common.h

Now that ast_common.h is never included anymore, the files
`ast_common.h.in`, `windows/include/ast_common.h` and all
`features/common` can be removed.

Replace remaining "ast_common.h" includes

Added a typedef for `ssize_t` to the Windows config.h, which is the
location were Autotools would define it if it isn't found.
Removed the remaining includes of "ast_common.h", instead include
"config.h" and add a check to include "sys/typesh" (were ssize_t is
located on Linux)

Remove `_dll_import` define block in ast_common.h

The define `_dll_import` is never set by any file that includes
ast_common.h, the define block is therefore never triggered. DLL linkage
is Windows is currently done with `def` files.

Remove va_* and ast_va_* defines from ast_common.h

These defines are never used, just like the varargs.h include that
was removed earlier. They can therefore be safely removed as well.

Replace last usage of _BEGIN/END_EXTERNS_

The last occurence of the defines _BEGIN_EXTERNS_ and _END_EXTERNS_ in the
code was in lib/sfio/sfsetbuf.h, this is now replaced with the standard
`extern "C"` define and check. Because of this, the definition of
_BEGIN_EXTERNS_ and _END_EXTERNS_ can be removed from ast_common.h

Remove limits.h/values.h include from ast_common.h

These includes are not used by the files that include ast_common.h

Remove `_typ_long_double` define from ast_common.h

This define is never used and can therefore be safely removed.

Fix: remove trailing `]` from sfhdr.h

A previous change accidently introduced a trailing `]` in sfhdr.h.

Remove `varargs.h` include from ast_common.h.in

None of the files that include ast_common.h.in, require anything from
varargs.h, compilation is still successfull.

Remove unused function checks and defines

congigure.ac checks for the presence of certain functions and creates
define indicating if it was found. Some of these defines are never
used, so the check (and the static define for Windows) can be safely
removed. This is the case for the following functions:
- __freadable
- _sysconf
- getrusage
- lsqrt
- memset
- nl_langinfo
- pow
- sqrt
- strchr
- strdup
- strstr
- strtoll
- strtoul
- strtoull
- uname

Also removed duplicate `strerror` in `AC_CHECK_FUNCS`.

Remove check for `size_t` in configure.ac

The macro `AC_TYPE_SIZE_T` checks if the type `size_t` is available, but
this type is part of the C standard, checking is therefore not required.

Remove check for `mode_t` in configure.ac

The macro `AC_TYPE_MODE_T` checks if the type `mode_t` is available, but
this type is never used in the code. Checking is therefore not required.

Remove check for `const` keyword in configure.ac

The macro `AC_C_CONST` checks whether the used C compiler supports
the keyword `const` and defines it accordingly. But as stated in
the autoconf documentation, this macro is becomming obsolete as
current C compilers `cost`. Checking is therefore no longer required.

Remove unused header checks and defines

congigure.ac checkes for the presence of header files and creates
define indicating if it was found. Some of these defines are never
used, so the check (and the static define for Windows) can be safely
removed. This is the case for the following headers:
- langinfo.h
- libintl.h
- pthread.h
- setjmp.h
- sys/times.h

Remove definition and usage of HAVE_TIME_H

The header <time.h> is part of the standard C library and is always
available, checking is therefore not needed.

Remove definition of HAVE_FLOAT_H

The header <float.h> is part of the standard C library and is always
available, checking is therefore not needed. In addition to this,
this define is never used.

Remove definition and usage of HAVE_STDDEF_H

The header <stddef.h> is part of the standard C library and is always available,
checking is therefore not needed.

Removed all _ast_int and _ast_flt defines

The defines _ast_int and _ast_flt used to be generated, but were now defined
in ast_common.h. Most of these defines were not used either, only _ast_intmax_t
and _ast_fltmax_t were used to define another define in sfio.h. Instead, we now
directly use the values `long long` and `long double` to set the defines in
sfio.h and we can safely remove the _ast_int and _ast_flt defines.

Remove defintion of HAVE_STDARG_H and _hdr_stdarg

The define _hdr_stdarg was only used in ast_common.h to include <stdarg.h>
but this include was not needed, compilation succeeds without it.
The define HAVE_STDARG_H was only used to set _hdr_starg in ast_common.h.

Both defines and the include can therefore safely be removed.

Add CI build status badges to README.md

These badges show the build status of the master branch. If the Travis or
Appveyor build fails, it can be seen directly on Github in the README.

Remove defintion of HAVE_SYS_SOCKET_H and _sys_socket

These defines were set, but never used. Defining them is therefore not needed.

restarting 2.41 development series

redo 2.40 stable release with neatoinit.c change reverted

starting 2.41 development series

stable release 2.40

Merge branch 'master' of github.com:/ellson/graphviz

merge local changes

comment out refs to tred2, not intended for distribution

Remove spurious #define DEBUG 1 in source code

Merge branch 'master' of https://github.com/ellson/graphviz

"Beware of bugs in the above code; I have only proved it correct, not tried it."--Donald Knuth

Merge pull request #1187 from ErwinJanssen/fix/issue-#1186

Fix font errors on Windows with binary outputs

Fix fonts errors on Windows with binary outputs

Outputs like 'png' didn't render the text properly on Windows (rectangles
instead of letters). The cause was that Pango was missings its modules. This
change adds post build commands to the `smyrna` en `gvplugin_pango` Visual
Studio projects, so the required modules are copied and then recognized by
pango.
Fixes issue #1186

Merge branch 'master' of https://github.com/ellson/graphviz

New tight_tree search algorithm to reduce running time from |V|^2 to something closer to |V+E|.  May solve some old "trouble in init_rank" bugs.

fix rpm breakage

demo/modgraph.lua now demos built-in tred

fix tred2