[trunk] fixes heap-buffer-overflow in parse_cmdline_encoder

Fixes issue 403
Thanks Matthieu

[trunk] prevent overflow in opj_t2_read_packet_header (update issue 389)

[trunk] Ensure cblk->data pointer is correctly initialized (updates issue 391). Still need to check if it does not fail anymore with ASan.

[trunk] fixed tile numbering in output message (fixes issue 370)

trunk: extend support for pdf2jp2

added memory allocation checks (fixes issue 355)

fixes install name id on OSX builds (fixes issue 367)

[trunk] improve memory management (fixes issue 359)

[trunk] allow compilation with MinGW32 (fixes issue 361)

[trunk] Changed error to warning when no EOC found in codestream (fixes
issue 366)

[trunk] replaced malloc with opj_malloc. (Fixes issue 368).

[trunk] fixes issue #357. MCT is automatically disabled when
subsamppling is detected.

[trunk] moved comment marker setup from opj_compress to the library

[trunk] fixed warning in j2k.c about sign conversion

[trunk] Finalize API for openjpeg 2.1
public header will only contains minimal information: major, minor and build version
Prefix has been changed from OPENJPEG to OPJ for consistency
SOVERSION has been removed from header (ABI vs API info)
OPJ_VERSION string has been removed, since it is accessible already (PACKAGE_VERSION)
Fixes issue 342

[trunk] Properly handle failure to compress (remove file)
Fixes issue 323

[trunk] Missing endianess setting
Fixes issue 337

[trunk] properly handle pkg-config on non-UNIX hosts
Fixes issue 340

[trunk] Provide #ifdef blockers for OpenJPEG Version
Fixes issue 342

[trunk] fixed typo in NEWS

[trunk] updated NEWS for 2.1.0

[trunk] Make sure OpenJPIP compiles on WIN32

[trunk] fixed reference to opj_stream_set_user_data_v3 in jpip sources.

[trunk]removed '-x' option for index file as long as it's broken

[trunk]re-formatted help display in executables

[trunk]formatted some messages. Removed -version option to disambiguate
with -v(erbose) option, added version info in help display

[trunk]Replaced deprecated opj_stream_set_user_data function from API
with its 'v3' version, and removed all other 'v3' suffixes from API.

[trunk] fixed some warning and errors formatting and add a '-version'
option to opj_compress and opj_decompress binaries

[trunk] fixed warning related to r2837 and move new field at the end of
parameters structure.

[trunk] refactoring of rsiz, profiles, and extensions management

[trunk] updated copyright and added copyright notice required by ISO, in each file; updated AUTHORS, NEWS

[trunk] removed debug message in CMakeLists.txt

[trunk] fixed a bug triggering SEGFAULT on debug mode (uninitialized
structure)

[trunk] Properly copy/paste code from the autotools
gcc correctly fails compiling this code, I needed to move the code outside the main function to get the error. This actually match the autotools (incorrect) code. We'll see how they fix this code in future release.
This make the code compatible with previous openjpeg version and remove C99 requirement.
Fixes issue 316

[trunk] Make sure to use long long (this is not C89). However this should be ok on most compilers nowadays
Update issue 316

[trunk] fixed warnings triggered on linux related to r2802

[trunk] Run test suite on issue 316 dataset
Update issue 316

[trunk] add ability in opj_compress to input subsampled images through
'-F' (aka raw option). Let the user input raw images with 444, 422, 420
(etc) subsampling. To be used in conjunction with '-mct 0' option to
compress subsampled YCC images.

[trunk] Add small utilities to extract JP2 files from PDF

[trunk] Make sure to test value not pointer
Update issue 302

[trunk] fixed bug related to r2791

[trunk] Add sentinel in case list empty.
I was getting a cmake error `list sub-command REMOVE_ITEM requires list to be present`

[trunk] Import change from 2.0 branch

[trunk] fixed warning due induced by r2791

[trunk] add "-mct {0,1,2}" option to opj_compress to allow MCT to be
disabled if needed.

[trunk] Make sure to not use alpha pointer if it is not an RGBA input
Fixes issue 310

[trunk] Rework previous commit r2610
This way we are able to gently deprecate the old API, and preserve ABI
Update issue 306

[trunk] Add documentation

[trunk] Make sure to exit early instead of looping on every single pixels

[trunk] Fix typo in comment (this is not j2k_dump)

[trunk] Revert r2764. It breaks ~230 tests as seen on continuous. Since no dataset is available, the issue 296 will be left open.
Update issue 296

[trunk] User can now control source/target java version
Fixes issue 303

[trunk] Import git commit fc884aee2b69c78500e65c3d05bf216791a9ea4a from ghostscript team
Fixes issue 296

[trunk] Import git commit 99a6f1af177c15f4db475186b79d169c993494ef from ghostscript team
Update issue 296

[trunk] Update big endian handling no such thing as WORDS_BIGENDIAN (prefer OPJ_BIG_ENDIAN)
Update issue 302

[trunk] Now that dataset from issue 297 have been imported, run test suite.
None of the dataset triggered any buffer overflow. Recent changes in trunk handle all those cases.
Update issue 297

[trunk] Explicitely reject file4/file6 scenario
Update issue 286

[trunk] Update BSD-4 copyright into a BSD-3 copyright
Fixes issue 300

[trunk] Since r2747 we are now able to track which files are missing from the test_suite. Add them.

[trunk] add mecanism to track of addition of new regression files in svn/data. It will report when a J2K files is added but no test is found in the test_suite file

[trunk] Remove duplicate content from test_inline.c
Thanks to Matthieu Darbois for report (and patch)
Fixes issue 285

[trunk] rework code from r2463. Really there has been some code duplication from r2413
Thanks to John Rogers (oracle.com) for report

[trunk] rework code from r2463. Really there has been some code duplication from r2413
Thanks to John Rogers (oracle.com) for report

[trunk] Now that issue 165 dataset is in non regression repository, activate code to reject them
Fixes issue 165

[trunk] Fix issue with & vs &&
Fixes issue 277

[trunk] Add internal implementation to dump all tiles/comp info
Eg: opj_dump -f 8 -i input.j2k
Update issue 3

[trunk] Prevent a leak when reading PPT markers
Update issue 295

[trunk] Move INLINE definition within openjpeg.h header since application may use it

[trunk] Apply final missing patch from sumatrapdf team:
http://bugs.ghostscript.com/show_bug.cgi?id=694893
Update issue 231

[trunk] Rework r2731 since it breaks non-regression testing

[trunk] Be more verbose about failure.
Update issue 294

[trunk] Add a temporary work around for issue 293
As described in the bug report the default allocation mecanism for codeblock data is too small for those dataset (16bits). We would need a finer (more granular) mecanism to reallocated only on demand. For now this help the two failing tests to pass.
Fixes issue 293

[trunk] Mark OpenJPEG to be ABI incompatible with previous one, move to SONAME 7
Also declare this is 2.1.0 (or very close)

[trunk] Remove warnings about unused values introduced in r2710
Thanks to Matthieu Darbois for patch
Fixes issue 290

[trunk] Add some sanity checks when reading Ippm(i) segments
Update issue 288

[trunk] Make sure to reallocate ppm data buffer when multiple Ippm(i) buffer are found
This handle the case where remaining data is exactly Nppm(i)
Fixes issue 287

[trunk] Add documentation to the checkmd5refs cmake module (used for regression testing)

[trunk] Always report when decompression failed as return code value

[trunk] Fix test NR-DEC-issue171.jp2-71-decode-md5 after recent code change

[trunk] Add a double check for user input

[trunk] Fix compilation on VS2010 (snprintf is not C89). C++11 should avoid this in the future

[trunk] Just in case this would be helpful for other, here is the code used to track issue 80
Update issue 80

[trunk] Tweak documentation in t2.c. Be more verbose in case of failure.

[trunk] Add some documention in the pi code

[trunk] Add debug code to extract decompressed image right before PCLR handling
Update issue 235

[trunk] Add a small helper to spli ppm into 3 pgm files
Update issue 235

[trunk] Make sure to use 8bits buffer when applying the ICC profile.
Fixes issue 281

[trunk] Add debug info to be able to test integration with littlecms

[trunk] TIFF files in test suite can have 1 or 3 components

[trunk] Simplify code when reading in TIFF images

[trunk] Make sure when reading POC that number of layers (layer end) is within acceptable bound.
Fixes issue 80

[trunk] Re-active old warning about missing SOP marker

[trunk] Add debug info to track issue 80
Update issue 80

[trunk] Rework assertion to work on 32bits system

[trunk] Fix remainings warnings on linux/32bits arch

[trunk] Rework fseek ifdefs blockers, it breaks the 64bits behavior for fseeko

[trunk] Fix compilation errors when JPWL and/or MJ2 are build

[trunk] Another final round of fixes for sign conversion warnings.
Fixes issue 256

[trunk] Another round of fixes for sign conversion warnings.
Update issue 256

[trunk] Another round of fixes for sign conversion warnings.
Update issue 256