opj_jp2_check_color(): replace assertion regarding mtyp by runtime check (#672, #895)

Fixes test case openjeg-crashes-2017-07-27/id:000000,sig:06,src:000001,op:flip1,pos:808.jp2
of #895

Avoids undefined shift behaviour in m_dc_level_shift computation

Fixes warning found on clusterfuzz-testcase-minimized-5146316340461568
https://bugs.chromium.org/p/oss-fuzz/issues/detail?id=2495

Credit to OSS Fuzz

Fix various undefined shift behaviour in pi.c

Fixes https://bugs.chromium.org/p/oss-fuzz/issues/detail?id=2496
Credit to OSS Fuzz

Avoid potential undefined shift behaviour in opj_bio_read() from opj_t2_read_packet_header()

Fixes https://bugs.chromium.org/p/oss-fuzz/issues/detail?id=2485
Credit to OSS Fuzz

Merge pull request #800 from rouault/tier1_optimizations_multithreading_pterm_check

Implement predictive termination check

T1 decoder: check code stream errors when predictable termination is enabled and emit a warning when errors are found

Spelling fixes (patch by ka7, #890, rebased on top of master)

Reformat src/bin/wx/OPJViewer/source/OPJThreads.cpp src/bin/wx/OPJViewer/source/imagjpeg2000.cpp wrapping/java/openjp2/JavaOpenJPEG.c

opj_decompress: fix null pointer dereference on comps[].data on id_000167,sig_11,src_006079,op_havoc,rep_4 (#939)

Fix assertion / memory leak in opj_j2k_merge_ppt() on corrupted images (#939)

Fixes issue on id:000020,sig:06,src:001958,op:flip4,pos:149 that has two
SOT markers for the same tile with the same tile part number, causing
opj_j2k_merge_ppt() to be called several times.

Avoid division by zero in opj_pi_next_rpcl, opj_pi_next_pcrl, opj_pi_next_cprl (#938)

Fixes crash on id_000004,sig_06,src_000679,op_arith8,pos_49,val_-17

Avoid index out of bounds access to pi->include[] (#938)

Fix id:000098,sig:11,src:005411,op:havoc,rep:2 test case

Avoid division by zero in opj_pi_next_rpcl, opj_pi_next_pcrl and opj_pi_next_cprl (#938)

Fixes issues with id:000026,sig:08,src:002419,op:int32,pos:60,val:+32 and
id:000019,sig:08,src:001098,op:flip1,pos:49

Merge pull request #969 from jeroen/staticlibs

install static libraries

install static libraries

Comment fix

Remove unused m_DA_x0, m_DA_y0, m_DA_x1, m_DA_y1 members from opj_j2k_dec structure

Add tests/fuzzers for OSS Fuzz (#965)

opj_j2k_read_header_procedure(): validate marker size to avoid excessive memory allocation attempt

Merge pull request #954 from jeroen/static

build both shared and static library

Merge pull request #964 from rouault/remove_useless_knownfailures

Remove useless knownfailures (since LAZY encoding is fixed)

Merge pull request #963 from rouault/travis_avx2

Enable AVX2 at runtime on Travis-CI and AppVeyor

Add tools/travis-ci/knownfailures-Ubuntu14.04-clang3.8.0-x86_64-Release-3rdP.txt (copied from knownfailures-Ubuntu12.04-clang3.9.0-x86_64-Release-3rdP.txt)

appveyor.yml: add a /arch:AVX2 config on Windows

Try running the tests if the CPU supports AVX2.

Remove useless knownfailures (since LAZY encoding is fixed)

.travis.yml: try to run tests in -mavx2 mode if the CPU supports it

And modify settings so as to hae a AVX2 compatible CPU

IDWT 5x3: fix bug in AVX2 implementation (#953, #957)

INSTALL.md: add section discussing how to enable CPU specific optimizations

Merge pull request #957 from rouault/idwt_53_improvements

IDWT 5x3 single-pass lifting and SSE2/AVX2 implementation

Style fix

Fix mingw related warnings

Fix clang warning about extraneous parentheses

.travis.yml: add a configuration to test compilation of AVX2 (but disable tests since Travis doesn't have AVX2 compatible machines)

IDWT 5x3: generalize SSE2 version for AVX2

Thanks to our macros that abstract SSE use, the functions can use
AVX2 when available (at compile time)

This brings an extra 23% speed improvement on bench_dwt in 64bit builds
with AVX2 compared to SSE2.

dwt.c: small cleanup

Enable __SSE__ / __SSE2__ with Visual Studio

Improve performance of inverse DWT 5x3 (#953)

* Use single-pass lifting inverse wavelet transform.
* For vertical pass, use SSE2 when available so as to process 8 columns
  in parallel. This is the most beneficial improvement, since the
  vertical pass involves a lot of cache trashing.

With the bench_dwt utility with default arguments (16383x16383 image),
time goes from 4.064 s to 1.212 s.

Add bench_dwt program (compiled only if BUILD_BENCH_DWT=ON)

Merge pull request #955 from rouault/remove_opj_nosanitize

Remove OPJ_NOSANITIZE in opj_bio_read() and opj_bio_write() (#761)

Remove OPJ_NOSANITIZE in opj_bio_read() and opj_bio_write() (#761)

Commit 29313eb5 introduced those flags to avoid issues with
-fsanitize=unsigned-integer-overflow
However it is better just to rewrite the loop to avoid such condition
to occur.

Fix astyle issue

Fix warning about unused arguments

Fix warnings with recent GCC versions

only build both static and dynamic on non-windows

build both shared and static library

Merge pull request #928 from RussellMcOrmond/master

Quiet mode for opj_decompress via -quiet long parameter.

Merge branch 't1_flag_optimizations'

Packet header writing: set empty packet header bit to 0 when appropriate (small optimization)

Encoder: fix packet writing of empty sub-bands (#891, #892)

There are situations where, given a tile size, at a resolution level,
there are sub-bands with x0==x1 or y0==y1, that consequently don't have any
valid codeblocks, but the other sub-bands may be non-empty.
Given that we recycle the memory from one tile to another one, those
ghost codeblocks might be non-0 and thus candidate for packet inclusion.

T1: fix BYPASS/LAZY, TERMALL/RESTART and PTERM/ERTERM encoding modes. (#674)

There were a number of defects regarding when and how the termination of
passes had to done and the computation of their rate.

opj_t1_dec_sigpass_raw/opj_t1_dec_refpass_raw: harmonize style with mqc methods

MQC/RAW decoder: use an artificial 0xFF 0xFF terminating marker.

This saves comparing the current pointer with the end of buffer pointer.
This results at least in tiny speed improvement for raw decoding, and
smaller code size for MQC as well.

This kills the remains of the raw.h/.c files that were only used for
decoding. Encoding using the mqc structure already.

Fix documentation of opj_t1_decode_cblks()

Simplify VSC handling: instead of masking out bits when reading the 4th row.

Do not set them when updating flags of the 1st row

Force inlining of mqc decoding and pass steps through heavy use of macros, so as to get better register allocation

t1_generate_luts.c: fix compiler warnings

Optimize opj_t1_update_flags()

T1: remove use of neghalf variable. It is useless since bpno is always > 0

T1: avoid pointer indirection for mqc and raw members of opj_t1_t

T1: remove flags_stride variable from opj_t1_t

Inline opj_raw_decode()

T1: loop unrolling in dec_sigpass_raw and dec_refpass_raw

T1: Transpose coder optimizations to decoder, and cleanup code

Fix compiler warnings

Factor index computation for lut_enc_ctxno_sc and lut_enc_spb

Optimize a bit opj_t1_enc_clnpass()

T1: remove unused code in decoder

T1: fix VSC mode in encoder

T1: use more compact flags to optimize cache usage in encoder passes. (#172)

Ported from Carl Hetherington work (actually through Matthieu Darbois's port
on top of OpenJPEG 2.1.0)

Can reduce total encoding time by 10-15%

WARNING: VSC mode is not implemented, and so is a temporary regression
that must be fixed.

Merge pull request #936 from rouault/master_warnings

CMake: add stronger warnings for openjp2 lib/bin by default, and error out on declaration-after-statement

CMake: add stronger warnings for openjp2 lib/bin by default, and error out on declaration-after-statement

And remove occurences of unused arguments in src/lib/openjp2

Merge pull request #935 from rouault/add_compress_vsc_test

Tests: test opj_compress in VSC mode (related to #172)

Tests: test opj_compress in VSC mode (related to #172)

t1.c: fix compiler warnings

Fixed formatting issues ASTYLE

Quiet mode for opj_decompress via -quiet long parameter.

MQC: remove disabled MQC_PERF_OPT mode, which brings no performance improvements (see #923)

Add comments about non successfull attempt of implementing alternate INITDEC, DECODE and BYTEIN procedures (refs #921)

Merge pull request #926 from rouault/reformat_h_files

Reformat: apply reformattin on .h files (#128)

Reformat: apply reformattin on .h files (#128)

Merge pull request #919 from rouault/reformat

Add mechanisms to reformat and check code style, and reformat whole codebase (#128)

perf_test.py: implement -i option

astyle.options: use non deprecated option name

Reformat whole codebase with astyle.options (#128)

Add mechanisms to reformant and check code style (#128)

Use an internal version of astyle (astyle 3.0). Scripts taken from QGIS.
astyle.options from https://github.com/uclouvain/openjpeg/issues/128

scripts/prepare-commit.sh can be used locally to automatically reformat
edited files.

Travis-CI will run scripts/verify-indentation.sh to verify committed files.

Merge pull request #918 from rouault/profile

Add profiling of CPU and memory usage (#912)

Add profiling of CPU and memory usage (#912)

Merge pull request #917 from rouault/bench

Add performance benchmarking scripts

Add performance benchmarking scripts

And run them by Travis-CI

Merge pull request #915 from rouault/appveyor_fix_attempt

Fix retrieval of jpylyzer in AppVeyor

Fix retrieval of jpylyzer in AppVeyor

Merge pull request #893 from rouault/remove_tagtree_warnings

Remove warnings related to empty tag-trees.

Merge pull request #899 from jwilk/man-warnings

Remove spurious .R macros from manpages

Merge pull request #914 from alexwlchan/fix-readme

Escape quotes to ensure README renders on GitHub correctly

Escape quotes to ensure README renders on GitHub correctly

Remove spurious .R macros from manpages

Fixes the following warnings from man:

    `R' is a string (producing the registered sign), not a macro.

Fixed CRLF auto conversion issue in openjpeg-data #655

Remove warnings related to empty tag-trees.

Decoding some valid .jp2 files like Sentinel2 datasets leads to warnings like:
No incltree created.
tgt_create tree->numnodes == 0, no tree created.
No imsbtree created.
tgt_create tree->numnodes == 0, no tree created.

Besides that, the image is correctly decoded. So there is no reason to emit
those warnings.

Update THANKS.md

Update CHANGELOG.md