--- /dev/null
+
+#------------------------------------------------------------------------------
+# $File: apple,v 1.32 2015/12/04 20:40:10 christos Exp $
+# bioinfomatics: file(1) magic for Bioinfomatics file formats
+
+###############################################################################
+# BGZF (Blocked GNU Zip Format) - gzip compatible, but also indexable
+# used by SAMtools bgzip/tabix (http://samtools.sourceforge.net/tabix.shtml)
+###############################################################################
+0 string \037\213
+>3 byte &0x04
+>>12 string BC
+>>>14 leshort &0x02 Blocked GNU Zip Format (BGZF; gzip compatible)
+>>>>16 leshort x \b, block length %d
+!:mime application/x-gzip
+
+
+###############################################################################
+# Tabix index file
+# used by SAMtools bgzip/tabix (http://samtools.sourceforge.net/tabix.shtml)
+###############################################################################
+0 string TBI\1 SAMtools TBI (Tabix index format)
+>0x04 lelong =1 \b, with %d reference sequence
+>0x04 lelong >1 \b, with %d reference sequences
+>0x08 lelong &0x10000 \b, using half-closed-half-open coordinates (BED style)
+>0x08 lelong ^0x10000
+>>0x08 lelong =0 \b, using closed and one based coordinates (GFF style)
+>>0x08 lelong =1 \b, using SAM format
+>>0x08 lelong =2 \b, using VCF format
+>0x0c lelong x \b, sequence name column: %d
+>0x10 lelong x \b, region start column: %d
+>0x08 lelong =0
+>>0x14 lelong x \b, region end column: %d
+>0x18 byte x \b, comment character: %c
+>0x1c lelong x \b, skip line count: %d
+
+
+###############################################################################
+# BAM (Binary Sequence Alignment/Map format)
+# used by SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf)
+# data is normally present only within compressed BGZF blocks (CDATA), so use file -z to examine it
+###############################################################################
+0 string BAM\1 SAMtools BAM (Binary Sequence Alignment/Map)
+>0x04 lelong >0
+>>&0x00 regex =^[@]HD\t.*VN: \b, with SAM header
+>>>&0 regex =[0-9.]+ \b version %s
+>>&(0x04) lelong >0 \b, with %d reference sequences
+
+
+###############################################################################
+# BAI (BAM indexing format)
+# used by SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf)
+###############################################################################
+0 string BAI\1 SAMtools BAI (BAM indexing format)
+>0x04 lelong >0 \b, with %d reference sequences
+
+
+###############################################################################
+# CRAM (Binary Sequence Alignment/Map format)
+###############################################################################
+0 string CRAM CRAM
+>0x04 byte >-1 version %d.
+>0x05 byte >-1 \b%d
+>0x06 string >\0 (identified as %s)
+
+
+###############################################################################
+# BCF (Binary Call Format), version 1
+# used by SAMtools & VCFtools (http://vcftools.sourceforge.net/bcf.pdf)
+# data is normally present only within compressed BGZF blocks (CDATA), so use file -z to examine it
+###############################################################################
+0 string BCF\4
+# length of seqnm data in bytes is positive
+>&0x00 lelong >0
+# length of smpl data in bytes is positive
+>>&(&-0x04) lelong >0 SAMtools BCF (Binary Call Format)
+# length of meta in bytes
+>>>&(&-0x04) lelong >0
+# have meta text string
+>>>>&0x00 search ##samtoolsVersion=
+>>>>>&0x00 string x \b, generated by SAMtools version %s
+
+
+###############################################################################
+# BCF (Binary Call Format), version 2.1
+# used by SAMtools (http://samtools.github.io/hts-specs/BCFv2_qref.pdf)
+# data is normally present only within compressed BGZF blocks (CDATA), so use file -z to examine it
+###############################################################################
+0 string BCF\2\1 Binary Call Format (BCF) version 2.1
+# length of header text
+>&0x00 lelong >0
+# have header string
+>>&0x00 search ##samtoolsVersion=
+>>>&0x00 string x \b, generated by SAMtools version %s
+
+
+###############################################################################
+# BCF (Binary Call Format), version 2.2
+# used by SAMtools (http://samtools.github.io/hts-specs/BCFv2_qref.pdf)
+# data is normally present only within compressed BGZF blocks (CDATA), so use file -z to examine it
+###############################################################################
+0 string BCF\2\2 Binary Call Format (BCF) version 2.2
+# length of header text
+>&0x00 lelong >0
+# have header string
+>>&0x00 search ##samtoolsVersion=
+>>>&0x00 string x \b, generated by SAMtools version %s
+
+###############################################################################
+# VCF (Variant Call Format)
+# used by VCFtools (http://vcftools.sourceforge.net/)
+###############################################################################
+0 search ##fileformat=VCFv Variant Call Format (VCF)
+>&0 string x \b version %s
+
+###############################################################################
+# FASTQ
+# used by MAQ (http://maq.sourceforge.net/fastq.shtml)
+###############################################################################
+# @<seqname>
+0 regex =^@[A-Za-z0-9_.:-]+?\n
+# <seq>
+>&1 regex =^[A-Za-z\n\.~]+\+
+# +[<seqname>]
+>>&1 regex =^[A-Za-z0-9_.:-]*?\n
+# <qual>
+>>>&1 regex =^[!-~\n]+\n FASTQ
+
+###############################################################################
+# FASTA
+# used by FASTA (http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_guide.pdf)
+###############################################################################
+#0 byte 0x3e
+# q>0 regex =^[>][!-~\t\ ]+$
+# Amino Acid codes: [A-IK-Z*-]+
+#>>1 regex !=[!-'Jj;:=?@^`|~\\] FASTA
+# IUPAC codes/gaps: [ACGTURYKMSWBDHVNX-]+
+# not in IUPAC codes/gaps: [EFIJLOPQZ]
+#>>>1 regex !=[EFIJLOPQZefijlopqz] \b, with IUPAC nucleotide codes
+#>>>1 regex =^[EFIJLOPQZefijlopqz]+$ \b, with Amino Acid codes
+
+###############################################################################
+# SAM (Sequence Alignment/Map format)
+# used by SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf)
+###############################################################################
+# Short-cut version to recognise SAM files with (optional) header at beginning
+###############################################################################
+0 string @HD\t
+>4 search VN: Sequence Alignment/Map (SAM), with header
+>>&0 regex [0-9.]+ \b version %s
+###############################################################################
+# Longer version to recognise SAM alignment lines using (many) regexes
+###############################################################################
+# SAM Alignment QNAME
+0 regex =^[!-?A-~]{1,255}(\t[^\t]+){11}
+# SAM Alignment FLAG
+>0 regex =^([^\t]+\t){1}[0-9]{1,5}\t
+# SAM Alignment RNAME
+>>0 regex =^([^\t]+\t){2}\\*|[^*=]*\t
+# SAM Alignment POS
+>>>0 regex =^([^\t]+\t){3}[0-9]{1,9}\t
+# SAM Alignment MAPQ
+>>>>0 regex =^([^\t]+\t){4}[0-9]{1,3}\t
+# SAM Alignment CIGAR
+>>>>>0 regex =\t\\*|([0-9]+[MIDNSHPX=])+)\t
+# SAM Alignment RNEXT
+>>>>>>0 regex =\t(\\*|=|[!-()+->?-~][!-~]*)\t
+# SAM Alignment PNEXT
+>>>>>>>0 regex =^([^\t]+\t){7}[0-9]{1,9}\t
+# SAM Alignment TLEN
+>>>>>>>>0 regex =\t[+-]{0,1}[0-9]{1,9}\t.*\t
+# SAM Alignment SEQ
+>>>>>>>>>0 regex =^([^\t]+\t){9}(\\*|[A-Za-z=.]+)\t
+# SAM Alignment QUAL
+>>>>>>>>>>0 regex =^([^\t]+\t){10}[!-~]+ Sequence Alignment/Map (SAM)
+>>>>>>>>>>>0 regex =^[@]HD\t.*VN: \b, with header
+>>>>>>>>>>>>&0 regex =[0-9.]+ \b version %s
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