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authorEmden Gansner <erg@research.att.com>
Wed, 7 Dec 2011 19:03:43 +0000 (14:03 -0500)
committerEmden Gansner <erg@research.att.com>
Wed, 7 Dec 2011 19:03:43 +0000 (14:03 -0500)
lib/neatogen/stress.c

index 24ce49711f4fa817a926d56f19a49f129df36246..2bd200ac6c5008b8cfbd4e26737d95a220c9c29e 100644 (file)
 #include <stdlib.h>
 #include <time.h>
 
-#ifdef UNUSED
- /* Full dense stress optimization (equivalent to Kamada-Kawai's energy) */
- /* Slowest and most accurate optimization */
-static int stress_majorization_kD(vtx_data * graph,    /* Input graph in sparse representation */
-                                 int n,        /* Number of nodes */
-                                 int nedges_graph,     /* Number of edges */
-                                 double **coords,      /* coordinates of nodes (output layout) */
-                                 int dim,      /* dimemsionality of layout */
-                                 int smart_ini,        /* smart initialization */
-                                 int reweight_graph,   /* difference model */
-                                 int maxi      /* max iterations */
-    );
-
- /* Optimization of the stress function using sparse distance matrix */
- /* Faster than dense method, but less accurate */
-static int sparse_stress_majorization_kD(vtx_data * graph,     /* Input graph in sparse representation */
-                                        int n, /* Number of nodes */
-                                        int nedges_graph,      /* Number of edges */
-                                        double **coords,       /* coordinates of nodes (output layout)  */
-                                        int dim,       /* dimemsionality of layout */
-                                        int smart_ini, /* smart initialization */
-                                        int reweight_graph,    /* difference model */
-                                        int maxi,      /* max iterations */
-                                        int dist_bound,        /* neighborhood in sparse distance matrix */
-                                        int num_centers        /* #pivots in sparse distance matrix */
-    );
-#endif
 
  /* Optimization of the stress function using sparse distance matrix, within a vector-space */
  /* Fastest and least accurate method */
@@ -131,37 +104,6 @@ static double compute_stressf(float **coords, float *lap, int dim, int n)
     return sum;
 }
 
-#ifdef UNUSED
-static double compute_stress(double **coords, int **Dij, int dim, int n)
-{
-    /* compute the overall stress */
-
-    int i, j, l;
-    double sum, dist;
-    sum = 0;
-    for (i = 1; i < n; i++) {
-       for (j = 0; j < i; j++) {
-           dist = 0;
-           for (l = 0; l < dim; l++) {
-               dist +=
-                   (coords[l][i] - coords[l][j]) * (coords[l][i] -
-                                                    coords[l][j]);
-           }
-           dist = sqrt(dist);
-#ifdef Dij2
-           sum +=
-               (Dij[i][j] - dist) * (Dij[i][j] -
-                                     dist) / (Dij[i][j] * Dij[i][j]);
-#else
-           sum += (Dij[i][j] - dist) * (Dij[i][j] - dist) / Dij[i][j];
-#endif
-       }
-    }
-
-    return sum;
-}
-#endif
-
 static double
 compute_stress1(double **coords, dist_data * distances, int dim, int n)
 {
@@ -201,7 +143,8 @@ compute_stress1(double **coords, dist_data * distances, int dim, int n)
  * Return true if some node is fixed.
  */
 int
-initLayout(vtx_data * graph, int n, int dim, double **coords, node_t** nodes)
+initLayout(vtx_data * graph, int n, int dim, double **coords,
+          node_t ** nodes)
 {
     node_t *np;
     double *xp;
@@ -240,8 +183,7 @@ initLayout(vtx_data * graph, int n, int dim, double **coords, node_t** nodes)
     return pinned;
 }
 
-float*
-circuitModel(vtx_data * graph, int nG)
+float *circuitModel(vtx_data * graph, int nG)
 {
     int i, j, e, rv, count;
     float *Dij = N_NEW(nG * (nG + 1) / 2, float);
@@ -294,601 +236,6 @@ circuitModel(vtx_data * graph, int nG)
     return Dij;
 }
 
-#ifdef UNUSED
-int stress_majorization_kD(vtx_data * graph,   /* Input graph in sparse representation */
-                          int n,       /* Number of nodes */
-                          int nedges_graph,    /* Number of edges */
-                          double **coords,     /* coordinates of nodes(output layout)  */
-                          node_t **nodes,      /* original nodes  */
-                          int dim,     /* dimemsionality of layout */
-                          int smart_ini,       /* smart initialization */
-                          int reweight_graph,  /* difference model */
-                          int n_iterations     /* max #iterations */
-    )
-{
-    int iterations;            /* output: number of iteration of the process */
-    double conj_tol = tolerance_cg;    /* tolerance of Conjugate Gradient */
-    DistType **Dij;
-    float *f_storage;
-    float **lap;
-    double degree;
-    double dist_ij;
-    double *b;
-    double L_ij;
-    double old_stress, new_stress;
-    boolean converged;
-
-       /*************************************************
-       ** Computation of full, dense, unrestricted k-D ** 
-       ** stress minimization by majorization          **    
-       *************************************************/
-
-    int i, j, k;
-
-       /*************************************************
-       * Compute the all-pairs-shortest-distances matrix *
-       *************************************************/
-
-    if (!reweight_graph) {
-       /* unweighted computation using BFS */
-       Dij = compute_apsp(graph, n);
-    } else {
-       /* weight graph to separate high-degree nodes */
-       /* and perform slower Dijkstra-based computation */
-       Dij = compute_apsp_artifical_weights(graph, n);
-    }
-
-       /*************************************************
-       ** Layout initialization **
-       *************************************************/
-
-    if (smart_ini) {
-       /* optimize layout quickly within subspace */
-       sparse_stress_subspace_majorization_kD(graph, n, nedges_graph,
-                                              coords, dim, smart_ini,
-                                              reweight_graph, 50,
-                                              neighborhood_radius_subspace,
-                                              num_pivots_stress);
-    } else {
-       initLayout(graph, n, dim, coords, nodes);
-    }
-
-       /*************************************************
-       ** Laplacian computation **
-       *************************************************/
-
-    lap = N_GNEW(n, float *);
-    f_storage = N_GNEW(n * n, float);
-    for (i = 0; i < n; i++) {
-       lap[i] = f_storage + i * n;
-       degree = 0;
-       for (j = 0; j < n; j++) {
-           if (j == i)
-               continue;
-#ifdef Dij2
-           degree -= lap[i][j] = -1.0f / ((float) Dij[i][j] * (float) Dij[i][j]);      /* cast Dij to float to prevent overflow */
-#else
-           degree -= lap[i][j] = -1.0f / Dij[i][j];
-#endif
-       }
-       lap[i][i] = (float) (degree);
-    }
-
-       /*************************************************
-        Layout optimization
-       *************************************************/
-
-    b = N_GNEW(n, double);
-    old_stress = compute_stress(coords, Dij, dim, n);
-    for (converged = FALSE, iterations = 0;
-        iterations < n_iterations && !converged; iterations++) {
-
-       /* Axis-by-axis optimization: */
-       for (k = 0; k < dim; k++) {
-           /* compute the vector b */
-           /* multiply on-the-fly with distance-based laplacian */
-           /* (for saving storage we don't construct this Laplacian explicitly) */
-           for (i = 0; i < n; i++) {
-               degree = 0;
-               b[i] = 0;
-               for (j = 0; j < n; j++) {
-                   if (j == i)
-                       continue;
-                   dist_ij = distance_kD(coords, dim, i, j);
-                   if (dist_ij > 1e-30) {      /* skip zero distances */
-                       /* calculate L_ij := w_{ij}*d_{ij}/dist_{ij} */
-#ifdef Dij2
-                       L_ij = (float) (-1 / (dist_ij * Dij[i][j]));
-#else
-                       L_ij = (float) (-1 / dist_ij);
-#endif
-                       degree -= L_ij;
-                       b[i] += L_ij * coords[k][j];
-                   }
-               }
-               b[i] += degree * coords[k][i];
-           }
-           conjugate_gradient_f(lap, coords[k], b, n, conj_tol, n, TRUE);
-       }
-
-       if ((converged = (iterations % 2 == 0))) {      /* check for convergence every two iterations */
-           new_stress = compute_stress(coords, Dij, dim, n);
-           converged =
-               fabs(new_stress - old_stress) / (new_stress + 1e-10) <
-               Epsilon;
-           old_stress = new_stress;
-           if (Verbose && (iterations % 10 == 0)) {
-               fprintf(stderr, "%.3f ", new_stress);
-               if (iterations % 100 == 0)
-                   fprintf(stderr, "\n");
-           }
-       }
-    }
-    if (Verbose)
-       fprintf(stderr, "\nfinal e = %f\n",
-               compute_stress(coords, Dij, dim, n));
-
-
-    free(Dij[0]);
-    free(Dij);
-    free(lap[0]);
-    free(lap);
-    free(b);
-
-    return (iterations);
-}
-
-static void
-local_beautify_kD(int *nodes, int num_nodes, vtx_data * graph, int n,
-                 int dist_bound, int reweight_graph, double **coords,
-                 int dim)
-{
-    /* Optimize locally the k-D position of each of the nodes in 'nodes' */
-    /* sing majorization.  */
-    /* Here, in each iteration only a single node is mobile */
-
-    int i, j, k;
-    int *visited_nodes;
-    DistType *dist;
-    double *weights;
-    Queue Q;
-    int num_visited_nodes;
-    double dist_ij;
-    int v, neighbor;
-    double dist_1d;
-    double total_wgts;
-    double *newpos;
-    double max_diff;
-
-    if (dist_bound <= 0) {
-       return;
-    }
-
-    visited_nodes = N_GNEW(n, int);
-    dist = N_GNEW(n, DistType);
-    weights = N_GNEW(n, double);
-    newpos = N_GNEW(dim, double);
-    mkQueue(&Q, n);
-
-    /* initialize dist to -1, important for bfs_bounded */
-    for (i = 0; i < n; i++) {
-       dist[i] = -1;
-    }
-
-    for (i = 0; i < num_nodes; i++) {
-       v = nodes[i];
-       if (reweight_graph) {
-           num_visited_nodes =
-               dijkstra_bounded(v, graph, n, dist, dist_bound,
-                                visited_nodes);
-       } else {
-           num_visited_nodes =
-               bfs_bounded(v, graph, n, dist, &Q, dist_bound,
-                           visited_nodes);
-       }
-
-       total_wgts = 0;
-       for (j = 0; j < num_visited_nodes; j++) {
-           neighbor = visited_nodes[j];
-           if (neighbor != v) {
-#ifdef Dij2
-               total_wgts += weights[j] =
-                   1.0 / ((double) dist[neighbor] *
-                          (double) dist[neighbor]);
-#else
-               total_wgts += weights[j] = 1.0 / (double) dist[neighbor];
-#endif
-           }
-       }
-
-       if (total_wgts == 0) {  /* no neighbors to current node */
-           continue;
-       }
-
-       do {
-           for (k = 0; k < dim; newpos[k++] = 0);
-
-           for (j = 0; j < num_visited_nodes; j++) {
-               neighbor = visited_nodes[j];
-               if (neighbor == v) {
-                   continue;
-               }
-               for (k = 0; k < dim; k++) {
-                   dist_1d = coords[k][v] - coords[k][neighbor];
-                   dist_ij = distance_kD(coords, dim, v, neighbor);
-                   newpos[k] +=
-                       weights[j] * (coords[k][neighbor] +
-                                     dist[neighbor] * dist_1d / dist_ij);
-               }
-           }
-           max_diff = 0;
-           for (k = 0; k < dim; k++) {
-               newpos[k] /= total_wgts;
-               max_diff =
-                   MAX(max_diff,
-                       fabs(newpos[k] - coords[k][v]) / fabs(newpos[k] +
-                                                             1e-20));
-               coords[k][v] = newpos[k];
-           }
-       } while (max_diff > Epsilon);
-
-       /* initialize 'dist' for next run of 'bfs_bounded' */
-       for (j = 0; j < num_visited_nodes; j++) {
-           dist[visited_nodes[j]] = -1;
-       }
-    }
-
-    free(visited_nodes);
-    free(dist);
-    free(weights);
-    free(newpos);
-    freeQueue(&Q);
-}
-
-int sparse_stress_majorization_kD(vtx_data * graph,    /* Input graph in sparse representation */
-                                 int n,        /* Number of nodes */
-                                 int nedges_graph,     /* Number of edges */
-                                 double **coords,      /* coordinates of nodes (output layout)  */
-                                 node_t **nodes,       /* original nodes  */
-                                 int dim,      /* dimemsionality of layout */
-                                 int smart_ini,        /* smart initialization */
-                                 int reweight_graph,   /* difference model */
-                                 int n_iterations,     /* max #iterations */
-                                 int dist_bound,       /* neighborhood size in sparse distance matrix    */
-                                 int num_centers       /* #pivots in sparse distance matrix  */
-    )
-{
-    int iterations;
-    double conj_tol = tolerance_cg;    /* tolerance of Conjugate Gradient */
-
-       /*************************************************
-          Computation of pivot-based, sparse, unrestricted   
-          k-D  stress minimization by majorization               
-       *************************************************/
-
-    int i, j, k;
-    int node;
-    /* if i is a pivot than CenterIndex[i] is  its index, otherwise CenterIndex[i]= -1 */
-    int *CenterIndex;
-    int *invCenterIndex;       /* list the pivot nodes  */
-    Queue Q;
-    float *old_weights;
-    /* this matrix stores the distance  between each node and each "center" */
-    DistType **Dij;
-    /* this vector stores the distances of each node to the selected "centers" */
-    DistType *dist;
-    DistType *storage;
-    DistType max_dist;
-    int *visited_nodes;
-    dist_data *distances;
-    int available_space;
-    int *storage1 = NULL;
-    DistType *storage2 = NULL;
-    int num_visited_nodes;
-    int num_neighbors;
-    int index;
-    int nedges;
-    DistType *dist_list;
-    vtx_data *lap;
-    int *edges;
-    float *ewgts;
-    double degree;
-    double dist_ij;
-    double *b;
-    double L_ij;
-    double old_stress, new_stress;
-    boolean converged;
-
-       /*************************************************
-          Layout initialization  
-       *************************************************/
-
-    if (smart_ini) {
-       /* optimize layout quickly within subspace */
-       sparse_stress_subspace_majorization_kD(graph, n, nedges_graph,
-                                              coords, dim, smart_ini,
-                                              reweight_graph, 50,
-                                              dist_bound, num_centers);
-    } else {
-       initLayout(graph, n, dim, coords, nodes);
-    }
-
-       /*************************************************
-     Compute the sparse-shortest-distances matrix 'distances' 
-       *************************************************/
-
-    CenterIndex = N_GNEW(n, int);
-    for (i = 0; i < n; i++) {
-       CenterIndex[i] = -1;
-    }
-    invCenterIndex = NULL;
-
-    mkQueue(&Q, n);
-    old_weights = graph[0].ewgts;
-
-    if (reweight_graph) {
-       /* weight graph to separate high-degree nodes */
-       /* in the future, perform slower Dijkstra-based computation */
-       compute_new_weights(graph, n);
-    }
-
-    /* compute sparse distance matrix */
-    /* first select 'num_centers' pivots from which we compute distance */
-    /* to all other nodes */
-
-    Dij = NULL;
-    dist = N_GNEW(n, DistType);
-
-    if (num_centers == 0) {    /* no pivots, skip pivots-to-nodes distance calculation */
-       goto after_pivots_selection;
-    }
-
-    invCenterIndex = N_GNEW(num_centers, int); /* list the pivot nodes  */
-
-    storage = N_GNEW(n * num_centers, DistType);
-    Dij = N_GNEW(num_centers, DistType *);
-    for (i = 0; i < num_centers; i++)
-       Dij[i] = storage + i * n;
-
-    /* select 'num_centers' pivots that are uniformaly spreaded over the graph */
-
-    /* the first pivots is selected randomly */
-    node = rand() % n;
-    CenterIndex[node] = 0;
-    invCenterIndex[0] = node;
-
-    if (reweight_graph) {
-       dijkstra(node, graph, n, Dij[0]);
-    } else {
-       bfs(node, graph, n, Dij[0], &Q);
-    }
-
-    /* find the most distant node from first pivot */
-    max_dist = 0;
-    for (i = 0; i < n; i++) {
-       dist[i] = Dij[0][i];
-       if (dist[i] > max_dist) {
-           node = i;
-           max_dist = dist[i];
-       }
-    }
-    /* select other num_centers-1 nodes as pivots */
-    for (i = 1; i < num_centers; i++) {
-       CenterIndex[node] = i;
-       invCenterIndex[i] = node;
-       if (reweight_graph) {
-           dijkstra(node, graph, n, Dij[i]);
-       } else {
-           bfs(node, graph, n, Dij[i], &Q);
-       }
-       max_dist = 0;
-       for (j = 0; j < n; j++) {
-           dist[j] = MIN(dist[j], Dij[i][j]);
-           if (dist[j] > max_dist
-               || (dist[j] == max_dist && rand() % (j + 1) == 0)) {
-               node = j;
-               max_dist = dist[j];
-           }
-       }
-    }
-
-  after_pivots_selection:
-
-    /* Construct a sparse distance matrix 'distances' */
-
-    /* initialize 'dist' to -1, important for 'bfs_bounded(..)' */
-    for (i = 0; i < n; i++) {
-       dist[i] = -1;
-    }
-
-    visited_nodes = N_GNEW(n, int);
-    distances = N_GNEW(n, dist_data);
-    available_space = 0;
-    nedges = 0;
-    for (i = 0; i < n; i++) {
-       if (CenterIndex[i] >= 0) {      /* a pivot node */
-           distances[i].edges = N_GNEW(n - 1, int);
-           distances[i].edist = N_GNEW(n - 1, DistType);
-           distances[i].nedges = n - 1;
-           nedges += n - 1;
-           distances[i].free_mem = TRUE;
-           index = CenterIndex[i];
-           for (j = 0; j < i; j++) {
-               distances[i].edges[j] = j;
-               distances[i].edist[j] = Dij[index][j];
-           }
-           for (j = i + 1; j < n; j++) {
-               distances[i].edges[j - 1] = j;
-               distances[i].edist[j - 1] = Dij[index][j];
-           }
-           continue;
-       }
-
-       /* a non pivot node */
-
-       if (dist_bound > 0) {
-           if (reweight_graph) {
-               num_visited_nodes =
-                   dijkstra_bounded(i, graph, n, dist, dist_bound,
-                                    visited_nodes);
-           } else {
-               num_visited_nodes =
-                   bfs_bounded(i, graph, n, dist, &Q, dist_bound,
-                               visited_nodes);
-           }
-           /* filter the pivots out of the visited nodes list, and the self loop: */
-           for (j = 0; j < num_visited_nodes;) {
-               if (CenterIndex[visited_nodes[j]] < 0
-                   && visited_nodes[j] != i) {
-                   /* not a pivot or self loop */
-                   j++;
-               } else {
-                   dist[visited_nodes[j]] = -1;
-                   visited_nodes[j] = visited_nodes[--num_visited_nodes];
-               }
-           }
-       } else {
-           num_visited_nodes = 0;
-       }
-       num_neighbors = num_visited_nodes + num_centers;
-       if (num_neighbors > available_space) {
-           available_space = (dist_bound + 1) * n;
-           storage1 = N_GNEW(available_space, int);
-           storage2 = N_GNEW(available_space, DistType);
-           distances[i].free_mem = TRUE;
-       } else {
-           distances[i].free_mem = FALSE;
-       }
-       distances[i].edges = storage1;
-       distances[i].edist = storage2;
-       distances[i].nedges = num_neighbors;
-       nedges += num_neighbors;
-       for (j = 0; j < num_visited_nodes; j++) {
-           storage1[j] = visited_nodes[j];
-           storage2[j] = dist[visited_nodes[j]];
-           dist[visited_nodes[j]] = -1;
-       }
-       /* add all pivots: */
-       for (j = num_visited_nodes; j < num_neighbors; j++) {
-           index = j - num_visited_nodes;
-           storage1[j] = invCenterIndex[index];
-           storage2[j] = Dij[index][i];
-       }
-
-       storage1 += num_neighbors;
-       storage2 += num_neighbors;
-       available_space -= num_neighbors;
-    }
-
-    free(dist);
-    free(visited_nodes);
-
-
-    if (Dij != NULL) {
-       free(Dij[0]);
-       free(Dij);
-    }
-
-       /*************************************************
-          Laplacian computation   
-       *************************************************/
-
-    lap = N_GNEW(n, vtx_data);
-    edges = N_GNEW(nedges + n, int);
-    ewgts = N_GNEW(nedges + n, float);
-    for (i = 0; i < n; i++) {
-       lap[i].edges = edges;
-       lap[i].ewgts = ewgts;
-       lap[i].nedges = distances[i].nedges + 1;        /*add the self loop */
-       dist_list = distances[i].edist - 1;     /* '-1' since edist[0] goes for number '1' entry in the lap */
-       degree = 0;
-       for (j = 1; j < lap[i].nedges; j++) {
-           edges[j] = distances[i].edges[j - 1];
-#ifdef Dij2
-           ewgts[j] = (float) -1.0 / ((float) dist_list[j] * (float) dist_list[j]);    /* cast to float to prevent overflow */
-#else
-           ewgts[j] = -1.0 / (float) dist_list[j];
-#endif
-           degree -= ewgts[j];
-       }
-       edges[0] = i;
-       ewgts[0] = (float) degree;
-       edges += lap[i].nedges;
-       ewgts += lap[i].nedges;
-    }
-
-       /*************************************************
-          Layout optimization    
-       *************************************************/
-
-    b = N_GNEW(n, double);
-    old_stress = compute_stress1(coords, distances, dim, n), new_stress;
-    for (converged = FALSE, iterations = 0;
-        iterations < n_iterations && !converged; iterations++) {
-
-       /* Axis-by-axis optimization: */
-       for (k = 0; k < dim; k++) {
-           /* compute the vector b */
-           /* multiply on-the-fly with distance-based laplacian */
-           /* (for saving storage we don't construct this Lap explicitly) */
-           for (i = 0; i < n; i++) {
-               degree = 0;
-               b[i] = 0;
-               dist_list = distances[i].edist - 1;
-               edges = lap[i].edges;
-               ewgts = lap[i].ewgts;
-               for (j = 1; j < lap[i].nedges; j++) {
-                   node = edges[j];
-                   dist_ij = distance_kD(coords, dim, i, node);
-                   if (dist_ij > 1e-30) {      /* skip zero distances */
-                       L_ij = -ewgts[j] * dist_list[j] / dist_ij;      /* L_ij=w_{ij}*d_{ij}/dist_{ij} */
-                       degree -= L_ij;
-                       b[i] += L_ij * coords[k][node];
-                   }
-               }
-               b[i] += degree * coords[k][i];
-           }
-           conjugate_gradient(lap, coords[k], b, n, conj_tol, n);
-       }
-
-       if ((converged = (iterations % 2 == 0))) {      /* check for convergence each two iterations */
-           new_stress = compute_stress1(coords, distances, dim, n);
-           converged =
-               fabs(new_stress - old_stress) / (new_stress + 1e-10) <
-               Epsilon;
-           old_stress = new_stress;
-       }
-    }
-    free(b);
-
-    if (smooth_pivots) {
-       /* relocate the pivots, so they do not break out of the layout */
-       local_beautify_kD(invCenterIndex, num_centers, graph, n,
-                         dist_bound, reweight_graph, coords, dim);
-    }
-
-    if (reweight_graph) {      /* do it only after the local beautification */
-       restore_old_weights(graph, n, old_weights);
-    }
-
-    for (i = 0; i < n; i++) {
-       if (distances[i].free_mem) {
-           free(distances[i].edges);
-           free(distances[i].edist);
-       }
-    }
-
-    free(distances);
-    free(lap[0].edges);
-    free(lap[0].ewgts);
-    free(lap);
-    free(CenterIndex);
-    free(invCenterIndex);
-    freeQueue(&Q);
-    return iterations;
-}
-#endif                         /* UNUSED */
-
 /* sparse_stress_subspace_majorization_kD:
  *
  * NOTE: We use integral shortest path values here, assuming
@@ -1361,15 +708,15 @@ static float *compute_weighted_apsp_packed(vtx_data * graph, int n)
 /* mdsModel:
  * Update matrix with actual edge lengths
  */
-float*
-mdsModel(vtx_data * graph, int nG)
+float *mdsModel(vtx_data * graph, int nG)
 {
     int i, j, e;
     float *Dij;
     int shift = 0;
     double delta;
 
-    if (graph->ewgts == NULL) return 0;
+    if (graph->ewgts == NULL)
+       return 0;
 
     /* first, compute shortest paths to fill in non-edges */
     Dij = compute_weighted_apsp_packed(graph, nG);
@@ -1379,13 +726,14 @@ mdsModel(vtx_data * graph, int nG)
        shift += i;
        for (e = 1; e < graph[i].nedges; e++) {
            j = graph[i].edges[e];
-           if (j < i) continue;
-           delta += abs(Dij[i*nG + j - shift] - graph[i].ewgts[e]);
-           Dij[i*nG + j - shift] = graph[i].ewgts[e];
+           if (j < i)
+               continue;
+           delta += abs(Dij[i * nG + j - shift] - graph[i].ewgts[e]);
+           Dij[i * nG + j - shift] = graph[i].ewgts[e];
        }
     }
     if (Verbose) {
-       fprintf (stderr, "mdsModel: delta = %f\n", delta);
+       fprintf(stderr, "mdsModel: delta = %f\n", delta);
     }
     return Dij;
 }
@@ -1447,8 +795,7 @@ float *compute_apsp_artifical_weights_packed(vtx_data * graph, int n)
            for (j = 1; j <= deg_i; j++) {
                neighbor = graph[i].edges[j];
                deg_j = graph[neighbor].nedges - 1;
-               weights[j] =
-                   (float)
+               weights[j] = (float)
                    max((float)
                        (deg_i + deg_j -
                         2 * common_neighbors(graph, i, neighbor,
@@ -1491,14 +838,14 @@ float *compute_apsp_artifical_weights_packed(vtx_data * graph, int n)
 }
 
 #ifdef DEBUG
-static void dumpMatrix (float *Dij, int n)
+static void dumpMatrix(float *Dij, int n)
 {
     int i, j, count = 0;
     for (i = 0; i < n; i++) {
        for (j = i; j < n; j++) {
-           fprintf (stderr, "%.02f  ", Dij[count++]);
+           fprintf(stderr, "%.02f  ", Dij[count++]);
        }
-       fputs ("\n", stderr);
+       fputs("\n", stderr);
     }
 }
 #endif
@@ -1515,7 +862,7 @@ int stress_majorization_kD_mkernel(vtx_data * graph,       /* Input graph in sparse re
                                   int n,       /* Number of nodes */
                                   int nedges_graph,    /* Number of edges */
                                   double **d_coords,   /* coordinates of nodes (output layout) */
-                                  node_t **nodes,      /* original nodes */
+                                  node_t ** nodes,     /* original nodes */
                                   int dim,     /* dimemsionality of layout */
                                   int smart_ini,       /* smart initialization */
                                   int model,   /* model */
@@ -1549,7 +896,7 @@ int stress_majorization_kD_mkernel(vtx_data * graph,       /* Input graph in sparse re
     double mat_stress;
 #endif
 #ifdef NONCORE
-    FILEfp = NULL;
+    FILE *fp = NULL;
 #endif
 
        /*************************************************
@@ -1636,8 +983,10 @@ int stress_majorization_kD_mkernel(vtx_data * graph,      /* Input graph in sparse re
     } else {
        havePinned = initLayout(graph, n, dim, d_coords, nodes);
     }
-    if (Verbose) fprintf(stderr, ": %.2f sec", elapsed_sec());
-    if (n == 1) return 0;
+    if (Verbose)
+       fprintf(stderr, ": %.2f sec", elapsed_sec());
+    if (n == 1)
+       return 0;
 
     if (Verbose) {
        fprintf(stderr, ": %.2f sec\n", elapsed_sec());
@@ -1845,7 +1194,8 @@ int stress_majorization_kD_mkernel(vtx_data * graph,      /* Input graph in sparse re
        {
            double diff = old_stress - new_stress;
            double change = ABS(diff);
-           converged = (((change / old_stress) < Epsilon) || (new_stress < Epsilon));
+           converged = (((change / old_stress) < Epsilon)
+                        || (new_stress < Epsilon));
        }
        old_stress = new_stress;
 
@@ -1878,22 +1228,22 @@ int stress_majorization_kD_mkernel(vtx_data * graph,    /* Input graph in sparse re
     }
 #ifdef WITH_CGRAPH
     if (Verbose)
-       fprintf (stderr, "coords\n");
-#endif /* WITH_CGRAPH */
+       fprintf(stderr, "coords\n");
+#endif                         /* WITH_CGRAPH */
 
     for (i = 0; i < dim; i++) {
        for (j = 0; j < n; j++) {
            d_coords[i][j] = coords[i][j];
 #ifdef WITH_CGRAPH
-            if (Verbose)
-               fprintf (stderr, "%f\n",coords[i][j]);
-                       
-#endif /* WITH_CGRAPH */
+           if (Verbose)
+               fprintf(stderr, "%f\n", coords[i][j]);
+
+#endif                         /* WITH_CGRAPH */
        }
     }
 #ifdef NONCORE
     if (fp)
-       fclose (fp);
+       fclose(fp);
 #endif
 
     free(coords[0]);