• Apache теперь использует систему autoconf и libtool для конфигурирования процесса сборки. Использование этой системы похоже на использование APACI в Apache 1.3, хотя и не является абсолютно тем же самым.
• В добавок к обычному списку модулей, которые вы можете выбрать при сборке сервера, в Apache 2.0 появились мульти - процессные модули (МП - модули), в которых теперь сконцентрирована основная часть кода, отвечающего за обработку запросов.

• Многие из тех директив, которые обслуживались ядром сервера Apache 1.3, теперь перенесены в мульти - процессные модули. Если вы хотите, чтобы поведение сервера было наиболее приближено к поведению Apache 1.3, то при сборке вы должны выбрать МП-модуль prefork. Другие МП-модули предоставляют иные директивы, отвечающие за работу процессов сервера и обработку запросов.
• Прокси модуль был переписан, и теперь поддерживает спецификацию HTTP/1.1. Одним из наиболее важных изменений является то, что директивы, контролирующие работу модуля, теперь располагаются в секции <Proxy>, а не в <Directory proxy:>, как это было ранее.
• Обработка PATH_INFO (путевой информации, следующей за именем запрашиваемого документа) изменилась для некоторых модулей. Модули, которые раньше были написаны как обработчики (handler), а теперь выполняют роль фильтров, могут более не принимать запросы, содержащие PATH_INFO. Такие фильтры, как INCLUDES реализованы первыми в базовом обработчике, таким образом они не могут принимать запросы, содержащие PATH_INFO. Вы можете использовать директиву AcceptPathInfo, чтобы заставить базовый обработчик принимать подобные запросы, и таким образом восстановить возможность использования PATH_INFO в документах, использующих включения на стороне сервера (SSI).
• Директива CacheNegotiatedDocs теперь может принимать аргументы on и off. Уже существующие экземпляры директивы CacheNegotiatedDocs должны быть заменены на CacheNegotiatedDocs on.
• Директива ErrorDocument более не использует открывающую кавычку в начале аргумента для обозначения того, что аргумент является текстовым сообщением. Вместо этого вам необходимо заключать весь текст сообщения в двойные кавычки. Например, существующие директивы ErrorDocument 403 "Некоторое сообщение должны быть заменены на ErrorDocument 403 "Некоторое сообщение" Если второй аргумент не является правильно оформленным идентификатором ресурса (URL) или путевым именем, то он будет интерпретироваться как текстовое сообщение.
• Директивы AccessConfig и ResourceConfig более не существуют. Имеющиеся их копии могут быть заменены директивой Include, которая имеет ту же функциональность. Если прежде вы не включали их в конфигурационные файлы, тем самым используя их значения по умолчанию, то сейчас, для достижения того же результата, вам надо добавить следующие строки в файл httpd.conf: Include conf/access.conf и Include conf/srm.conf. Для того чтобы быть уверенным в том, что Apache считывает конфигурационные файлы именно в том порядке, который был предусмотрен старыми директивами, надо поместить директивы Include в конце файла httpd.conf, причем сперва ту, что включает srm.conf, а затем ту, что включает access.conf.
• Директивы BindAddress и Port более не существуют. Эквивалентная функциональность предоставляется более гибкой директивой Listen.
• В Apache 1.3 директива Port использовалась, кроме всего прочего, для того чтобы сервер мог формировать правильные ссылки на самого себя. В Apache 2.0 для тех же целей служит новый синтаксис директивы ServerName: он был изменен таким образом, что теперь имя хоста и номер порта можно указывать в одной этой директиве.
• Директива ServerType более не существует. Метод обработки запросов теперь определяется посредством выбора МП-модуля. В настоящее время нет такого МП-модуля, который мог бы запускаться посредством демона inetd.
• Модули mod_log_agent и mod_log_referer, которые предоставляли такие директивы, как AgentLog, RefererLog и RefererIgnore, были убраны. Ведение журнала агентов пользователей (agent logs) и отправителей (referer logs) по-прежнему возможно посредством использования директивы CustomLog модуля mod_log_config.
• Директивы AddModule и ClearModuleList более не существуют. Они использовались для обеспечения правильного порядка загрузки модулей. Новый API для Apache 2.0 позволяет модулям самим указывать порядок их загрузки, что делает эти директивы ненужными.
• Директива FancyIndexing была убрана. Ее функциональность теперь обеспечивается опцией FancyIndexing в директиве IndexOptions

• Опция командной строки httpd -S, позволявшая распечатывать конфигурацию виртуальных хостов, теперь заменена опцией -t -D DUMP_VHOSTS.
• Модуль mod_auth_digest, который имел экспериментальный статус в Apache 1.3, теперь является стандартным модулем.
• Модуль mod_mmap_static, который имел экспериментальный статус в Apache 1.3, заменен модулем mod_file_cache.
• Организация дистрибутива полностью изменена и теперь более не содержит независимого каталога src. Вместо этого исходные коды логически организованы в основном каталоге дистрибутива, а установка скомпилированного сервера производится в отдельный каталог.

Значительные изменения были внесены в API для Apache 2.0. Существующие модули, написанные с использованием Apache 1.3 API, не будут работать под Apache 2.0, если не внести в них необходимые изменения. Более подробная информация по этому поводу доступна в документации для разработчиков.